The NCBI RefSeq pipeline uses a com

The NCBI RefSeq pipeline uses a combination of homology
searching with ab initiomodeling. First cDNAs and ESTs were
aligned to the genomic sequences using Splign [98] and proteins
were aligned to the genomic sequences using ProSplign [99].
The best scoring coding sequence was identified for all cDNA
alignments using the same scoring system used by Gnomon
[100], the NCBI ab initio prediction tool. All cDNAs with a
coding sequence scoring above a certain threshold were marked
as coding cDNAs, and all others were marked as UTRs. Coding
sequences that lack a translation initiation or termination signal
were categorized as incomplete. Protein alignments were scored
the same way, and coding sequences that did not satisfy the
threshold criterion for a valid coding sequence were removed.
After determining the UTR/CDS nature of each alignment, the
alignments were assembled using a modification of the Maximal
Transcript Alignment algorithm [101], accounting for not only
exon-intron structure compatibility but also the compatibility of
the reading frames. Two coding alignments were connected
only if they both had open and compatible coding sequences.
UTRs were connected to coding alignments only if the
necessary translation initiation or termination signals were
present. There were no restrictions on the connection of UTRs
other than the exon-intron structure compatibility. All assembled models with a complete coding sequence, including the
translation initiation and termination signals, were combined
into alternatively spliced isoform groups. Incomplete or partially
supported models were directed to Gnomon [100] for extension
byab initioprediction. Models containing a debilitating mutation
such as a frameshift or nonsense mutation were categorized as
either transcribed or non-transcribed pseudogenes. A subset of
pseudogenes are likely to be functional genes that have errors in
the Acyr_1.0 assembly and may be reclassified as protein-coding
genes with subsequent improvements to the assembly and
annotation. Gnomon [3] was also used to predict pureab initio
models in regions of the genome that lacked any cDNA, EST, or
protein alignments

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ท่อ NCBI RefSeq ใช้การรวมกันของที่คล้ายคลึงกัน
ค้นหาด้วย AB initiomodeling cDNAs แรกและ ESTS ถูก
สอดคล้องกับลำดับจีโนมโดยใช้ splign [98] โปรตีนและ
ถูกจัดชิดกับลำดับจีโนมโดยใช้ prosplign [99].
คะแนนลำดับที่ดีที่สุดของการเข้ารหัสที่ถูกระบุสำหรับทุกแนว
cDNA โดยใช้ระบบการให้คะแนนเดียวกับที่ใช้ โดยแสงแดด
[100] เครื่องมือ NCBI AB ทำนายเริ่มแรกcDNAs ทั้งหมดที่มีคะแนนลำดับ
เข้ารหัสไปเกณฑ์บางอย่างที่ถูกทำเครื่องหมาย
เป็นรหัส cDNAs, และอื่น ๆ ทั้งหมดที่ถูกทำเครื่องหมายเป็น utrs การเข้ารหัสวนเวียน
ที่ขาดการริเริ่มการแปล
หรือยกเลิกสัญญาณถูกแบ่งเป็นไม่สมบูรณ์ การจัดแนวโปรตีนถูกยิง
วิธีเดียวกันและการเข้ารหัสลำดับที่ไม่ได้ตอบสนองความเกณฑ์เกณฑ์
สำหรับลำดับการเข้ารหัสที่ถูกต้องถูกถอดออก.
หลังจากระบุว่าธรรมชาติ UTR ซีดี / ของการจัดตำแหน่งแต่ละแนว
รวมกันปรับเปลี่ยนการใช้
หลักฐานสูงสุดอัลกอริทึมการจัดตำแหน่ง [101] บัญชีสำหรับการทำงานร่วมกันไม่เพียง แต่โครงสร้าง
เอกซ์ซอน-intron แต่ยังเข้ากันได้ของ
เฟรมอ่าน สองการจัดแนวการเขียนโปรแกรมเชื่อมต่อ
เฉพาะในกรณีที่พวกเขาทั้งสองมีลำดับการเข้ารหัสเปิดและเข้ากันได้.
