Recent advances in genome sequencin

Recent advances in genome sequencing technologies, especially next generation sequencing, have facilitated rapid sequencing of a complete genome, transcriptome or large number of cDNA sequences from non-model organism, providing a massive amount of information for phylogenetic analyses have been widely used to reconstruct the three of life, including to resolve the phylogenetic position of Gnetales. It is interesting that most studies based on concatenated protein-coding nuclear genes (ESTs) support the gnetales-other gymnosperms hypothesis whereas the studies based on chloroplast genes support the Gnepine hypothesis after data treatment. This incongruence could have two explanations. First, for gymnosperms, the nuclear genome sequence is currently unavailable, and available EST sequence cannot well represent the nuclear genome except in some species Pinaceae. Therefore, it is difficult to obtain enough real orthologous nuclear genes from all main lineages of gymnosperms for phylogenetic reconstruction. For example, analyzed 12,469,970 amino acid site from 150 species across land plants. However , according to our reanalysis of the data, none of the site was left after removing the poorly aligned positions in the alignment using Gblocks. Moreover, only 3688 and 1864 sites can be well aligned between Gnetophytes and angiosperms, and between Gnetophytes and Pinaceae, respectively, and in particular the two alignmeny have only about 130 overlapped sites .

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ความก้าวหน้าล่าสุดในเทคโนโลยีจีโนมลำดับ โดยเฉพาะอย่างยิ่งต่อการสร้างลำดับ มีบริการลำดับอย่างรวดเร็วของกลุ่มสมบูรณ์ transcriptome หรือลำดับ cDNA จากแบบจำลองสิ่งมีชีวิต ให้ข้อมูลสำหรับวิเคราะห์ phylogenetic ยอดเยี่ยมจำนวนมากได้ถูกใช้เพื่อสร้างชีวิต สาม รวมทั้งการแก้ไขตำแหน่ง phylogenetic ของ Gnetales เป็นที่น่าสนใจว่า ส่วนใหญ่ศึกษาตามต่อโปรตีนรหัสนิวเคลียร์ยีน (ESTs) สนับสนุนสมมติฐาน gymnosperms gnetales อื่น ๆ ในขณะที่ศึกษาอยู่ในคลอโรพลาสต์ยีนสนับสนุนสมมติฐาน Gnepine หลังการรักษาข้อมูล Incongruence นี้สามารถมีคำอธิบายที่สอง ครั้งแรก gymnosperms ลำดับนิวเคลียร์จีโนมเป็นขณะ และว่าง EST ลำดับไม่ดีหมายถึงกลุ่มนิวเคลียร์ยกเว้นในบางชนิด Pinaceae ดังนั้น มันเป็นเรื่องยากรับ orthologous เพียงพอจริงนิวเคลียร์ยีนจากเชื้อชาติหลักทั้งหมดของ gymnosperms สำหรับฟื้นฟู phylogenetic ตัวอย่าง วิเคราะห์ 12,469,970 ไซต์กรดอะมิโนถึง 150 ชนิดทั้งพืชบก อย่างไรก็ตาม ตามข้อมูล reanalysis ของเรา เว็บไซต์ไม่มีที่เหลือหลังจากเอาตำแหน่งงานวางในตำแหน่งที่ใช้ Gblocks นอกจากนี้ เฉพาะ 3688 และ 1864 สามารถดีจัดตำแหน่งระหว่าง Gnetophytes และ angiosperms และระหว่าง Gnetophytes และ Pinaceae ตามลำดับ และโดยเฉพาะอย่างยิ่ง alignmeny สองไซต์คาบเกี่ยวกันได้เพียงประมาณ 130

