Next generation sequencing (NGS) of

Next generation sequencing (NGS) of metagenomic samples is becoming a standard approach to detect individual species or pathogenic strains of microorganisms. Computer programs used in the NGS community have to balance between speed and sensitivity and as a result, species or strain level identification is often inaccurate and low abundance pathogens can sometimes be missed. We have developed Taxoner, an open source, taxon assignment pipeline that includes a fast aligner (e.g. Bowtie2) and a comprehensive DNA sequence database. We tested the program on simulated datasets as well as experimental data from Illumina, IonTorrent, and Roche 454 sequencing platforms. We found that Taxoner performs as well as, and often better than BLAST, but requires two orders of magnitude less running time meaning that it can be run on desktop or laptop computers. Taxoner is slower than the approaches that use small marker databases but is more sensitive due the comprehensive reference database. In addition, it can be easily tuned to specific applications using small tailored databases. When applied to metagenomic datasets, Taxoner can provide a functional summary of the genes mapped and can provide strain level identification. Taxoner is written in C for Linux operating systems. The code and documentation are available for research applications at http://code.google.com/p/taxoner.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ลำดับเบส (NGS) อย่าง metagenomic รุ่นต่อไปเป็น วิธีการมาตรฐานการตรวจแต่ละชนิดหรือสายพันธุ์อุบัติของจุลินทรีย์ โปรแกรมคอมพิวเตอร์ที่ใช้ในชุมชน NGS ต้องสมดุลระหว่างความเร็วและความไวเป็นผล มักจะเป็นชนิดหรือต้องใช้รหัสระดับไม่ถูกต้อง และบางครั้งจะพลาดโรคความอุดมสมบูรณ์ต่ำ เราได้พัฒนา Taxoner การเปิดแหล่งที่มา ไปป์ไลน์กำหนด taxon ที่ aligner รวดเร็ว (เช่น Bowtie2) และฐานข้อมูลลำดับดีเอ็นเอที่ครอบคลุม เราทดสอบโปรแกรมบน datasets จำลองข้อมูลทดลองจากแพลตฟอร์มลำดับ Illumina, IonTorrent และ Roche 454 เราพบว่า Taxoner ทำ เป็น และมักจะดีกว่าระเบิด แต่ต้องใช้เวลาทำงานน้อยหมายความ ว่า มันสามารถรันบนคอมพิวเตอร์เดสก์ท็อปหรือแล็ปท็อปสองอันดับของขนาด Taxoner จะช้ากว่าวิธีที่ใช้ฐานข้อมูลของเครื่องขนาดเล็ก แต่จะมีความไวต่อเนื่องอ้างอิงครอบคลุมฐานข้อมูล มันสามารถจะได้ปรับเฉพาะโปรแกรมประยุกต์ที่ใช้ฐานข้อมูลและปรับขนาดเล็ก เมื่อใช้กับ metagenomic datasets, Taxoner สามารถให้สรุปหน้าที่ของยีนที่ถูกแมป และสามารถให้รหัสระดับต้องใช้ Taxoner ถูกเขียนใน C สำหรับระบบปฏิบัติการ Linux รหัสและเอกสารจะพร้อมใช้งานสำหรับงานวิจัยที่ http://code.google.com/p/taxoner