utrs ถูกเชื่อมต่อกับการจัดแนวการเข้ารหัสเฉพาะในกรณีที่การเริ่มต้นการแปล
จำเป็นหรือเป็นสัญญาณการสิ้นสุด
ปัจจุบัน ไม่มีข้อ จำกัด ในการเชื่อมต่อของ utrs
อื่น ๆ นอกเหนือจากการทำงานร่วมกันโครงสร้างเอกซ์ซอน-intron เป็น ทุกรุ่นที่ประกอบกับลำดับการเข้ารหัสที่สมบูรณ์รวมทั้งการริเริ่มการแปล
และสัญญาณการเลิกจ้างมารวมกัน
เข้าไปตัดต่อเทปกลุ่มไอโซฟอร์ม รูปแบบที่ไม่สมบูรณ์หรือบางส่วนได้รับการสนับสนุน
สั่งให้แสงแดด [100] สำหรับการขยาย
initioprediction byab รูปแบบที่มีการกลายพันธุ์ที่ทำให้สุขภาพทรุดโทรม
เช่นการกลายพันธุ์ frameshift หรือเรื่องไร้สาระที่ถูกแบ่งเป็น pseudogenes คัดลอกหรือไม่คัดลอก
อย่างใดอย่างหนึ่ง ส่วนย่อยของ pseudogenes
มีแนวโน้มที่จะยีนทำงานที่มีข้อผิดพลาดใน
acyr_10 การชุมนุมและอาจถูกจัดประเภทเป็นโปรตีนรหัสยีน
มีการปรับปรุงภายหลังจากการชุมนุมและการทำหมายเหตุประกอบ
แสงแดด [3] นอกจากนี้ยังใช้ในการคาดการณ์เริ่มแรก pureab รุ่น
ในภูมิภาคของจีโนมที่ขาดยีน, EST หรือการจัดแนว
โปรตีน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ไปป์ไลน์ NCBI RefSeq ใช้ชุดของ homology
ค้นกับ ab initiomodeling CDNAs แรกและ ESTs
ชิดลำดับ genomic Splign [98] และโปรตีน
ได้ชิดลำดับ genomic ใช้ ProSplign [99] .
ส่วนคะแนนลำดับรหัสระบุสำหรับทั้งหมดของ cDNA
จัดแนวใช้ระบบให้คะแนนเดียวกันใช้ โดย Gnomon
[100], NCBI ab initio ทำนายเครื่องมือ CDNAs ทั้งหมดด้วยการ
รหัสลำดับคะแนนเหนือขีดจำกัดบางอย่างถูกทำเครื่องหมาย
เป็นรหัส cDNAs และอื่น ๆ ทั้งหมดถูกทำเครื่องหมายเป็น UTRs รหัส
ลำดับที่ขาดแปลเริ่มต้นหรือสิ้นสุดสัญญาณ
ถูกจัดประเภทเป็นสมบูรณ์ มีคะแนนโปรตีนจัดแนว
เดียว และรหัสลำดับที่ไม่เป็นไปตาม
ออกเงื่อนไขขีดจำกัดสำหรับลำดับรหัสที่ถูกต้อง
หลังจากกำหนดลักษณะ UTR/ซี ดีของแต่ละตำแหน่ง การ
จัดแนวถูกรวบรวมโดยใช้การปรับเปลี่ยน Maximal
ตำแหน่งเสียงบรรยายขั้นตอนวิธี [101], บัญชีสำหรับไม่เท่า
exon intron โครงสร้างกัน แต่ของ
เฟรมอ่าน เชื่อมต่อสองจัดแนวรหัส
เฉพาะถ้าพวกเขาทั้งสองได้เปิด และเข้ารหัสลำดับการ
UTRs ได้เชื่อมต่อกับรหัสจัดแนวเท่า
แปลจำเป็นเริ่มต้นหรือสิ้นสุดสัญญาณถูก
ปัจจุบัน มีไม่มีข้อจำกัดในการเชื่อมต่อของ UTRs
ไม่ใช่เข้ากันได้กับโครงสร้างของ exon intron ทั้งหมดประกอบรุ่นที่ มีรหัสสมบูรณ์ลำดับ รวมถึงการ
แปลเริ่มต้นและสิ้นสุดสัญญาณ ถูกรวม
เป็น isoform spliced หรือกลุ่ม ไม่สมบูรณ์ หรือบางส่วน
สนับสนุนรุ่นถูกส่งไป Gnomon [100] สำหรับส่วนขยาย
byab initioprediction รูปแบบการกลายพันธุ์ debilitating ประกอบด้วย
เช่นการกลายพันธุ์แบบ frameshift หรือพูดจาเหลวไหลถูกจัดประเภทเป็น
pseudogenes ทับ หรือไม่ทับศัพท์ ชุดย่อยของ
pseudogenes มักเป็น ยีนที่ทำงานที่มีข้อผิดพลาดใน
Acyr_1แอสเซมบลี 0 และอาจถูกจัดประเภทใหม่เป็นรหัสโปรตีน
ยีนกับแอสเซมบลีที่ปรับปรุงต่อ และ
คำอธิบาย Gnomon [3] นอกจากนี้ยังใช้ในการทำนาย pureab initio
รุ่นในขอบเขตของกลุ่มที่ขาดใด ๆ cDNA, EST หรือ
จัดแนวโปรตีน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ncbi refseq ท่อที่ใช้การผสมผสานของลักษณะซึ่งเทียบเคียงกันได้
การค้นหาด้วย initiomodeling AB cdnas ESTS ครั้งแรกและอยู่ในแนวเดียวกันกับที่
genomic ซีเควนซ์ของการใช้ splign [ 98 ]และโปรตีน
อยู่ในแนวเดียวกันกับที่ genomic ซีเควนซ์ของการใช้ prosplign [ 99 ].
