eukaryotic biofilm community recove

eukaryotic biofilm community recovered (28% of the OTUs recorded in the habitat were identified as fungi), dominated by biofilm-forming algae (the ratio of fungi to periphyton/epilithic algae was roughly 1:5, see Suppl. material 4, SILVA NGS). Biofilms represent a complex environment (exhibiting the highest eukaryotic taxon richness of all eight habitats) and this is also reflected by a broad range of fungal groups and taxa. Along with Rhizophydiales and Spizellomycetales, we found other chytrids of the orders Chytridiales and Cladochytridiales. The spatial proximity of host cells in periphyton could be ideal for chytrid species, facilitating a high encounter rate with potential hosts and substrates. In contrast to the water samples, the RDP classifier was able to classify more Chytridiomycota to genus level: Nowakowskiella, Chyridium and Betamyces. The RDP classifier also identified the earlier mentioned aquatic hyphomycetes. However a large part of sequences was only classified to phylum level (Suppl. material 4). These autotrophic lake biofilms seem to be a rich source of fungal biodiversity and pose promising target habitats for future studies. Biofilms (in our case mainly littoral periphyton and epilithic biofilms) have been rarely examined for fungi, and only a few studies on stream ecosystems have investigated the fungal occurrence (measured as ergosterol) on substrates other than leaves (Tank and Dodds 2003; Artigas et al. 2004; Aguilera et al. 2007; Frossard et al. 2012). In lakes and streams, periphyton can contribute substantially to the primary production of the whole ecosystem (Lalonde et al. 1991; Vadeboncoeur et al. 2007 and references therein; Vis et al. 2007) and can be the primary food source for macrozoobenthic grazers (Cattaneo and Mousseau 1995). Our findings suggest that it is not only a rich source of widely divergent fungal lineages, but that fungi might play an important ecological role in periphyton, turning over a significant amount of algal carbon and thus total carbon in the lake.



Benthic and reed samples (CPOM)

In contrast to water samples, fungal sequences were dominant in CPOM (Benthos, Reed) samples and their relative proportions were significantly elevated in this POM type. Samples consisted mainly of submerged plant residues in addition to algae and benthic animals. Mitosporic ascomycetes lineages were predominant, followed by a small percentage of chytrids (mainly Cladochytridiales) and very few Basidiomycota. This appears congruent with our initial “morphotype hypothesis”. Mitosporic ascomycetes are effective plant decomposers in freshwater systems (Gessner et al. 2007), where they are ecologically grouped together as aquatic hyphomycetes (e.g. Spirosphaera, a potential aero-aquatic hyphomycete increased to 12% in Benthos samples). The Benthos habitat had a high proportion of fungal OTUs and fungal reads and is probably home to those fungi responsible for the breakdown of submerged plant remains. Interestingly, the importance of aquatic hyphomycetes for plant litter breakdown has thus far only been demonstrated in lotic environments, with lakes not yet investigated in detail (see Chauvet et al. 2016). In contrast to the benthic samples, the Reed sample exhibited a dominance of the fungal order of Pleosporales (93%). Early molecular work has already established the high diversity of reed endophytes (Neubert et al. 2005, Angelini et al. 2012) and we could confirm their presence. The reed sample can be seen as an outgroup in our study, as it comprised the emergent parts of plants. Sequences of the order Pleosporales were largely restricted to the reed and, to a lesser extent, benthic samples.
Conclusions

