Yeast identificationYeasts were ide

Yeast identification

Yeasts were identified by analysis of the D1/D2 region of the large subunit of rRNA (LSU rRNA) gene sequence similarities (Kurtzman & Robnett 1998). Methods for DNA extraction and amplification of the D1/D2 domain were described previously (Limtong et al. 2007). The D1/D2 domain of the LSU rRNA gene was PCR amplified from yeast genomic DNA. The D1/D2 region of the LSU rRNA gene was amplified and sequenced with primers, NL1 and NL4 (Kurtzman & Robnett 1998). The PCR products were checked by agarose gel electrophoresis and purified using HiYield™ Gel/PCR DNA Fragments Extraction Kit (RBC Bioscience, Chung Ho City, Taipei, Taiwan). The purified products were submitted to Macrogen (Korea) for sequencing. Sequencing reactions were performed in a MJ Research PTC-225 Peltier Thermal Cycler, using an ABI PRISM® BigDye™ Terminator Cycle Sequencing Kit with AmpliTaq® DNA polymerase (FS enzyme) (Applied Biosystems, USA), following the protocols supplied by the manufacturer. Single-pass sequencing was performed on each template using the primers NL1 and NL4 for the D1/D2 region of the LSU rRNA gene. The fluorescent-labelled fragments were purified from the unincorporated terminators with an ethanol precipitation protocol. The samples were resuspended in distilled water and subjected to electrophoresis in an ABI 3730XL sequencer (Applied Biosystems, USA). The sequences were compared pairwise using a BLAST search (Altschul et al. 1997).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

รหัสยีสต์รายีสต์ถูกระบุ โดยการวิเคราะห์พื้นที่ D1/D2 ของย่อยใหญ่ของ rRNA (LSU rRNA) ยีนลำดับความคล้ายคลึงกัน (Kurtzman และ Robnett ปี 1998) วิธีการสกัดดีเอ็นเอและการขยายของโดเมน D1/D2 ได้อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ (ลิ่มทอง et al. 2007) โดเมน D1/D2 ของยีน LSU rRNA PCR ขยายจากยีสต์ออกดีเอ็นเอได้ ขยายพื้นที่ D1/D2 ของยีน LSU rRNA และเรียงลำดับกับไพรเมอร์ NL1 และ NL4 (Kurtzman และ Robnett ปี 1998) ผลิตภัณฑ์ PCR ถูกตรวจสอบ โดยอิเจ agarose และบริสุทธิ์โดยใช้ HiYield™ เจล/PCR ชุดดีเอ็นเอชิ้นส่วนสกัด (RBC วิทยาศาสตร์ชีวภาพ Chung โฮจิมินห์ซิตี้ ไทเป ไต้หวัน) ผลิตภัณฑ์บริสุทธิ์ส่งมาที่ Macrogen (เกาหลี) สำหรับลำดับ ลำดับปฏิกิริยาถูกดำเนินการในที่ MJ วิจัย PTC 225 Peltier ร้อน Cycler ด้วยการ ABI PRISM BigDye™เทอร์มิเนเตอร์รอบจัดลำดับชุด® AmpliTaq®ดีเอ็นเอพอลิเมอเรส (เอนไซม์ FS) (ใช้ศาสตร์เชิงชีวภาพ สหรัฐอเมริกา), ต่อโพรโทคอลที่จัดทำ โดยผู้ผลิต พาสเดียวลำดับดำเนินการบนแต่ละต้นใช้ไพรเมอร์ NL1 และ NL4 สำหรับภูมิภาค D1/D2 ของยีน LSU rRNA ชิ้นส่วนฉลากฟลูออเรสเซนต์ได้บริสุทธิ์จากต่อคณะกับโพรโทคอฝนมีเอทานอล ตัวอย่างที่ resuspended ในน้ำกลั่น และขึ้นอยู่กับอิในการ ABI 3730XL ฟังก์ชันซีเควนเซอร์ (ใช้ศาสตร์เชิงชีวภาพ สหรัฐอเมริกา) ลำดับที่ถูกเมื่อเทียบกับ pairwise ใช้การค้นหาระเบิด (Altschul et al. 1997)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บัตรประจำตัวยีสต์

