The NIAID workshop attendees discus

The NIAID workshop attendees discussed how best to characterize hematopoietic/immune cell subsets, as well as how to improve the overall ontological structure of the corresponding portions of the CL and of the CL ontology in general. The consensus view was that the current multiple inheritance structure of the CL is unsustainable and that existing and new terms for hematopoietic cells should be logically defined via their structural parts and qualities as represented in other ontologies. Much discussion centered on what might be the optimal axis of differentia for these hematopoietic terms. It was recognized that, in many cases, these cell types are defined largely, but not solely, by the expression of particular marker proteins either at the cell surface (e.g. receptor proteins) or internally (e.g. transcription factors). The presence of these proteins as part of a cell is considered a structural feature of the cell, and we have chosen to use the relation has_part (or an appropriate sub-relation) from the OBO Relation Ontology (RO) to relate particular cell types to protein terms from the Protein Ontology (PRO) or protein complex terms from the cellular component ontology of the Gene Ontology (GO) [7] and [8].

However, for certain cell types such as macrophages, the full molecular characterization of different types is still not complete in the literature, and anatomical location effectively serves as a major differentia for these cells, which can be expressed via the relation part_of. For other cell types, functional or lineage criteria serve as differentia for the complete definition of the cells. Functional criteria include the ability to execute or participate in particular processes that relate to individual cell types, such as those referred to by the GO biological process terms “leukocyte mediated cytotoxicity” or “cytokine production,” or processes that involve coordination of multiple cell types, such as that referred to by the GO term “T-helper 1 type immune response.” For this type of criteria we will use the capable_of type-level relation, defined in terms of the bearer_of and the realized_by type-level relations (these two relations will be incorporated in a future version of the RO). Formally, C capable_of P if there exists some D such that C bearer_of D and D realized_by P. Thus, we have focused on structural criteria where possible as the primary differentia, but have utilized other types of differentia when necessary. This flexibility is required to adhere to the commonly accepted biological definitions of individual cell types.