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

กู้คืนชุมชน eukaryotic ฟิล์ม (28% ของ OTUs บันทึกในที่อยู่อาศัยระบุเป็นเชื้อรา), ครอบงำ โดยสาหร่ายขึ้นรูปฟิล์ม (อัตราส่วนของเชื้อรากับสาหร่าย periphyton/epilithic คือประมาณ 1:5 ดูวัสดุอุปทาน 4, SILVA NGS) ไบโอฟิล์มที่แสดงถึงสภาพแวดล้อมที่ซับซ้อน (แสดงความร่ำรวยมัน eukaryotic สูงสุดของแหล่งที่อยู่อาศัยที่แปด) และนี้ยังสะท้อนอยู่ โดยสิ่งของกลุ่มเชื้อราและเหลือง พร้อมกับ Rhizophydiales และ Spizellomycetales เราพบ chytrids อื่น ๆ ของใบสั่งซื้อ Chytridiales และ Cladochytridiales ใกล้ชิดเชิงพื้นที่ของเซลล์โฮสต์ใน periphyton อาจเหมาะสำหรับพันธุ์ chytrid อำนวยความสะดวกในอัตราสูงพบกับโฮสต์ที่มีศักยภาพและพื้นผิว ตรงกันข้ามกับตัวอย่างน้ำ ลักษณนาม RDP ได้จัดประเภทเพิ่มเติม Chytridiomycota สกุลระดับ: Nowakowskiella, Chyridium และ Betamyces ลักษณนาม RDP ยังระบุก่อนหน้านี้กล่าวถึงน้ำ hyphomycetes อย่างไรก็ตาม ลำดับส่วนใหญ่ถูกจัดเพียงระดับไฟลัม (อุปทานวัสดุ 4) ไบโอฟิล์มที่เล autotrophic เหล่านี้ดูเหมือนจะเป็นแหล่งที่อุดมไปด้วยความหลากหลายทางชีวภาพของเชื้อรา และก่อให้เกิดแนวโน้มที่อยู่อาศัยเป้าหมายสำหรับการศึกษาในอนาคต ไบโอฟิล์มที่ (ในกรณีส่วนใหญ่ littoral periphyton และไบโอฟิล์มที่ epilithic) ได้ผ่านการตรวจสอบไม่ค่อยมีสำหรับเชื้อรา และเพียงไม่กี่ศึกษาเกี่ยวกับระบบนิเวศลำธารได้สืบสวนเกิดเชื้อรา (วัดเป็น ergosterol) บนพื้นผิวอื่นนอกเหนือจากใบ (ถังและ Dodds 2003 Artigas et al. 2004 คนดัง et al. 2007 Frossard et al. 2012) ในทะเลสาบและลำธาร periphyton สามารถมีส่วนร่วมอย่างมีนัยสำคัญกับการผลิตหลักของระบบนิเวศทั้งหมด (Lalonde et al. 1991 Vadeboncoeur et al. 2007 และการอ้างอิงในนั้น Vis et al. 2007) และเป็นแหล่งอาหารหลักสำหรับ macrozoobenthic grazers (Cattaneo และ Mousseau 1995) ผลการวิจัยของเราแนะนำว่า มันไม่เพียงเป็นแหล่งอุดมไปด้วยเชื้อชาติเชื้อราแตกต่างกันอย่างแพร่หลาย แต่ว่า เชื้อราอาจมีบทบาทสำคัญทางนิเวศวิทยาใน periphyton พลิกจำนวนคาร์บอนสาหร่าย และจึง รวมคาร์บอนในทะเลสาบตัวอย่างหน้าดินและกก (CPOM)ตรงกันข้ามกับตัวอย่างน้ำ เชื้อราลำดับได้โดดเด่นใน CPOM (Benthos, Reed) สัดส่วนสัมพัทธ์ของพวกเขาและตัวอย่างมีนัยสำคัญในชนิดนี้ป้อม ตัวอย่างประกอบด้วยส่วนใหญ่ของพืชแช่ในน้ำตกนอกจากสาหร่ายและสัตว์หน้าดิน เชื้อชาติ Mitosporic ascomycetes ถูกเด่น ตาม ด้วยทั้ง chytrids (ส่วนใหญ่ Cladochytridiales) และ Basidiomycota ที่น้อยมาก นี้ปรากฏเท่ากับเราเริ่มต้น "morphotype สมมติฐาน" Mitosporic ascomycetes มีผู้ย่อยสลายพืชมีประสิทธิภาพในระบบน้ำจืด (Gessner et al. 2007), ที่พวกเขาจะถูกระบบนิเวศจัดเป็นสัตว์น้ำ hyphomycetes (เช่น Spirosphaera, hyphomycete น้ำ aero มีศักยภาพเพิ่มขึ้นเป็น 12% ในตัวอย่าง Benthos) มีสัดส่วนการ OTUs เชื้อราและเชื้อราอ่าน และอาจจะเป็นพันธุ์ Benthos เชื้อราเหล่านั้นรับผิดชอบการสลายของซากพืชแช่ในน้ำ น่าสนใจ ความสำคัญของน้ำ hyphomycetes สำหรับการแบ่งพืชครอกได้ป่านนี้เท่านั้นถูกแสดงให้เห็นในสภาพแวดล้อม lotic กับทะเลสาบที่ยังไม่ได้ ตรวจสอบในรายละเอียด (ดู Chauvet et al. 2016) ตรงกันข้ามกับตัวอย่างหน้าดิน ตัวอย่างกกแสดงปกครองสั่งเชื้อราของ Pleosporales (93%) ต้นโมเลกุลทำงานมีอยู่แล้วสร้างความหลากหลาย endophytes กก (Neubert et al. 2005, Angelini et al. 2012) สูง และเราสามารถยืนยันสถานะของพวกเขา ตัวอย่างกกจะได้เป็นเป็น outgroup ในการศึกษาของเรา เป็นมันประกอบด้วยส่วนโผล่ออกมาของพืช ลำดับใบสั่ง Pleosporales ส่วนใหญ่จำกัดการกก และ ใน ระดับน้อย ตัวอย่างหน้าดินได้บทสรุป

