2.4. Sequence analysisPyrotag seque

2.4. Sequence analysis
Pyrotag sequencing reads were separated by their barcodes and extracted from the data set. Sequencing reads containing two or more ambiguous nucleotides, low quality score (average
score b 25), or reads shorter than 300 bp were discarded. The Mothur software package was used to analyze microbial communities. CD-HIT-OTU was used to remove chimeric sequences. Sequences were assigned to groups based on their bar codes, and similar sequences were assigned into
operational taxonomic units (OTUs) at a pairwise identify of 97% using UCLUST. The most abundant
sequence in each OTU, designated as the representative sequence,was classified taxonomically using Ribosomal Database Project (RDP) classifier 2.0.1 (Cole et al., 2009). The Silva rRNA database was used to identify regions of local similarity between sequences.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.4 การวิเคราะห์ลำดับ
Pyrotag ลำดับอ่านถูกแยกจากกันโดยบาร์โค้ดของพวกเขาและสารสกัดจากชุดข้อมูล Sequencing อ่านที่มีสองหรือคลุมเครือมากขึ้นนิวคลีโอ, คะแนนที่มีคุณภาพต่ำ (เฉลี่ย
คะแนน B 25) หรืออ่านสั้นกว่า 300 bp ถูกโยนทิ้ง แพคเกจซอฟต์แวร์ Mothur ถูกใช้ในการวิเคราะห์ชุมชนจุลินทรีย์ ซีดีตี OTU ถูกใช้ในการลบลำดับลูกผสม ลำดับที่ได้รับมอบหมายให้กลุ่มตามบาร์โค้ดของพวกเขาและลำดับที่คล้ายกันที่ได้รับมอบหมายลงใน
หน่วยอนุกรมวิธานการดำเนินงาน (Otus) ที่คู่ระบุ 97% โดยใช้ UCLUST มากที่สุด
ตามลำดับในแต่ละ OTU กำหนดให้เป็นลำดับตัวแทนถูกจัด taxonomically ใช้โครงการฐานข้อมูลยีน ribosomal (RDP) ลักษณนาม 2.0.1 (โคล et al., 2009) ฐานข้อมูลซิลวา rRNA ถูกใช้ในการระบุภูมิภาคของความคล้ายคลึงกันในท้องถิ่นระหว่างลำดับ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.4 . การวิเคราะห์ลำดับpyrotag ลำดับอ่านแยกได้จากบาร์โค้ดของพวกเขาและแยกจากชุดข้อมูล ลำดับอ่านที่มีสองคนหรือมากกว่าที่เรา คะแนนคุณภาพต่ำ ( โดยเฉลี่ยคะแนน B 25 ) หรืออ่านน้อยกว่า 300 BP ถูกละทิ้ง . การ mothur แพคเกจซอฟต์แวร์วิเคราะห์ชุมชนจุลินทรีย์ cd-hit-otu ถูกใช้เพื่อลบที่ ลำดับ ลำดับ ได้รับกลุ่มบนพื้นฐานของบาร์โค้ดของพวกเขาและลำดับใกล้เคียงกันเป็นกลุ่มหน่วยปฏิบัติการ ( ในบางตอน ) ที่ระบุของ 97% ใช้ uclust . มากมายที่สุดลำดับในแต่ละ otu , เขตเป็นตัวแทนลำดับ จัด taxonomically โดยใช้ฐานข้อมูลไรโบโซม ( RDP ) ลักษณนาม 2.0.1 ( โคล et al . , 2009 ) ฐานข้อมูล ซิลวา rRNA ถูกใช้เพื่อระบุความคล้ายคลึงระหว่างภูมิภาคท้องถิ่น ดังนี้