The Cell Ontology has been developed heretofore as an OBO-formatted ontology, and in developing the hematopoietic terms, we have relied on OBO-Edit 2.0 for editing the ontology, in conjunction with a text-editor for simpler modifications of the ontology file [9]. OBO-Edit provides textual and graphical interfaces that facilitate many aspects of ontology development, including the formation of cross-products, and the program worked well for our purposes.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เข้าร่วมประชุมเชิงปฏิบัติการ NIAID ที่วิธีส่วนกล่าวถึงลักษณะของชุดย่อยเซลล์ภูมิคุ้มกัน/กำเนิดของเม็ดเลือด ตลอดจนวิธีการปรับโครงสร้างโดยรวมโต้ของส่วนที่เกี่ยวข้อง และภววิทยา CL CL โดยทั่วไป ดูมติว่า ปัจจุบันโครงสร้างการสืบทอดหลายของ CL unsustainable และว่า เงื่อนไขที่มีอยู่ และใหม่สำหรับเซลล์กำเนิดของเม็ดเลือดควรตรรกะกำหนดของชิ้นส่วนโครงสร้างและคุณภาพตามที่แสดงใน ontologies อื่น ๆ สนทนามากแปลกเกี่ยวกับสิ่งที่อาจจะแกนในสุด differentia สำหรับเงื่อนไขเหล่านี้กำเนิดของเม็ดเลือด จะได้รู้ว่า ในหลายกรณี ชนิดเซลล์เหล่านี้จะกำหนดส่วนใหญ่ แต่ไม่เท่า นั้น โดยค่าของเครื่องหมายโดยเฉพาะโปรตีน ที่ผิวเซลล์ (เช่นตัวรับโปรตีน) หรือภายใน (เช่นปัจจัย transcription) สถานะของโปรตีนเหล่านี้เป็นส่วนหนึ่งของเซลล์ถือว่าลักษณะโครงสร้างของเซลล์ และเราเลือกใช้ has_part ความสัมพันธ์ (หรือความสัมพันธ์ย่อยที่เหมาะสม) จาก OBO สัมพันธ์ภววิทยา (RO) เพื่อเชื่อมโยงกับชนิดเซลล์เฉพาะเงื่อนไขโปรตีนโปรตีนภววิทยา (PRO) หรือเงื่อนไขซับซ้อนโปรตีนจากภววิทยาส่วนประกอบโทรศัพท์มือถือของยีนภววิทยา (ไป) [7] [8]อย่างไรก็ตาม บางชนิดในเซลล์เช่นบังเอิญ จำแนกโมเลกุลทั้งหมดแตกต่างเป็นยังคงไม่สมบูรณ์ในวรรณคดี และกายวิภาคตำแหน่งได้อย่างมีประสิทธิภาพบริการ differentia สำคัญสำหรับเซลล์เหล่านี้ ซึ่งสามารถแสดงผ่าน part_of ความสัมพันธ์ สำหรับเซลล์ชนิด ทำงานหรือเกณฑ์ของคนเชื้อสายอื่น ๆ ทำหน้าที่เป็น differentia สำหรับคำนิยามที่สมบูรณ์ของเซลล์ เงื่อนไขการทำงานรวมถึงความสามารถในการดำเนินการ หรือเข้าร่วมโดยเฉพาะกระบวนการที่เกี่ยวข้องกับเซลล์แต่ละชนิด เช่นที่อ้างอิง โดยไปที่กระบวนการชีวภาพเงื่อนไข "leukocyte mediated cytotoxicity" หรือ "อย่างไร cytokine ผลิต" หรือกระบวนการที่เกี่ยวข้องกับการประสานงานของเซลล์ชนิดหลาย เช่น อ้างอิงถึง โดยคำว่าไป "T-ผู้ช่วยเหลือ 1 ชนิดภูมิคุ้มกันตอบสนอง" สำหรับชนิดของเงื่อนไขนี้ เราจะใช้ความสัมพันธ์ชนิดระดับของ capable_of กำหนด bearer_of และความสัมพันธ์ระดับชนิด realized_by (ความสัมพันธ์สองเหล่านี้จะถูกรวมในรุ่นในอนาคตของ RO) อย่างเป็นกิจจะลักษณะ C capable_of P ถ้ามีบาง D เช่น C bearer_of D และ D realized_by P. ที่ ดังนั้น เราได้เน้นโครงสร้างเงื่อนไขได้เป็น differentia หลัก ได้มีใช้ชนิดอื่น ๆ differentia เมื่อจำเป็น ความยืดหยุ่นนี้จะต้องปฏิบัติตามข้อกำหนดทางชีวภาพยอมรับโดยทั่วไปของเซลล์แต่ละชนิดภววิทยาเซลล์ได้รับการพัฒนา heretofore เป็นภววิทยาเป็น OBO รูปแบบ และพัฒนาเงื่อนไขการกำเนิดของเม็ดเลือด ที่เราได้อาศัยใน 2.0 OBO แก้ไขแก้ไขภววิทยา ร่วมกับตัวแก้ไขข้อความสำหรับการแก้ไขง่ายกว่าแฟ้มภววิทยา [9] OBO แก้ไขให้อินเทอร์เฟซแบบกราฟิก และข้อความที่อำนวยความสะดวกหลายด้านของภววิทยาพัฒนา รวมถึงการก่อตัวของขนผลิตภัณฑ์ และโปรแกรมที่ทำงานดีสำหรับวัตถุประสงค์ของเรา