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ชุมชนไบโอฟิล์ม eukaryotic กู้คืน (28% ของ Otus บันทึกไว้ในที่อยู่อาศัยที่ถูกระบุว่าเป็นเชื้อรา) โดดเด่นด้วยสาหร่ายไบโอฟิล์มขึ้นรูป (อัตราส่วนของเชื้อรา periphyton / สาหร่าย epilithic เป็นประมาณ 1: 5, ดู Suppl วัสดุ 4 SILVA NGS. ) ไบโอฟิล์มเป็นตัวแทนของสภาพแวดล้อมที่ซับซ้อน (การแสดงความร่ำรวยแท็กซอน eukaryotic สูงสุดของทั้งแปดที่อยู่อาศัย) และครั้งนี้ยังสะท้อนให้เห็นจากความหลากหลายของกลุ่มเชื้อราและแท็กซ่า พร้อมกับ Rhizophydiales และ Spizellomycetales เราพบ chytrids อื่น ๆ ของการสั่งซื้อและ Chytridiales Cladochytridiales ความใกล้ชิดการกระจายตัวของเซลล์โฮสต์ใน periphyton อาจจะเหมาะสำหรับสายพันธุ์ chytrid อำนวยความสะดวกในอัตราที่สูงเผชิญหน้ากับครอบครัวที่มีศักยภาพและพื้นผิว ในทางตรงกันข้ามกับตัวอย่างน้ำลักษณนาม RDP ก็สามารถที่จะจำแนกเพิ่มเติม Chytridiomycota ในจีนัสระดับ: Nowakowskiella, Chyridium และ Betamyces ลักษณนาม RDP ยังระบุก่อนหน้านี้ hyphomycetes น้ำดังกล่าว แต่ส่วนใหญ่ของลำดับถูกจัดให้อยู่ในระดับเพียงไฟลัม (Suppl. วัสดุที่ 4) เหล่านี้แผ่นชีวะทะเลสาบ autotrophic ดูเหมือนจะเป็นแหล่งอุดมสมบูรณ์ของความหลากหลายทางชีวภาพของเชื้อราและก่อให้เกิดแหล่งที่อยู่อาศัยเป้าหมายที่มีแนวโน้มสำหรับการศึกษาในอนาคต ไบโอฟิล์ม (ในกรณีของเรา periphyton ส่วนใหญ่ Littoral และไบโอฟิล์ม epilithic) ได้รับการตรวจสอบไม่ค่อยเชื้อราและมีเพียงไม่กี่ศึกษาเกี่ยวกับระบบนิเวศกระแสมีการสอบสวนการเกิดเชื้อรา (วัดเป็น ergosterol) บนพื้นผิวอื่น ๆ กว่าใบ (ถังและดอดส์ 2003 Artigas et อัล 2004. Aguilera et al, 2007;.. Frossard et al, 2012) ในทะเลสาบและลำธาร periphyton สามารถมีส่วนร่วมอย่างมากในการผลิตหลักของระบบนิเวศทั้งหมด (Lalonde et al, 1991;. Vadeboncoeur et al, 2007 และการอ้างอิงในนั้น. Vis, et al. 2007) และสามารถใช้เป็นแหล่งอาหารหลักสำหรับหญ้า macrozoobenthic ( Cattaneo และ Mousseau 1995) ผลการวิจัยของเราแสดงให้เห็นว่ามันไม่ได้เป็นเพียงแหล่งอุดมสมบูรณ์ของ lineages เชื้อราที่แตกต่างกันอย่างแพร่หลาย แต่ที่เชื้อราอาจมีบทบาทสำคัญในระบบนิเวศ periphyton พลิกจำนวนเงินที่สำคัญของคาร์บอนและคาร์บอนสาหร่ายจึงรวมในทะเลสาบ



หน้าดินและกกตัวอย่าง (CPOM)

