ประวัติความเป็นมา
สมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยทรงตระหนักหลังจากมีการสร้างเมืองสมุทรปราการเสร็จในปี พ.ศ. ๒๓๖๕ และได้มีการสร้างป้อมที่สำคัญขึ้น ๖ ป้อม ได้แก่ ป้อมประโคนชัย ป้อมนารายณ์ปราบศึก ป้อมปราการ ป้อมกายสิทธิ์ ป้อมนาคราช ป้อมผีเสื้อสมุทร (ปัจจุบันเหลืออยู่สมบูรณ์ป้อมเดียว) ผู้ที่ทรงโปรดเกล้าฯ ในการเป็นแม่กองในการก่อสร้างป้อมทั้ง ๖ นี้คือ พระเจ้าลูกเธอกรมหมื่นเจษฎาบดินทร์กับเจ้าพระยาพระคลัง (ดิศ บุญนาค) พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยทรงพระราชดำริว่า การที่พระองค์ได้สละพระราชทรัพย์ครั้งนี้ก็เพื่อสวัสดิภาพของชาติและพระศาสนา จึงควรจักได้มีอนุสาวรีย์ไว้ให้ปรากฏพระเกียรติยศสืบไป ทรงเห็นเกาะหาดทรายอยู่ท้ายป้อมผีเสื้อสมุทร(ป้อมผีเสื้อสมุทรเป็นเกาะกลางน้ำ) เหมาะแก่การที่จะประดิษฐานพระเจดีย์ไว้เป็นอนุสรณ์ ดังนั้นจึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯให้พระเจ้าลูกยาเธอกรมหมื่นเจษฎาบดินทร์กับ เจ้าพระยาพระคลัง เป็นผู้อำนวยการสร้าง รับสั่งให้กรมพระราชวังบวรสถานมงคลมหาศักดิพลเสพ กับพระยาราชสงคราม จัดเขียนแผนผังรูปพระเจดีย์ถวาย เมื่อทรงทอดพระเนตรและทรงแก้ไขจนพอพระราชหฤทัยแล้ว จึงทรงเฉลิมพระนามว่า "พระสมุทรเจดีย์" ทั้งนี้คงจะมีพระราชประสงค์ให้เป็นคู่พระบารมีและอยู่คู่กับเมืองสมุทรปราการ ที่พระองค์ทรงโปรดเกล้าฯให้บูรณะขึ้นไว้แต่ยังมิทันจะได้ก่อสร้างพระสมุทรเจดีย์ เพราะยังไม่วางพระราชหฤทัยทรงเกรงพื้นฐานเกาะจะไม่แข็งแรงพอจึงทรงให้ปรับปรุงพื้นฐานให้มั่นคงต่อไปเสียก่อนแต่เป็นที่น่าเสียดายอย่างยิ่งยังมิทันที่พระองค์จะได้ทรงสร้างองค์พระสมุทรเจดีย์ขึ้นตามพระราชประสงค์ก็เสด็จสู่สวรรคตเสียก่อนในปี พุทธศักราช ๒๓๖๗ นั้นเอง สมเด็จพระเจ้าลูกยาเธอกรมหมื่นเจษฎาบดินทร์ ได้เสด็จเถลิงถวัลยราชสมบัติสืบต่อมาทรงพระนามว่า พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๓ แห่งราชวงศ์จักรี ในการถวายพระเพลิงพระบรมศพพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย ณ พระเมรุท้องสนามหลวงในครั้งนั้น เจ้าอนุผู้ครองนครเวียงจันทน์ ซึ่งเป็นเมืองขึ้นของประเทศสยาม ได้คุมราษฎรชาวเมืองเวียงจันทน์มาร่วมงานถวายพระเพลิงด้วย เมื่อการถวายพระเพลิงเสร็จสิ้นแล้ว พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯให้เจ้าพระยาศรีธรรมราชกับเจ้าพระยาพระคลัง เป็นแม่กองในการจัดสร้างพระสมุทรเจดีย์ขึ้นตาม พระราชประสงค์ของสมเด็จพระชนกต่อไป ราษฎรที่เจ้าอนุเวียงจันทน์คุมลงมาในครามถวายพระเพลิงจำนวน ๑,๐๐๐ คน ได้มีส่วนช่วยในการสร้างฐานรากขององค์พระสมุทรเจดีย์ ด้วยการตัดต้นตาลและลำเลียงต้นตาล จากจังหวัดเพชรบุรีและสุพรรณบุรี ลงมาทำรากฐานองค์พระสมุทรเจดีย์ จึงนับได้ว่าชาวเวียงจันทน์ได้มีส่วนร่วมบำเพ็ญกุศลสร้างฐานรากขององค์พระสมุทรเจดีย์ด้วย ครั้นถึง วันอังคาร ขึ้น ๑๑ ค่ำ เดือน ๑๒ จุลศักราช ๑๑๘๙ ปีกุล นพศก ตรงกับวันที่ ๓๐ ตุลาคม พุทธศักราช ๒๓๗๐ ทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯ ให้เจ้าพระยาศรีธรรมราช (น้อย) กับเจ้าพระยาพระคลัง (ดิศ บุญนาค) เป็นแม่กองจัดสร้างพระสมุทรเจดีย์ขึ้น เพื่อเป็นการสนองพระราชประสงค์ของสมเด็จพระบรมชนกนาถต่อไป