Actinobacteria constitute one of th

Actinobacteria constitute one of the largest and ancient taxonomic phylum within the domain bacteria and are well known for their secondary metabolites. Considerable variation in the metabolic properties, genome size and GC content of the members of this phylum has been observed. Therefore, the placement of new or existing species based on 16S rRNA gene sometimes becomes problematic due to the low congruence level. In the present study, phylogeny of ninety actinobacterial genomes was reconstructed using single gene and whole genome based data. Where alignment-free phylogenetic method was found to be more robust, the concatenation of 94 proteins improved the resolution which all single gene based phylogenies failed to resolve. The comprehensive analysis of 94 conserved proteins resulted in a total of 42,447 informative sites, which is so far the largest meta-alignment obtained for this phylum. But the ultimate resolved phylogeny was obtained by generating a consensus tree by combining the information from single gene and genome based phylogenies. The present investigation clearly revealed that the consensus approach is a useful tool for phylogenetic inference and the taxonomic affiliations must be based on this approach. The consensus approach suggested that there is a need for taxonomic amendments of the orders Frankiales and Micrococcales.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Actinobacteria เป็นหนึ่งในไฟลัมอนุกรมวิธานที่ใหญ่ที่สุดและเก่าแก่ภายในโดเมนแบคทีเรียและเป็นที่รู้จักกันดีสำหรับรอง metabolites ของพวกเขา การเปลี่ยนแปลงมากในคุณสมบัติของการเผาผลาญอาหาร, จีโนมขนาดและเนื้อหา GC ของสมาชิกในไฟลัมนี้ได้รับการตั้งข้อสังเกต ดังนั้นตำแหน่งของสายพันธุ์ใหม่หรือที่มีอยู่บนพื้นฐานของ 16s rRNA ยีนบางครั้งกลายเป็นปัญหาอันเนื่องมาจากระดับความสอดคล้องกันในระดับต่ำ ในการศึกษาปัจจุบันของเชื้อชาติเก้าจีโนม actinobacterial ถูกสร้างโดยใช้ยีนเดียวและข้อมูลทั้งจีโนมตาม ซึ่งวิธีการจัดเรียงสายวิวัฒนาการฟรีพบว่ามีประสิทธิภาพมากขึ้นที่เชื่อมโยงกัน 94 โปรตีนที่ดีขึ้นความละเอียดซึ่​​งทั้งหมด phylogenies ยีนเดียวตามที่ล้มเหลวในการแก้ปัญหา การวิเคราะห์ที่ครอบคลุมจาก 94 โปรตีนที่มีผลในการอนุรักษ์รวม 42,447 เว็บไซต์ให้ข้อมูลซึ่งเป็นเพื่อให้ห่างไกลเมตาแนวร่วมใหญ่ที่สุดที่ได้รับสำหรับไฟลัมนี้แต่เชื้อชาติการแก้ไขที่ดีที่สุดที่ได้รับโดยการสร้างต้นไม้ฉันทามติโดยการรวมข้อมูลจากยีนเดี่ยวและ phylogenies ตามจีโนม การตรวจสอบข้อเท็จจริงในปัจจุบันอย่างชัดเจนแสดงให้เห็นว่าวิธีการที่สอดคล้องกันเป็นเครื่องมือที่มีประโยชน์สำหรับการอนุมานสายวิวัฒนาการและความผูกพันของอนุกรมวิธานต้องขึ้นอยู่กับวิธีการนี​​้วิธีการลงมติเป็นเอกฉันท์ให้เห็นว่ามีความจำเป็นสำหรับการแก้ไขการจัดหมวดหมู่ของคำสั่ง frankiales และ micrococcales

