Contigs were constructed using SPAd

Contigs were constructed using SPAdes v3.1.0 with default parameters. Sequence variations relative to a reference genome were then determined by aligning the contigs to the reference genome using LASTZ . For each contig,we used only the highest scoring set of non-overlapping (< 100 bp) alignments. We re-mapped the reads to the contigs using BWAmem
v0.7.112 with default parameters and obtained coverage and quality data for each site using mpileup in samtools v1.1 Variant sites were reported if they were associated with mutations or indels in the LASTZ alignment and were not removed due to any of the filters listed below.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Contigs ถูกสร้างขึ้นด้วยโพดำ v3.1.0 พารามิเตอร์เริ่มต้น เปลี่ยนแปลงลำดับสัมพันธ์กับกลุ่มอ้างอิงถูกตัดสินโดย contigs กับกลุ่มอ้างอิงที่ใช้ LASTZ แล้ว สำหรับแต่ละ contig เราใช้เฉพาะสูงที่สุดให้คะแนนชุดแมปมจัด (< 100 bp) เราอีกแมปอ่านการ contigs ใช้ BWAmemv0.7.112 กับพารามิเตอร์เริ่มต้น และได้รับความคุ้มครอง และคุณภาพข้อมูลสำหรับแต่ละไซต์ที่ใช้ mpileup ในเว็บไซต์ samtools v1.1 แปรมีรายงานถ้าพวกเขาเกี่ยวข้องกับการกลายพันธุ์หรือ indels ในแนว LASTZ และไม่ถูกเอาออกจากการ ใด ๆ ของตัวกรองที่แสดงด้านล่าง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

contigs ถูกสร้างขึ้นโดยใช้จอบ v3.1.0 กับค่าเริ่มต้น รูปแบบลำดับเมื่อเทียบกับจีโนมการอ้างอิงได้รับการพิจารณาแล้วโดยจัด contigs ไปอ้างอิงจีโนมโดยใช้ LASTZ สำหรับแต่ละ contig เราใช้เฉพาะชุดของคะแนนสูงสุด (<100 bp) การจัดแนวไม่ทับซ้อนกัน เราอีกครั้งที่แมปเพื่ออ่าน contigs โดยใช้ BWAmem
v0.7.112 กับพารามิเตอร์เริ่มต้นและได้รับความคุ้มครองและคุณภาพของข้อมูลสำหรับแต่ละเว็บไซต์โดยใช้ mpileup ใน samtools เว็บไซต์ Variant v1.1 ได้รับรายงานว่าพวกเขามีความสัมพันธ์กับการกลายพันธุ์หรือ indels ในการจัดตำแหน่งและ LASTZ ไม่ถูกเอาออกเนื่องจากการใด ๆ ของตัวกรองที่ระบุไว้ด้านล่าง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

สูงถูกสร้างขึ้นโดยใช้เสียม v3.1.0 กับพารามิเตอร์เริ่มต้น ลำดับการเปลี่ยนแปลงสัมพันธ์กับการอ้างอิงจีโนมแล้วกำหนดโดยสอดคล้องกับจีโนมอ้างอิงการใช้สูง lastz . สำหรับแต่ละ contig เราใช้เฉพาะคะแนนสูงสุดที่ชุดไม่ทับซ้อนกัน ( < 100 BP ) การจัดแนว เราเป็นแมปที่อ่านไปใช้ bwamem สูงv0.7.112 กับพารามิเตอร์เริ่มต้นและได้รับความคุ้มครองและคุณภาพของข้อมูลสำหรับแต่ละเว็บไซต์ที่ใช้ใน samtools mpileup v1.1 ตัวแปรเว็บไซต์รายงานถ้าพวกเขาเกี่ยวข้องกับการกลายพันธุ์ หรือ indels ใน lastz แนวร่วมและไม่ได้ถูกลบออกเนื่องจากใด ๆของตัวกรองที่ระบุด้านล่าง