ที่ดีที่สุดการให้คะแนนตามลำดับการเข้ารหัสระบุได้สำหรับทุก cdna
alignments โดยใช้ระบบเดียวกันกับการให้คะแนนโดยใช้ gnomon
[ 100 ],ที่ ncbi AB มาแต่ต้นการคาดเดาเครื่องมือ.cdnas โดยทั้งหมดพร้อมด้วยหมายเลขรหัส
ซึ่งจะช่วยให้การทำคะแนนสูงกว่าเกณฑ์ขั้นต่ำบางอย่างที่ถูกทำเครื่องหมาย
ซึ่งจะช่วยเป็นการเข้ารหัส cdnas และอื่นๆทั้งหมดเป็นคนทำเครื่องหมายเป็น utrs ซีเควนซ์ของการเข้ารหัสที่ไม่มี
ซึ่งจะช่วยสอนการแปลที่สัญญาณหรือมีการยุติการ
ซึ่งจะช่วยแบ่ง ประเภท เป็นไม่สมบูรณ์ alignments โปรตีนเป็นทำคะแนนได้
วิธีเดียวกับที่และซีเควนซ์ของการเข้ารหัสที่ไม่ได้มาตรฐาน
ซึ่งจะช่วยสร้างความพึงพอใจเกณฑ์ขั้นต่ำของลำดับการเข้ารหัสที่ถูกต้องได้ถูกลบออก.
หลังจากการกำหนดธรรมชาติ/ utr แผ่นซีดีการจัดแนวแต่ละ
alignments ที่ได้ถูกนำมารวมกันโดยใช้การปรับเปลี่ยนของสูงสุดสำหรับการปรับแนวอัลกอริธึม
ทรานสคริปท์ที่[ 101 ]คิดเป็นสัดส่วนไม่เพียงความเข้ากันได้โครงสร้าง
exon - intron แต่ยังมีความเข้ากันได้ของเฟรมการอ่าน
ซึ่งจะช่วยได้ การเข้ารหัสทั้งสอง alignments เชื่อมต่อ
เท่านั้นหากพวกเขาทั้งสองมีซีเควนซ์เปิดให้บริการและเข้ากันได้กับการเข้ารหัส.
utrs เชื่อมต่อกับการเข้ารหัส alignments เท่านั้นถ้าสัญญาณหรือการบอกเลิก:การเริ่มต้น
จำเป็นการแปลที่มี
ปัจจุบัน ไม่มีข้อจำกัดในการเชื่อมต่อของ utrs
อื่นที่ไม่ใช่ความเข้ากันได้กับโครงสร้าง exon - intron ได้ รุ่นประกอบทั้งหมดพร้อมด้วยลำดับการเข้ารหัสทั้งหมดที่รวมถึงสัญญาณและการยุติการใช้งานการเริ่มต้น
การแปลที่รวม
เข้าสู่กลุ่ม isoform แต่งงานหรือ. รุ่นไม่สมบูรณ์หรือบางส่วน
ซึ่งจะช่วยสนับสนุนโดยตรงไปยัง gnomon [ 100 ]สำหรับ initioprediction ต่อ
byab บางรุ่นประกอบด้วยคือมันคือมัน
เช่นว่านั้นเป็นเรื่องไร้สาระหรือ frameshift ที่ระโหยโรยแรงที่ถูกแบ่งออกเป็น
ซึ่งจะช่วยทั้งที่ถอดสคริปต์แล้วหรือไม่ - ที่ถอดสคริปต์แล้ว pseudogenes ย่อยของ
ซึ่งจะช่วย pseudogenes มีแนวโน้มที่จะมีประโยชน์ใช้สอยที่มีข้อผิดพลาดใน acyr_ 1
ได้0 ชุดและอาจมีจำนวนเป็นโปรตีนจากยีนพร้อมด้วยการเข้ารหัส
ซึ่งจะช่วยในการปรับปรุงและชุดประกอบคำอธิบายประกอบที่
gnomon [ 3 ]ได้ถูกนำมาใช้ในการคาดเดารุ่นมาแต่ต้น
pureab ในเขตพื้นที่ของยีนที่ขาด cdna ใด Est หรือ alignments
โปรตีนยัง