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ลำดับรุ่นต่อไป (NGS) ของกลุ่มตัวอย่าง Metagenomic ได้กลายเป็นวิธีการมาตรฐานในการตรวจสอบแต่ละชนิดหรือสายพันธุ์ของเชื้อจุลินทรีย์ที่ทำให้เกิดโรค โปรแกรมคอมพิวเตอร์ที่ใช้ในชุมชน NGS ได้เพื่อความสมดุลระหว่างความเร็วและความไวและเป็นผลให้สายพันธุ์หรือการระบุระดับความเครียดมักจะไม่ถูกต้องและเชื้อโรคอุดมสมบูรณ์ต่ำบางครั้งอาจจะพลาด เราได้พัฒนา Taxoner, โอเพนซอร์สท่อมอบหมายแท็กซอนที่มี align แบบรวดเร็ว (เช่น Bowtie2) และฐานข้อมูลลำดับดีเอ็นเอที่ครอบคลุม เราได้ทดสอบโปรแกรมในชุดข้อมูลจำลองเช่นเดียวกับข้อมูลการทดลองจาก Illumina, IonTorrent และโรช 454 แพลตฟอร์มลำดับ เราพบว่า Taxoner ดำเนินการเช่นเดียวกับและมักจะดีกว่าระเบิด แต่ต้องใช้สองคำสั่งของขนาดเวลาทำงานน้อยหมายความว่ามันสามารถทำงานบนคอมพิวเตอร์เดสก์ทอปหรือแล็ปท็อป Taxoner จะช้ากว่าวิธีที่ใช้ฐานข้อมูลเครื่องหมายขนาดเล็ก แต่มีความไวมากขึ้นเนื่องจากฐานข้อมูลอ้างอิงที่ครอบคลุม นอกจากนี้ยังสามารถปรับได้อย่างง่ายดายเพื่อการใช้งานที่เฉพาะเจาะจงโดยใช้ฐานข้อมูลขนาดเล็กที่เหมาะ เมื่อนำไปใช้กับชุดข้อมูล Metagenomic, Taxoner สามารถให้สรุปการทำงานของยีนแมปและสามารถให้การระบุระดับความเครียด Taxoner เขียนใน C สำหรับระบบปฏิบัติการลินุกซ์ รหัสและเอกสารที่มีอยู่สำหรับการใช้งานวิจัยที่ http://code.google.com/p/taxoner

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

รุ่นถัดไปของลำดับ ( ภาพหลุด ) ตัวอย่างเมตาจีโนมิคเป็นวิธีการมาตรฐานเพื่อตรวจหาสายพันธุ์แต่ละสายพันธุ์เชื้อโรคหรือจุลินทรีย์ โปรแกรมคอมพิวเตอร์ที่ใช้ในการแทนชุมชน ต้องสร้างความสมดุลระหว่างความเร็วและความไว และ ผล ชนิดหรือประชาชนระดับความเครียดมักจะไม่ถูกต้องและความอุดมสมบูรณ์ต่ำ เชื้อโรคอาจจะพลาดเราได้พัฒนา taxoner , เปิดแหล่งที่มา ชนิดงานท่อรวมถึงพันธุ์ได้อย่างรวดเร็ว ( เช่น bowtie2 ) และครอบคลุมดีเอ็นเอลำดับฐานข้อมูล เราได้ทดสอบโปรแกรมจำลองข้อมูลรวมทั้งข้อมูลจากการทดลองของ Illumina iontorrent และโรช , 454 ลำดับแพลตฟอร์ม เราพบว่า taxoner มีประสิทธิภาพเป็นและมักจะได้ดีกว่าระเบิดแต่ต้องใช้ 2 คำสั่งของขนาดน้อยกว่าเวลา หมายความว่ามันสามารถทำงานบนเดสก์ทอปหรือคอมพิวเตอร์แล็ปท็อป taxoner ช้ากว่าวิธีที่ใช้ฐานข้อมูลเครื่องหมายขนาดเล็ก แต่ความอ่อนไหวที่ครอบคลุมการอ้างอิงจากฐานข้อมูล นอกจากนี้ยังสามารถปรับได้อย่างง่ายดายเพื่อการใช้งานเฉพาะการใช้ขนาดเล็กปรับฐานข้อมูล เมื่อใช้ข้อมูลเมตาจีโนมิค ,taxoner สามารถสรุปการทำงานของยีนแมป และสามารถให้บริการประชาชนระดับความเครียด taxoner เขียนใน C สำหรับ Linux ระบบปฏิบัติการ รหัสและเอกสารที่มีอยู่สำหรับการใช้งานวิจัยใน http://code.google.com/p/taxoner .