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ความก้าวหน้าในเทคโนโลยีการจัดลำดับจีโนมโดยเฉพาะอย่างยิ่งการจัดลำดับรุ่นต่อไปได้อำนวยความสะดวกการจัดลำดับอย่างรวดเร็วของจีโนมที่สมบูรณ์ของยีนหรือจำนวนมากของลำดับยีนจากการไม่รูปแบบสิ่งมีชีวิตให้จำนวนมากของข้อมูลสำหรับการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการได้รับการใช้กันอย่างแพร่หลายเพื่อสร้าง สามของชีวิตรวมทั้งการแก้ไขตำแหน่งสายวิวัฒนาการของ Gnetales เป็นที่น่าสนใจว่าการศึกษาส่วนใหญ่ขึ้นอยู่กับการตัดแบ่งโปรตีนเข้ารหัสยีนนิวเคลียร์ (ESTS) สนับสนุน Gnetales อื่น ๆ gymnosperms สมมติฐานในขณะที่การศึกษาขึ้นอยู่กับยีน chloroplast สนับสนุนสมมติฐาน Gnepine หลังการรักษาข้อมูล incongruence นี้อาจมีคำอธิบายที่สอง ครั้งแรกสำหรับพืชเมล็ดเปลือยลำดับจีโนมนิวเคลียร์ไม่สามารถใช้งานในปัจจุบันและให้บริการตามลำดับ EST ไม่สามารถเป็นตัวแทนของทั้งจีโนมนิวเคลียร์ยกเว้นในบางชนิด Pinaceae ดังนั้นจึงเป็นเรื่องยากที่จะได้รับเพียงพอยีนนิวเคลียร์จริง orthologous จาก lineages หลักของเมล็ดเปลือยเพื่อการฟื้นฟูสายวิวัฒนาการ ตัวอย่างเช่นการวิเคราะห์ 12469970 เว็บไซต์กรดอะมิโนจาก 150 สายพันธุ์พืชในที่ดิน อย่างไรก็ตามตามที่ reanalysis ข้อมูลของเราไม่มีของเว็บไซต์ที่ถูกทิ้งไว้หลังจากที่ถอดตำแ​​หน่งชิดไม่ดีในการจัดตำแหน่งโดยใช้ Gblocks นอกจากนี้เพียง 3688 และ 1864 เว็บไซต์ที่สามารถจัดตำแหน่งที่ดีระหว่าง Gnetophytes และ Angiosperms และระหว่าง Gnetophytes และ Pinaceae ตามลำดับและโดยเฉพาะอย่างยิ่งสอง alignmeny มีเพียงประมาณ 130 เว็บไซต์ที่ซ้อนทับ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ความก้าวหน้าล่าสุดในเทคโนโลยีการจัดลำดับจีโนม โดยเฉพาะอย่างยิ่งคนรุ่นใหม่ลำดับ มีความสะดวกรวดเร็ว ลำดับของจีโนมที่สมบูรณ์ ทราน ริปโตมหรือจำนวนมากของยีนจากสิ่งมีชีวิตที่ไม่ใช่แบบลำดับ ให้จำนวนมากของข้อมูลในการวิเคราะห์ ซึ่งได้ถูกใช้อย่างกว้างขวางเพื่อสร้างสามของชีวิตรวมทั้งการแก้ไขตำแหน่งต่างๆของ gnetales . มันเป็นที่น่าสนใจที่สุดการศึกษาขึ้นอยู่กับการเข้ารหัสยีนโปรตีนนิวเคลียร์มา ( ฐานข้อมูล ) สนับสนุน gnetales อื่น gymnosperms สมมติฐานส่วนการศึกษาตามคลอยีนสนับสนุนสมมติฐาน gnepine หลังการรักษาข้อมูล ความพึงพอใจได้ 2 ข้อ gymnosperms ก่อน , ,ลำดับจีโนมนิวเคลียร์ไม่สามารถติดต่อได้ และสามารถเป็นตัวแทนของจีโนมลำดับไม่ดีและนิวเคลียร์ ยกเว้นในบางชนิด Pinaceae . ดังนั้น จึงเป็นเรื่องยากที่จะได้รับเพียงพอจริง orthologous นิวเคลียร์ยีนจากหลักของการฟื้นฟูประเทศ ซึ่งเมื่อ gymnosperms . ตัวอย่างเช่น วิเคราะห์ 12469970 กรดอะมิโนเว็บไซต์จาก 150 ชนิดในพืชที่ดิน อย่างไรก็ตามตาม reanalysis ของเราข้อมูลที่ไม่มีเว็บไซต์ที่ถูกทิ้งหลังจากลบชิดงานตำแหน่งในแนวใช้ gblocks . นอกจากนี้ เว็บไซต์ได้ และวินาที 1864 ชิดระหว่าง gnetophytes และพืชดอก และระหว่างและ gnetophytes Pinaceae ตามลำดับ และโดยเฉพาะสอง alignmeny มีจำนวนประมาณ 130 แห่ง