ในทางตรงกันข้ามกับตัวอย่างน้ำลำดับเชื้อราเป็นที่โดดเด่นใน CPOM (สัตว์หน้าดินกก) ตัวอย่างและสัดส่วนญาติของพวกเขาถูกยกระดับอย่างมีนัยสำคัญในประเภท POM นี้ กลุ่มตัวอย่างส่วนใหญ่จมอยู่ใต้น้ำพืชตกค้างนอกเหนือไปจากสาหร่ายและสัตว์หน้าดิน Mitosporic lineages ascomycetes เป็นที่โดดเด่นตามด้วยร้อยละขนาดเล็กของ chytrids (ส่วนใหญ่ Cladochytridiales) และน้อยมากโคตา นี้จะปรากฏขึ้นสอดคล้องกับเริ่มต้น "morphotype สมมติฐานของเรา" ascomycetes Mitosporic เป็นตัวย่อยสลายพืชที่มีประสิทธิภาพในระบบน้ำจืด (Gessner et al. 2007) ที่พวกเขาจะถูกจัดกลุ่มร่วมกันเป็นระบบนิเวศ hyphomycetes น้ำ (เช่น Spirosphaera เป็น hyphomycete Aero-น้ำที่มีศักยภาพเพิ่มขึ้นถึง 12% ในตัวอย่างสัตว์หน้าดิน) สัตว์หน้าดินที่อยู่อาศัยมีสัดส่วนที่สูงของเชื้อราและเชื้อรา Otus อ่านและอาจจะเป็นบ้านที่เชื้อราผู้ที่รับผิดชอบในการสลายของพืชยังคงจมอยู่ใต้น้ำ ที่น่าสนใจความสำคัญของการ hyphomycetes น้ำสำหรับรายละเอียดโรงงานครอกป่านนี้เพียงแสดงให้เห็นในสภาพแวดล้อมที่ lotic กับทะเลสาบไม่ได้ตรวจสอบในรายละเอียด (ดู Chauvet et al. 2016) ในทางตรงกันข้ามกับตัวอย่างหน้าดินตัวอย่างกกแสดงการครอบงำของการสั่งซื้อของเชื้อรา Pleosporales (93%) การทำงานของโมเลกุลในช่วงต้นได้จัดตั้งขึ้นแล้วความหลากหลายสูงของ endophytes กก (Neubert et al. 2005 Angelini et al. 2012) และเราสามารถยืนยันสถานะของพวกเขา ตัวอย่างกกสามารถมองเห็นได้ในฐานะที่เป็น outgroup ในการศึกษาของเรามันประกอบไปด้วยชิ้นส่วนของพืชโผล่ออกมา ลำดับของ Pleosporales คำสั่งที่ถูก จำกัด ส่วนใหญ่จะอ้อและในระดับน้อยตัวอย่างหน้าดิน
สรุปผลการวิจัย