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ผู้เข้าร่วมประชุมเชิงปฏิบัติการแห่งชาติ กล่าวถึงวิธีที่ดีที่สุดที่จะอธิบายวิธี / ภูมิคุ้มกันเซลล์ย่อย ตลอดจนวิธีการปรับปรุงโครงสร้างโดยรวมของภววิทยาส่วนที่สอดคล้องกันของ CL และ CL ภววิทยาทั่วไปมุมมองฉันทามติคือว่าปัจจุบันหลายมรดกโครงสร้างของ CL คือไม่ยั่งยืนและที่มีอยู่และเงื่อนไขใหม่สำหรับสร้างเม็ดเลือด เซลล์ควรจะสามารถกำหนดผ่านทางส่วนโครงสร้างของพวกเขาและคุณภาพตามที่แสดงในนโทโลจีอีก เป็นศูนย์กลางในการอภิปรายมากที่อาจจะเหมาะสมสำหรับเงื่อนไขของแกน differentia เม็ดโลหิตเหล่านี้ มันได้รับการยอมรับว่าในหลายกรณี เซลล์เหล่านี้จะถูกกำหนดขึ้น แต่ไม่ แต่เพียงผู้เดียว โดยการแสดงออกของโปรตีนโดยเฉพาะเครื่องหมายที่เซลล์ผิว ( เช่นโปรตีนรีเซพเตอร์ ) หรือภายใน ( เช่น ปัจจัยการถอดความ ) การแสดงตนของโปรตีนเหล่านี้เป็นส่วนหนึ่งของเซลล์มีการพิจารณาคุณลักษณะโครงสร้างของเซลล์และเราได้เลือกใช้ความสัมพันธ์ has_part ( หรือความสัมพันธ์ที่เหมาะสมย่อย ) จากโอโบเกี่ยวกับภววิทยา ( RO ) ที่เกี่ยวข้องกับประเภทเฉพาะของเซลล์ในแง่โปรตีนจากโปรตีนภววิทยา ( Pro ) หรือโปรตีนที่ซับซ้อน แง่องค์ประกอบจากเซลล์ของยีนอภิปรัชญาอภิปรัชญา ( ไป ) [ 7 ] และ [ 8 ] .

แต่เซลล์บางชนิด เช่น แมคโครฟาจ ,โมเลกุลของพอลิเมอร์ชนิดต่างๆ เต็มยังไม่เสร็จสมบูรณ์ในวรรณคดี และกายวิภาคสถานที่มีประสิทธิภาพทำหน้าที่เป็น differentia หลักสำหรับเซลล์เหล่านี้ ซึ่งสามารถแสดงออกผ่านทางความสัมพันธ์ part_of . สำหรับเซลล์อื่น ๆ การทำงาน หรือวงศ์ตระกูลเกณฑ์เป็น differentia สำหรับคำนิยามที่สมบูรณ์ของเซลล์เกณฑ์การทำงาน รวมถึงความสามารถในการรันหรือมีส่วนร่วมในกระบวนการที่เกี่ยวข้องกับประเภทเฉพาะของเซลล์แต่ละคน เช่นผู้ที่อ้างถึงโดยกระบวนการทางชีวภาพ ด้าน " ทั้งนี้เพื่อไปต่อ " หรือ " ไซโตไคน์การผลิต " หรือกระบวนการที่เกี่ยวข้องกับการประสานงานของหลายประเภทของเซลล์ เช่น โดยเจ้าตัวยอมรับว่าไป คำว่า " t-helper 1 ชนิด ภูมิคุ้มกันตอบสนอง" สำหรับเงื่อนไขประเภทนี้ เราจะใช้ capable_of ประเภทระดับความสัมพันธ์ที่กำหนดไว้ในข้อตกลงของ bearer_of และ realized_by ประเภทระดับความสัมพันธ์ ( สองคนนี้ความสัมพันธ์จะรวมอยู่ในรุ่นอนาคตของ RO ) อย่างเป็นทางการ , C capable_of P หากมีบางอย่างเช่นที่ bearer_of D C D และ D realized_by หน้าปานเราได้เน้นโครงสร้างที่เป็นไปได้ differentia เกณฑ์เป็นหลัก แต่จะใช้ประเภทอื่น ๆของ differentia เมื่อจำเป็น ความยืดหยุ่นนี้จะต้องเป็นไปตามคำนิยามที่ยอมรับกันทั่วไปทางชีวภาพชนิดเซลล์แต่ละคน

เซลล์ภววิทยาได้มีการพัฒนารูปแบบสัญญาเป็นโอโบ อภิปรัชญา และในแง่วิธีพัฒนา ,เราได้อาศัย obo แก้ไข 2.0 สำหรับการแก้ไขอภิปรัชญา ร่วมกับโปรแกรมแก้ไขข้อความเพื่อแก้ไขง่ายของอภิปรัชญาแฟ้ม [ 9 ] แก้ไขข้อความและกราฟิกอินเทอร์เฟซให้โอโบที่อำนวยความสะดวกในการพัฒนาหลายด้าน อภิปรัชญา รวมถึงรูปแบบของผลิตภัณฑ์ไม้กางเขนและโปรแกรมทำงานได้ดีสำหรับวัตถุประสงค์ของเรา