Alignment and phylogenetic analyses

Alignment and phylogenetic analyses
The identity of the new generated sequences was compared
with sequences available in the NCBI GenBank database. The
taxa which closest matched our sequences were selected for
the phylogenetic analyses. As our sequences showed the closest
matches with representatives of the order Chaetothyriales,
we included in our dataset taxa representatives of the class
Eurotiomycetes, selecting representatives of the orders Chaetothyriales,
Onygenales, Pyrenulales, and Verrucariales (Table 3),
and based our selection on previous phylogenetic inferences of
Gueidanet al. (2008, 2011, 2014), and Diederichet al. (2013). Three
species of Mycocaliciales were chosen as outgroups: Chaenotheca
savonica, Sphinctrina turbinata, and Stenocybe pullatula. The
sequence alignments were prepared manually in BioEdit (Hall
1999) and individually for the three loci. Introns and SNPs
were removed from the alignments. For six specimens we
were unable to generate sequences for all the selected loci
and for other taxa sequences were not available in GenBank.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

จัดตำแหน่งและสายวิวัฒนาการวิเคราะห์ตัวตนของลำดับการสร้างขึ้นใหม่เมื่อเทียบกับลำดับที่มีอยู่ในฐานข้อมูลNCBI GenBank แท็กซ่าที่ใกล้เคียงที่สุดที่ตรงกับลำดับของเราถูกเลือกสำหรับการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการ ในฐานะที่เป็นลำดับของเราแสดงให้เห็นว่าใกล้เคียงที่สุดการแข่งขันกับตัวแทนของการสั่งซื้อ Chaetothyriales ที่เรารวมอยู่ในผู้แทนแท็กซ่าของเราชุดชั้นEurotiomycetes เลือกตัวแทนของคำสั่ง Chaetothyriales, Onygenales, Pyrenulales และ Verrucariales (ตารางที่ 3) และตามการเลือกของเราก่อนหน้านี้ การหาข้อสรุปของสายวิวัฒนาการGueidanet อัล (2008, 2011, 2014) และอัล Diederichet (2013) สามชนิด Mycocaliciales ถูกเลือกให้เป็น outgroups: Chaenotheca savonica, Sphinctrina turbinata และ Stenocybe pullatula การจัดแนวลำดับได้จัดทำด้วยตนเองใน BioEdit (ฮอลล์1999) และเป็นรายบุคคลสำหรับสามตำแหน่ง introns และ SNPs ถูกถอดออกจากการจัดแนว หกตัวอย่างที่เราไม่สามารถที่จะสร้างลำดับสำหรับทุกตำแหน่งที่เลือกและลำดับแท็กซ่าอื่นๆ ที่ไม่สามารถใช้ได้ใน GenBank

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การจัดตำแหน่งและวิเคราะห์ phylogenetic
ตัวตนใหม่ของการสร้างลำดับเมื่อเทียบกับที่มีอยู่ใน ncbi
ลำดับขนาดของฐานข้อมูล
ที่ใกล้ดับซ่าคู่ของเราได้คัดเลือก
การวิเคราะห์ phylogenetic . เป็นลำดับของเราแสดงให้เห็นว่าใกล้
ตรงกับตัวแทนของการสั่งซื้อ chaetothyriales
เรารวมอยู่ในของเรา , และตัวแทนของชั้น
ชุดข้อมูลeurotiomycetes เลือกผู้แทนของคำสั่ง chaetothyriales
onygenales pyrenulales , , , และ verrucariales ( ตารางที่ 3 ) และจากการเลือกของเราก่อนหน้านี้

gueidanet ยืนยันข้อสรุปของอัล แม่ , เกือบ 2014 ่น diederichet al . ( 2013 ) 3
ชนิด mycocaliciales ได้รับเลือกเป็น outgroups : chaenotheca
savonica sphinctrina , turbinata และ stenocybe pullatula .
ลำดับสองถูกเตรียมด้วยตนเองใน bioedit ( ฮอลล์
2542 ) และแบบที่ 3 ตำแหน่ง . introns snps
และถูกลบออกจากการจัดแนว 6 ตัวอย่างเรา
ไม่สามารถสร้างลำดับสำหรับทั้งหมดและเลือกตำแหน่ง
ยีนและอื่น ๆไม่สามารถใช้ได้บริเวณ