I was able to get the same type of

I was able to get the same type of warning messages as you (Cufflinks complains that the BAM file does not appear to be in the correct format and there are warnings about invalid or 0 length cigar operations).

When I do a sam reheader, the warning messages go away and Cufflinks seems to operate just fine (I just pull off the header of the BAM file and give it back to itself). I know there is some redundancy with how BAM files store sequence name and length, so maybe there is something going on there.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ผมได้รับข้อความเตือนเป็นชนิดเดียวกัน (เน็คไทบ่นที่ อำนวยการมูลนิธิแฟ้มไม่ อยู่ในรูปแบบถูกต้อง และมีคำเตือนเกี่ยวกับการดำเนินงานของซิการ์ยาวไม่ถูกต้อง หรือ 0) เมื่อทำ reheader สาม ข้อความเตือนไป และเน็คไทที่ดูเหมือนว่าการใช้ งานเพียงปรับ (ฉันเพียงดึงออกส่วนหัวของแฟ้มอำนวยการมูลนิธิ และให้กลับไปเอง) ทราบว่า มีบางส่วนซ้ำกับวิธีอำนวยการมูลนิธิแฟ้มเก็บชื่อลำดับและความยาว ดังนั้นอาจมีเป็นสิ่งที่เกิดขึ้นมี

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ผมสามารถที่จะได้รับชนิดเดียวกันของข้อความเตือนที่คุณ (Cufflinks บ่นว่าไฟล์ BAM ไม่ปรากฏที่จะอยู่ในรูปแบบที่ถูกต้องและมีคำเตือนเกี่ยวกับไม่ถูกต้องหรือ 0 การดำเนินงานซิการ์ยาว). เมื่อผมทำ reheader sam ที่ ข้อความเตือนหายไปและ Cufflinks ดูเหมือนว่าจะทำงานได้ดี (ฉันเพียงแค่ดึงออกหัวของไฟล์ BAM และให้มันกลับไปเอง) ฉันรู้ว่ามีความซ้ำซ้อนกับวิธีการเก็บ BAM ชื่อลำดับไฟล์และระยะเวลาในบางดังนั้นอาจจะมีบางสิ่งบางอย่างที่เกิดขึ้นมี