1. IntroductionForensic scientists

1. Introduction
Forensic scientists worldwide are now investigating the value of Next Generation Sequncing (NGS) for forensic genomic applications [1]. NGS systems are capable of answering a wide range of questions in a single targeted assay. This includes core and expanded sets of autosomal, X and Y markers (STRs), several categories of SNPs (identity SNPs, ancestry SNPs, phenotypic SNPs), and the mtDNA genome (control region or complete mtDNA genome). The introduction of NGS has also revolutionized transcriptomics. RNA sequencing analysis has been traditionally performed through whole transcriptome sequencing, but now targeted RNA sequencing is available. A targeted RNA NGS approach will be beneficial for the identification of body fluids in that significantly more biomarkers can be included in a single assay and quantitative measurements of gene expression are obtained. The ultimate goal of this project is to utilize multiplexed targeted re-sequencing of mRNA transcripts in order to identify the body fluid or tissue of origin and to uniquely associate a specific DNA profile (i.e. donor of the stain) with the specific body fluid type through the analysis of coding region SNPs (cSNPs) within each individual mRNA target. Additionally, we intend to investigate combining the RNA analysis with gDNA STR sequencing allowing simultaneous human individual identification and forensic tissue identification. Here, we demonstrate the successful use of targeted multiplex next generation RNA sequencing assay for the tissue source determination of forensic samples. The assay permits the identification of all forensically relevant body fluids and tissues (blood, semen, saliva, vaginal secretions, menstrual blood and skin). We also successfully demonstrate the ability to detect the components of two-fluid admixed samples. The prototype assay is currently undergoing sensitivity and specificity testing, as well as platform compatibility. Once completed, the assay will be further developed to include miRNA biomarkers as well as cSNP assays.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

บทนำForensic scientists worldwide are now investigating the value of Next Generation Sequncing (NGS) for forensic genomic applications [1]. NGS systems are capable of answering a wide range of questions in a single targeted assay. This includes core and expanded sets of autosomal, X and Y markers (STRs), several categories of SNPs (identity SNPs, ancestry SNPs, phenotypic SNPs), and the mtDNA genome (control region or complete mtDNA genome). The introduction of NGS has also revolutionized transcriptomics. RNA sequencing analysis has been traditionally performed through whole transcriptome sequencing, but now targeted RNA sequencing is available. A targeted RNA NGS approach will be beneficial for the identification of body fluids in that significantly more biomarkers can be included in a single assay and quantitative measurements of gene expression are obtained. The ultimate goal of this project is to utilize multiplexed targeted re-sequencing of mRNA transcripts in order to identify the body fluid or tissue of origin and to uniquely associate a specific DNA profile (i.e. donor of the stain) with the specific body fluid type through the analysis of coding region SNPs (cSNPs) within each individual mRNA target. Additionally, we intend to investigate combining the RNA analysis with gDNA STR sequencing allowing simultaneous human individual identification and forensic tissue identification. Here, we demonstrate the successful use of targeted multiplex next generation RNA sequencing assay for the tissue source determination of forensic samples. The assay permits the identification of all forensically relevant body fluids and tissues (blood, semen, saliva, vaginal secretions, menstrual blood and skin). We also successfully demonstrate the ability to detect the components of two-fluid admixed samples. The prototype assay is currently undergoing sensitivity and specificity testing, as well as platform compatibility. Once completed, the assay will be further developed to include miRNA biomarkers as well as cSNP assays.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

1. บทนำ
นักนิติวิทยาศาสตร์ทั่วโลกอยู่ในขณะนี้การตรวจสอบค่าของ Next Generation Sequncing (NGS) สำหรับการใช้งานจีโนมนิติวิทยาศาสตร์ [1] ระบบ NGS มีความสามารถในการตอบหลากหลายของคำถามในการทดสอบที่กำหนดเป้าหมายเดียว ซึ่งรวมถึงหลักและชุดขยายตัวของ autosomal, X และ Y เครื่องหมาย (STRs) หลายประเภทของ SNPs (SNPs ตัวตน SNPs วงศ์ SNPs ฟีโนไทป์) และ mtDNA จีโนม (เขตควบคุมหรือจีโนมที่สมบูรณ์ mtDNA) การแนะนำของ NGS ยังมีการปฏิวัติ transcriptomics วิเคราะห์ RNA ลำดับได้รับการดำเนินการแบบดั้งเดิมที่ผ่านการเรียงลำดับยีนทั้งหมด แต่ในขณะนี้มีการกำหนดเป้าหมายลำดับ RNA สามารถใช้ได้ เป้าหมายวิธี RNA NGS จะเป็นประโยชน์สำหรับบัตรประจำตัวของของเหลวในร่างกายในการที่บ่งชี้ทางชีวภาพอย่างมีนัยสำคัญมากขึ้นสามารถจะรวมอยู่ในการทดสอบเดียวและการวัดเชิงปริมาณของการแสดงออกของยีนที่ได้รับ เป้าหมายสูงสุดของโครงการนี้คือการใช้ multiplexed กำหนดเป้าหมายใหม่ลำดับของ mRNA จิตบำบัดเพื่อระบุของเหลวในร่างกายหรือเนื้อเยื่อของแหล่งกำเนิดและไม่ซ้ำกันเชื่อมโยงโปรไฟล์ดีเอ็นเอเฉพาะ (ผู้บริจาคเช่นของคราบ) มีประเภทของเหลวในร่างกายโดยเฉพาะผ่าน การวิเคราะห์ของภูมิภาคเข้ารหัส SNPs (cSNPs) ภายในเป้าหมาย mRNA แต่ละ นอกจากนี้เราตั้งใจที่จะตรวจสอบการรวมการวิเคราะห์ RNA ที่มี gDNA STR ลำดับช่วยให้พร้อมกันประจำตัวของแต่ละบุคคลและบัตรประจำตัวของมนุษย์เนื้อเยื่อนิติวิทยาศาสตร์ ที่นี่เราแสดงให้เห็นถึงการใช้งานที่ประสบความสำเร็จของการกำหนดเป้าหมาย multiplex รุ่นต่อไป RNA ลำดับการทดสอบสำหรับการกำหนดแหล่งที่มาของตัวอย่างเนื้อเยื่อนิติวิทยาศาสตร์ การทดสอบใบอนุญาตประจำตัวประชาชนของทุกของเหลวที่เกี่ยวข้อง forensically ร่างกายและเนื้อเยื่อ (เลือดน้ำอสุจิน้ำลายหลั่งในช่องคลอดเลือดประจำเดือนและผิวหนัง) เดอะ นอกจากนี้เรายังประสบความสำเร็จแสดงให้เห็นถึงความสามารถในการตรวจสอบองค์ประกอบของสองของเหลวตัวอย่าง admixed การทดสอบต้นแบบกำลังอยู่ระหว่างการทดสอบความไวและความจำเพาะเช่นเดียวกับการทำงานร่วมกันแพลตฟอร์ม เสร็จสมบูรณ์เมื่อการทดสอบจะได้รับการพัฒนาต่อไปที่จะรวม biomarkers miRNA เช่นเดียวกับการตรวจ cSNP