GSMMs consider all metabolic possib

GSMMs consider all metabolic possibilities given the available substrates. By changing the substrates and their uptake rates in the media you can dictate what’s available in the model. However, for most metabolites the uptake rates are unknown. This can be solved setting these fluxes as unconstrained in the GSMM. This also enforces decision to not include all root components but only the most prevalent. You don’t want that rare compounds have a huge impact on the model predictions. This does imply that the model predictions could be slightly negative: with including the other available compounds the system may work even better.

To get the most realistic approximation for BananaGuard in the soil the M9 media composition was used with carbon as limiting nutrient. The carbon source is based on the exudates of banana roots and consists of 34% sucrose and 66% divided over multiple amino acids

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

GSMMs พิจารณาทั้งหมดเผาผลาญเพื่อให้พื้นผิวมี โดยการเปลี่ยนพื้นผิวและอัตราการดูดซึมในสื่อ คุณสามารถบอกสิ่งที่มีอยู่ในแบบจำลอง อย่างไรก็ตาม สำหรับส่วนใหญ่ของสาร อัตราการดูดซึมจะไม่รู้จัก นี้จะสามารถแก้ไขการตั้งค่าเหล่านี้ตัวช่วยหลอมเป็น unconstrained ในการ GSMM นี้ยังบังคับใช้ตัดสินใจที่จะมีส่วนประกอบหลักทั้งหมดแต่เท่าพบบ่อยที่สุด คุณไม่ต้องว่า สารที่หายากมีมากบนคาดคะเนรูปแบบ นี้ไม่ได้หมายความว่า การคาดการณ์ของแบบจำลองอาจจะติดลบเล็กน้อย: รวมทั้งสารอื่น ๆ ที่มีระบบอาจทำงานได้ดียิ่งขึ้นจะได้รับประมาณสมจริงที่สุดสำหรับ BananaGuard ในดินสื่อ M9 องค์ประกอบใช้กับคาร์บอนเป็นสารอาหารที่จำกัด แหล่งคาร์บอนอิง exudates ของรากกล้วย และประกอบด้วยซูโครส 34% และ 66% หารมากกว่ากรดอะมิโนหลาย

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

GSMMs พิจารณาความเป็นไปได้ของการเผาผลาญทั้งหมดได้รับพื้นผิวที่มีอยู่ โดยการเปลี่ยนพื้นผิวและอัตราการดูดซึมของพวกเขาในสื่อที่คุณสามารถกำหนดสิ่งที่มีอยู่ในรูปแบบ แต่สำหรับสารส่วนใหญ่อัตราการดูดซึมไม่เป็นที่รู้จัก นี้สามารถแก้ไขการตั้งค่าฟลักซ์เหล่านี้เป็นข้อ จำกัด ใน GSMM นอกจากนี้ยังบังคับใช้การตัดสินใจที่จะไม่รวมถึงส่วนประกอบรากทั้งหมด แต่ที่แพร่หลายมากที่สุด คุณไม่ต้องการที่ว่าสารที่หายากมีผลกระทบอย่างมากต่อการคาดการณ์รูปแบบ นี้ไม่ได้หมายความว่าการคาดการณ์รูปแบบที่อาจจะติดลบเล็กน้อย:. ด้วยรวมทั้งสารอื่น ๆ ที่มีระบบอาจทำงานได้ดียิ่งขึ้น

เพื่อให้ได้ใกล้เคียงกับที่สมจริงที่สุดสำหรับ BananaGuard ในดินองค์ประกอบสื่อ M9 ถูกนำมาใช้กับคาร์บอน จำกัด เป็นสารอาหาร แหล่งคาร์บอนจะขึ้นอยู่กับสิ่งคัดหลั่งของรากกล้วยและประกอบด้วยน้ำตาลซูโครส 34% และ 66% แบ่งออกเป็นกรดอะมิโนหลาย

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

gsmms พิจารณาความเป็นไปได้ให้การเผาผลาญสารอาหารพร้อมใช้งาน โดยการเปลี่ยนพื้นผิวและอัตราการดูดซึมของพวกเขาในสื่อที่คุณสามารถบอกสิ่งที่อยู่ในรูปแบบ อย่างไรก็ตาม ในการดูดสารมากที่สุด ผู้ที่ไม่รู้จัก นี้สามารถแก้ไขการตั้งค่าเหล่านี้ต่างกันไปทั้งใน gsmm . นี้ยังบังคับใช้การตัดสินใจไม่รวมทุกองค์ประกอบ แต่รากมากที่สุด แพร่หลาย คุณไม่ต้องการสารหายากมีผลกระทบขนาดใหญ่บนแบบจำลองคาดคะเน นี้ไม่ได้หมายความว่ารูปแบบการคาดการณ์อาจจะติดลบเล็กน้อยด้วย รวมทั้งอื่น ๆของสารประกอบระบบอาจทำงานได้ดียิ่งขึ้นได้รับการประมาณที่เหมือนจริงมากที่สุดสำหรับ bananaguard ในดินแปลง M9 สื่อถูกใช้กับคาร์บอนเป็นองค์ประกอบ จำกัด สารอาหาร แหล่งคาร์บอนที่ขึ้นอยู่กับสารที่หลั่งจากรากกล้วยและประกอบด้วยซูโครส 34% และ 66% แบ่งเป็นหลาย ๆกรดอะมิโน