Researchers at King’s College Londo

Researchers at King’s College London were working on some human gene expression experiments in 2008 when they got a strong match to one of the probe sequences in an Affymetrix microarray. The only available information on the gene from the chip was that it was a human sequence, recalled William Langdon, who helped on the project. So the team did a BLAST search to look up more information. “And the first thing you get back is, of course, the human sequence itself,” said Langdon, who is now at University College London. But when he scanned down the list of the other related sequences that appeared in the search, it was apparent something was amiss. “They [were] all different species of Mycoplasma.”

It appeared a case of mistaken identity; the original submitter of the sequence to GenBank must have had Mycoplasma contamination in a human sample, and assumed the sequence was human. In a study Langdon and colleagues published in 2009, the authors show the striking resembling between this “human” sequence and a particular marker sequence from various Mycoplasma species.

To this day, the sequence is still labeled “Homo sapiens unknown” in the National Center for Biotechnology Information (NCBI) database Genbank. This misnomer represents one of the hundreds—perhaps thousands—of sequences deposited to GenBank and elsewhere that have been assigned to the wrong taxon.

That errors exist in GenBank and other databases is a truism. But correcting mislabeled sequences is a difficult task, one that database stewards and computer scientists are now trying to automate. “I have a vision here that over the next few years we have a variety of computational approaches . . . to create curated subsets across all of GenBank,” said David Lipman, the director of the NCBI.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

นักวิจัยที่ลอนดอนวิทยาลัยพระกำลังทำงานอยู่บางยีนมนุษย์นิพจน์ทดลองในปี 2008 เมื่อพวกเขาได้ตรงแข็งแกร่งลำดับโพรบหนึ่งใน microarray เป็น Affymetrix ข้อมูลใช้ได้เฉพาะบนยีนจากชิปถูกว่า เป็นลำดับมนุษย์ ยกเลิก William มาก ที่ช่วยเหลือในโครงการ ดังนั้น ทีมงานได้ค้นหาระเบิดเพื่อค้นหาข้อมูลเพิ่มเติม "และสิ่งแรกที่คุณได้รับกลับ แน่นอน ลำดับที่มนุษย์เอง กล่าวว่า แลงดอน ที่เป็นตอนนี้ที่ลอนดอนวิทยาลัยมหาวิทยาลัย แต่เมื่อเขาสแกนลงรายการอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องลำดับที่ปรากฏในการค้นหา ก็ปรากฏสิ่งมี "[พวกเขา] สายพันธุ์ต่าง ๆ ทั้งหมดของ Mycoplasma"ปรากฏกรณีของตนผิด ผู้เดิมของลำดับที่ GenBank ต้องมีมี Mycoplasma ปนเปื้อนในตัวอย่างมนุษย์ และลำดับถูกมนุษย์สมมติ ในการศึกษา มากและร่วมเผยแพร่ในปี 2552 ผู้เขียนแสดงโดดเด่นคล้ายระหว่างลำดับนี้ "มนุษย์" และลำดับเครื่องหมายเฉพาะจาก Mycoplasma ชนิดต่าง ๆถึงวันนี้ ลำดับจะยังคงติดป้าย "ตุ๊ด sapiens ไม่ทราบ" ในศูนย์แห่งชาติในฐานข้อมูลข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพ (NCBI) Genbank Misnomer นี้แสดงถึงหนึ่งร้อย – พันที — ลำดับฝาก GenBank และอื่น ๆ ที่ได้ถูกกำหนด taxon ผิดว่า มีข้อผิดพลาดใน GenBank และฐานข้อมูลอื่น ๆ ได้ที่ truism แต่การแก้ไขลำดับที่ mislabeled เป็นงานยาก ที่ฐานเสนาบดีและนักวิทยาศาสตร์คอมพิวเตอร์ตอนนี้พยายามที่จะทำ "มีวิสัยทัศน์ที่นี่ว่า ไม่กี่ปีถัดไป เรามีหลากหลายวิธีที่คำนวณ...สร้าง curated ย่อยทั้งหมดของ GenBank กล่าวว่า David Lipman กรรมการการ NCBI

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

นักวิจัยที่คิงส์คอลเลจลอนดอนกำลังทำงานเกี่ยวกับการทดลองการแสดงออกของยีนของมนุษย์บางส่วนในปี 2008 เมื่อพวกเขามีการแข่งขันที่แข็งแกร่งในการหนึ่งในลำดับสอบสวนใน microarray Affymetrix ข้อมูลที่มีอยู่เฉพาะในยีนจากชิปคือว่ามันเป็นลำดับมนุษย์จำได้ว่าวิลเลียมแลงดอนผู้ช่วยในโครงการ ดังนั้นทีมงานได้ค้นหาระเบิดเพื่อค้นหาข้อมูลเพิ่มเติม "และสิ่งแรกที่คุณจะได้รับกลับมาได้แน่นอนลำดับมนุษย์เอง" แลงดอนซึ่งตอนนี้ที่มหาวิทยาลัยคอลเลจลอนดอนกล่าวว่า แต่เมื่อเขาสแกนลงรายชื่อลำดับที่เกี่ยวข้องอื่น ๆ ที่ปรากฏในการค้นหา, มันเป็นสิ่งที่เห็นได้ชัดก็คือผิดปกติ "พวกเขา [กำลัง] ทุกสายพันธุ์ที่แตกต่างกันของ Mycoplasma." มันดูเหมือนกรณีของตัวเข้าใจผิด; ส่งต้นฉบับของลำดับการ GenBank ต้องมีการปนเปื้อน Mycoplasma ในตัวอย่างของมนุษย์และสันนิษฐานลำดับเป็นมนุษย์ ในการศึกษาแลงดอนและเพื่อนร่วมงานที่ตีพิมพ์ในปี 2009 ผู้เขียนแสดงที่โดดเด่นคล้ายระหว่าง "มนุษย์" ลำดับและลำดับเครื่องหมายโดยเฉพาะอย่างยิ่งจากสายพันธุ์ต่างๆ Mycoplasma. จนถึงวันนี้ยังคงลำดับระบุว่า "ตุ๊ด sapiens ที่ไม่รู้จัก" ในศูนย์แห่งชาติ สำหรับข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพ (NCBI) ฐานข้อมูล Genbank เรียกชื่อผิดนี้เป็นหนึ่งในหลายร้อยหลายพันบางทีของลำดับฝากไปยัง GenBank และที่อื่น ๆ ที่ได้รับมอบหมายให้แท็กซอนที่ไม่ถูกต้อง. ข้อผิดพลาดที่มีอยู่ใน GenBank และฐานข้อมูลอื่น ๆ ที่เป็นกำปั้นทุบดิน แต่การแก้ไขลำดับเรียกไม่ถูกเป็นงานที่ยากหนึ่งที่เสนาบดีฐานข้อมูลและนักวิทยาศาสตร์คอมพิวเตอร์กำลังพยายามที่จะทำงานโดยอัตโนมัติ "ผมมีวิสัยทัศน์ที่นี่ว่าในช่วงไม่กี่ปีข้างหน้าเรามีความหลากหลายของวิธีการคำนวณ . . เพื่อสร้าง curated ย่อยในทุก GenBank "เดวิดลิปแมนผู้อำนวยการของ NCBI กล่าวว่า