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ความแตกต่างระหว่างชุมชนฟิล์มหาย ( 28% ของในบันทึกในที่อยู่อาศัยที่ถูกระบุว่าเป็นเชื้อรา ) โดดเด่นด้วยรูปสาหร่ายฟิล์ม ( อัตราส่วนของเชื้อรากับเพอริไฟตอน / epilithic สาหร่ายได้ประมาณ 1 : 5 ดู Suppl . วัสดุ 4 , ซิลวาเทค ) ไบโอฟิล์มของสภาพแวดล้อมที่ซับซ้อน ( แสดงความแตกต่างระหว่างชนิดสูงสุดความมั่งคั่งของทั้งหมดแปดที่อยู่อาศัย ) และนี้สะท้อนให้เห็นได้จากความหลากหลายของกลุ่มของเชื้อราและซ่า . พร้อมกับ rhizophydiales และ spizellomycetales พบไคทริดอื่นๆ ของคำสั่งและ chytridiales cladochytridiales . พื้นที่ใกล้เคียงเซลล์โฮสต์ในเพอริไฟตอนอาจจะเหมาะสำหรับไคทริดชนิด ได้แก่อัตราพบสูงกับโฮสต์ที่มีศักยภาพและท ในทางตรงกันข้ามกับตัวอย่างน้ำ , RDP ลักษณนามสามารถจำแนกไคตริโ ายโคตามากขึ้นในระดับสกุล : nowakowskiella chyridium betamyces , และ . เพลงที่ 1 ยังระบุก่อนหน้านี้ที่กล่าวถึงน้ำพืช . อย่างไรก็ตามส่วนใหญ่ของลำดับแค่จัดระดับไฟลัม ( suppl . วัสดุ 4 ) พวกนี้โตโทรฟทะเลสาบไบโอฟิล์มดูเหมือนจะเป็นแหล่งที่อุดมไปด้วยความหลากหลายทางชีวภาพและก่อให้เกิดเชื้อราถิ่นที่เป้าหมายแนวโน้มการศึกษาในอนาคต ไบโอฟิล์ม ( ในกรณีของเราส่วนใหญ่ประเทศและเพอริไฟตอน epilithic ไบโอฟิล์ม ) ได้ไม่ค่อยตรวจสอบเชื้อรา และเพียงไม่กี่การศึกษาระบบนิเวศลำธารได้ศึกษาการเกิดเชื้อรา ( วัดเป็นโกสเทอรอล ) บนพื้นผิวอื่น ๆ กว่าใบ ( ถังและด็อดด์ 2003 ; uruguay . kgm et al . 2004 ; Aguilera et al . 2007 ; ฟรอสเซิร์ด et al . 2012 ) ในทะเลสาบและลำธาร เพอริไฟตอนสามารถมีส่วนร่วมอย่างเต็มที่ในการผลิตหลักของระบบนิเวศทั้งหมด ( lalonde et al . 1991 ; vadeboncoeur et al . 2550 อ้างอิง ; Vis et al . 2007 ) และสามารถเป็นแหล่งอาหารหลักสำหรับ macrozoobenthic grazers ( cattaneo และ mousseau 1995 ) เราได้ค้นพบว่ามันไม่เพียง แต่เป็นแหล่งที่อุดมไปด้วยอย่างกว้างขวางซึ่งราพันธุ์ แต่เชื้อราอาจมีบทบาทสำคัญในระบบนิเวศเพอริไฟตอน เปลี่ยนผ่านจำนวนเงินที่สำคัญของการใช้คาร์บอนและคาร์บอนจึงรวมอยู่ในทะเลสาบสัตว์หน้าดิน และ รีด ( cpom ) ตัวอย่างในทางตรงกันข้ามกับตัวอย่างน้ำ 3 ลำดับคือเด่นใน cpom ( สัตว์หน้าดิน , รีด ) และตัวอย่างของญาติสัดส่วนอย่างมีนัยสำคัญสูงในประเภทป้อมนี้ กลุ่มตัวอย่างส่วนใหญ่ในเศษซากพืชนอกจากนี้สาหร่าย และสัตว์หน้าดิน . mitosporic แอ คไมซิทิสพันธุ์เป็นเด่น รองลงมาร้อยละขนาดเล็กของไคทริด ( ส่วนใหญ่ cladochytridiales ) และน้อยมาก Basidiomycota . นี้จะปรากฏขึ้นที่สอดคล้องกับของเราเริ่มต้น " morphotype สมมติฐาน " แอ คไมซีตีส mitosporic มีประสิทธิภาพพืชย่อยสลายในระบบน้ำจืด ( เกสส์เนอร์ et al . 2007 ) ที่พวกเขาจะถูกจัดกลุ่มเข้าด้วยกันเป็นพืชนิเวศวิทยาทางน้ำ เช่น spirosphaera , ศักยภาพอากาศน้ำ hyphomycete เพิ่มขึ้น 12% ในสัตว์หน้าดินตัวอย่าง ) สัตว์หน้าดินที่อยู่อาศัยมีสัดส่วนสูงของเชื้อรา และเชื้อราในบ้านอ่านและอาจเป็นเชื้อราที่รับผิดชอบในการสลายของพืชใต้น้ำที่ยังคงอยู่ ที่น่าสนใจคือความสำคัญของน้ำสำหรับการปลูกพืชแคร่ได้ ป่านนี้เพิ่งแสดงในสภาพแวดล้อม lotic กับทะเลสาบยังไม่ได้ศึกษาในรายละเอียด ( ดูโชเว et al . 2016 ) ในทางตรงกันข้ามกับตัวอย่างสัตว์หน้าดิน , รีดตัวอย่างมีความเด่นของการสั่งซื้อของเชื้อรา pleosporales ( 93% ) งานแรกของโมเลกุลได้สร้างความหลากหลายสูงของรีด endophytes ( neubert et al . 2005 , แองเจลินี่ et al . 2012 ) และเราสามารถยืนยันตัวตนของพวกเขา กกสามารถเห็นเป็นกลุ่มตัวอย่างในการศึกษาของเรา มันประกอบด้วยชิ้นส่วนการอุบัติของพืช ลำดับของคำสั่ง pleosporales ส่วนใหญ่ถูกจำกัดให้ลิ้นและในระดับน้อยของตัวอย่างดิน .สรุป