อุปสรรค
ในระหว่างการดำเนินการวิจัยพบปัญหาหลัก คือ การเกิดการกลายพันธุ์หรือเสื่อมสภาพ (Strain degeneration) ของแบคทีเรียที่ใช้ ซึ่งมีผลทำให้ประสิทธิภาพการผลิตตัวทำละลายอินทรีย์ ลดลง หรือไม่พบการผลิตตัวทำละลำยอินทรีย์เลย จะพบเฉพาะการผลิตกรดอินทรีย์เท่านั้นทั้งนี้ แบคทีเรีย Cl. acetobutylicum เป็นแบคทีเรียที่เจริญและสร้างตัวทำละลายอินทรีย์ใน สภาวะไร้ออกซิเจน (Strictly anaerobic bacteria) จึงทำให้เกิดความยุ่งยากในการดำเนินงาน ทั้งในเรื่องของการควบคุมสภาวะของกระบวนการหมัก การเตรียมกล้าเชื้อเพื่อใช้ในกระบวนการหมัก ตลอดจนการเก็บรักษาแบคทีเรียที่จะใช้เป็นกล้าเชื้อในกระบวนการหมัก ซึ่งขั้นตอนนี้ ได้แก้ปัญหาโดยทำการควบคุมสภาวะในระหว่างทำการหมักโดยการไล่ออกซิเจนในน้ำหมักก่อนการถ่ายกล้าเชื้อด้วยแก๊สไนโตรเจนทุกครั้งและจะให้แก๊สไนโตรเจนต่อไปอีกเรื่อยๆ จนกระทั้งพบว่าแบคทีเรียเริ่มมีการเจริญและสร้างแก๊สได้เอง (คาร์บอนไดออกไซด์และไฮโดรเจน) จึงจะหยุดการให้แก๊สไนโตรเจน สำหรับการเก็บ Stock กล้าเชื้อนั้นจะเก็บในรูปของสปอร์โดยละลายในน้ำกลั่นแล้วเก็บที่อุณหภูมิ 4ºC จนกว่าจะนำกล้าเชื้อนั้นไปใช้ เนื่องจากแบคทีเรียในรูปของสปอร์สามารถทนต่อสภาวะที่ไม่เหมาะสมหรือมีออกซิเจนอยู่ได้ และที่สำคัญการเก็บกล้าเชื้อในรูปของสารละลายสปอร์นั้นสามารถป้องกันการเกิดการกลายพันธุ์และเสียสภาพธรรมชาติของแบคทีเรียได้อีกด้วย