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

Actinobacteria เป็นหนึ่งในที่ใหญ่ที่สุด และโบราณอนุกรมวิธานไฟลัมภายในโดเมนแบคทีเรียและเป็นที่รู้จักกันดีสำหรับของ metabolites รอง เปลี่ยนแปลงมากในคุณสมบัติเผาผลาญ ขนาดจีโนมและ GC เนื้อหาของไฟลัมนี้ถูกตรวจสอบ ดังนั้น ตำแหน่งของสายพันธุ์ใหม่ หรือที่มีอยู่โดยใช้ยีน 16S rRNA ในบางครั้งจะมีปัญหาเนื่องจากระดับต่ำลงตัว ในการศึกษาปัจจุบัน phylogeny genomes actinobacterial เก้าสิบถูกเชิดโดยใช้ยีนเดี่ยวและกลุ่มทั้งหมดตามข้อมูล ซึ่งมีวิธีการจัดตำแหน่งฟรี phylogenetic พบให้มีประสิทธิภาพมากขึ้น เรียงต่อกันของโปรตีน 94 ปรับปรุงแก้ไขยีนเดี่ยวซึ่งทั้งหมดใช้ phylogenies ล้มเหลวในการแก้ไข การวิเคราะห์โปรตีน 94 นำครอบคลุมผลรวมของเว็บไซต์ข้อมูล 42,447 เอนจนสุด meta-จัดไฟลัมนี้ได้ แต่ phylogeny แก้ไขที่ดีที่สุดได้รับ โดยการสร้างต้นไม้มติโดยรวมข้อมูลจากยีนเดี่ยวและกลุ่มโดย phylogenies ตรวจสอบปัจจุบันชัดเจนเปิดเผยว่า วิธีการช่วยเป็นเครื่องมือที่มีประโยชน์สำหรับข้อ phylogenetic และเข้าสังกัดอนุกรมวิธานต้องยึดตามวิธีการนี้ วิธีช่วยแนะนำที่ มีความจำเป็นสำหรับแก้ไขอนุกรมวิธานของใบสั่ง Frankiales และ Micrococcales

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

actinobacteria เป็นหนึ่งใน phylum taxonomic มีขนาดใหญ่ที่สุดและเก่าแก่ที่อยู่ ภายใน โดเมนแบคทีเรียและมีชื่อเสียงเป็นที่รู้จักกันดีสำหรับ metabolites รองของพวกเขา การเปลี่ยนแปลงอย่างมากในคุณสมบัติของอาการโรคทางเมตาบอลิซึมที่มีเนื้อหาเฉพาะรุ่น GC และขนาดยีนของสมาชิกของ phylum แห่งนี้มีการสังเกต ดังนั้นการจัดวางสายพันธุ์ใหม่หรือที่มีอยู่ซึ่งใช้ 16 ยีน rrna S บางครั้งกลายเป็นปัญหาเนื่องจากระดับ congruence ต่ำ ในการศึกษาในปัจจุบันที่ phylogeny เก้าสิบ genomes actinobacterial เป็นก่อสร้างขึ้นใหม่เมื่อพ.ศ.โดยใช้ข้อมูลยีนและยีนเดี่ยวทั้งหมดซึ่งใช้ ซึ่งวิธีการการจัดแนว - แบบไม่เสียค่าบริการ phylogenetic ก็พบว่าจะมีความแข็งแกร่งมากขึ้นconcatenation ที่ 94 โปรตีนมากขึ้นความละเอียดซึ่งยีนเดี่ยวทั้งหมดซึ่งใช้ phylogenies ล้มเหลวในการแก้ไขปัญหา การวิเคราะห์อย่างละเอียดของ 94 โปรตีนสงวนไว้เป็นผลทำให้ยอดรวมของ 42,447 ไซต์ความรู้ซึ่งเป็นอย่างมากมีขนาดใหญ่ที่สุดเมตา - การจัดแนวที่ได้รับสำหรับ phylum นี้แต่ phylogeny ได้มีมติที่จะได้มาโดยการสร้างต้นไม้ฉันทามติโดยการรวมข้อมูลที่ได้จาก phylogenies ยีนและยีนซึ่งใช้เพียงครั้งเดียว การสืบสวนสอบสวนคดีนี้ได้อย่างชัดเจนเปิดเผยว่าแนวทางสมานฉันท์เป็นเครื่องมือที่เป็นประโยชน์สำหรับลงความเห็นได้และไมโครซอฟท์ phylogenetic taxonomic ต้องอยู่บนพื้นฐานในแนวทางนี้วิธีการก็คือฉันทามติที่ให้ความเห็นว่ามีความจำเป็นสำหรับการจอง taxonomic ของใบสั่งซื้อที่ได้ frankiales micrococcales และ