ยีสต์ถูกระบุโดยการวิเคราะห์ของภูมิภาค D1 / D2 ของ subunit ขนาดใหญ่ของ rRNA (LSU rRNA) ความคล้ายคลึงกันยีน (เคิร์ทซ์และ Robnett 1998) วิธีการสกัดดีเอ็นเอและการขยายของโดเมน D1 / D2 ถูกอธิบายไว้ก่อนหน้า (ลิ่มทอง et al. 2007) โดเมน D1 / D2 ของยีน LSU rRNA ถูกขยาย PCR จากยีสต์ดีเอ็นเอ ภูมิภาค D1 / D2 ของยีน LSU rRNA ถูกขยายและติดใจกับไพรเมอร์, และ NL1 NL4 (เคิร์ทซ์และ Robnett 1998) ผลิตภัณฑ์ PCR ถูกตรวจสอบโดยข่าวคราว agarose และบริสุทธิ์โดยใช้เจล HiYield ™ / PCR ดีเอ็นเอเศษสกัด Kit (RBC Bioscience, จุงโฮซิตี, ไทเป, ไต้หวัน) ผลิตภัณฑ์บริสุทธิ์ถูกส่งไป Macrogen (เกาหลี) สำหรับการจัดลำดับ ปฏิกิริยาลำดับได้ดำเนินการในการระบายความร้อน Cycler MJ วิจัย PTC-225 Peltier โดยใช้ ABI PRISM® BigDye ™ Terminator วงจรลำดับ Kit กับAmpliTaq® DNA Polymerase (FS Enzyme) (Applied Biosystems, สหรัฐอเมริกา) ตามโปรโตคอลที่จัดทำโดยผู้ผลิต ลำดับเดียวผ่านได้ดำเนินการในแต่ละเทมเพลตโดยใช้ไพรเมอร์และ NL1 NL4 สำหรับภูมิภาค D1 / D2 ของยีน LSU rRNA ชิ้นส่วนที่เรืองแสงป้ายบริสุทธิ์จาก Terminators หน่วยงานที่มีเอทานอลโพรโทคอเร่งรัด ตัวอย่างถูก resuspended ในน้ำกลั่นและยัดเยียดให้อิเลคในซีเควน ABI 3730XL (Applied Biosystems, สหรัฐอเมริกา) ลำดับที่ได้มาเปรียบเทียบคู่ใช้การค้นหาระเบิด (Altschul et al. 1997)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การจำแนกยีสต์ยีสต์ที่ถูกระบุโดยการวิเคราะห์ D1 / D2 ภาคเหนือของหน่วยย่อยขนาดใหญ่ของ rRNA ( LSU rRNA ) ยีน ลำดับความคล้ายคลึงกัน ( เคิร์ทแมน & robnett 1998 ) วิธีการสกัดดีเอ็นเอ และเพิ่มจำนวนของ D1 / D2 โดเมนได้ถูกอธิบายไว้ก่อนหน้านี้ ( limtong et al . 2007 ) D1 / D2 โดเมนของ LSU rRNA ยีนของ genomic DNA PCR จากยีสต์ . D1 / D2 ภูมิภาคของยีน LSU rRNA เป็นอัตรา และลำดับเบสด้วยไพรเมอร์และ nl1 nl4 ( เคิร์ทแมน & robnett 1998 ) ผลิตภัณฑ์ทั้งหมดจะถูกตรวจสอบโดยเจลอิเลคโตรโฟรีซีสและบริสุทธิ์ใช้เจล / เทคนิคการสกัดดีเอ็นเอชุด™ hiyield ( RBC วิทยาศาสตร์ชีวภาพ จุงโฮเมืองไทเป , ไต้หวัน ) และผลิตภัณฑ์ที่ถูกส่งไปยัง macrogen ( เกาหลี ) ของ ลำดับปฏิกิริยาแสดงในงานวิจัย ptc-225 Thermal cycler MJ Peltier , ใช้ abi ปริซึม® bigdye ™ Terminator Kit กับวงจรการ amplitaq ® ( FS เอนไซม์ DNA polymerase ) ( Applied Biosystems , USA ) , ดังต่อไปนี้โปรโตคอลจัดโดยผู้ผลิต ลำดับผ่านเดียวคือใช้แม่แบบแต่ละใช้ไพรเมอร์ nl1 nl4 สำหรับ D1 / D2 และภูมิภาคของ LSU rRNA ยีน สารเรืองแสงที่มีเศษมีความบริสุทธิ์จากคนเหล็กหน่วยงานด้วยเอทานอลด้วยโปรโตคอล จำนวน resuspended ในน้ำกลั่นและภายใต้เรสใน ABI 3730xl ซีเควน ( Applied Biosystems สหรัฐอเมริกา ) ลำดับการเปรียบเทียบคู่ใช้ระเบิด ( แอลเชิล et al . 1997 )