What are all these genes doing? Thi

What are all these genes doing? This question is being attacked systematically by several kinds of functional test. Ideally, clean deletional knockouts of every gene in the worm would be made, comparable to the set that has been created for the budding yeast Saccharomyces cerevisiae [10], but efficient gene disruption by homologous recombination is not yet feasible in C. elegans. Consequently, systematic deletion is more work and chancier in worms than in yeast and progress is slower. Nevertheless, several hundred gene deletions have been generated already, and improvements in technology are leading to further increases in the knockout production rate [11].

While the research community waits for that resource, we are already provided with a cornucopia of information arising from expression studies [12], SAGE analysis [13], microarray data [14] and especially from the use of RNAi to generate transient knockouts [15]. RNAi knockouts entail treating worms with double-stranded (ds) RNA corresponding to coding sequences in an endogenous gene. This usually leads to a massive reduction in expression from the target gene, apparently by selective degradation of its mRNA. In high-throughput RNAi experiments, the dsRNA has been applied by microinjection [16], by feeding the worms on bacteria expressing a particular dsRNA [17], or by soaking worms directly in dsRNA solutions [18]. The technique is known to be fallible, in that some genes are refractory to RNAi (notably those expressed in neurons), but it probably works on well over 50% of all worm genes. Nevertheless, fewer than 15% of targets tested by RNAi yield any obvious phenotype. Similar conclusions emerge from the deletional knockout program. Further confirmation is provided by an increasing number of examples of homozygous-viable mutations in known genes, which have turned out to be small deletions removing several adjacent genes, without any significant additional phenotypes.

In sum, all of these studies indicate that most worm gene knockouts result in no obvious change in development, viability or behavior. This is consistent with the previous expectations from classical mutational analyses of C. elegans, which indicated that its genome contained fewer than 5,000 singly essential genes, and fewer than 7,000 genes for which mutational loss would have a noticeable effect. What, then, are the explanations for a total gene number three times higher? Some possible factors are discussed below, any or all of which may contribute to the high gene number.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ยีนเหล่านี้ทำอะไร คำถามนี้เป็นการโจมตีระบบ โดยการทดสอบการทำงานต่าง ๆ ดาว knockouts สะอาด deletional ของทุกยีนในหนอนจะ ทำการ เทียบเท่ากับชุดที่แล้วสำหรับการครอบครองยีสต์ Saccharomyces cerevisiae [10], แต่ยีนมีประสิทธิภาพทรัพย โดย homologous recombination ไม่ยังใน C. elegans ดังนั้น การลบระบบจะทำงานมากขึ้น และ chancier ในหนอนมากกว่าในยีสต์ และความคืบหน้าได้ช้าลง อย่างไรก็ตาม มีการสร้างหลายร้อยยีนลบแล้ว และปรับปรุงเทคโนโลยีจะนำไปเพิ่มเติมในอัตราการผลิตน่าพิศวง [11]ในขณะที่ชุมชนวิจัยรอทรัพยากร แล้วเราจะให้กับซาวน่าของข้อมูลที่เกิด จากการศึกษานิพจน์ [12], วิเคราะห์ SAGE [13] microarray ข้อมูล [14] และโดยเฉพาะอย่างยิ่ง จากการใช้ RNAi ในการสร้างแบบฉับพลัน knockouts [15] RNAi knockouts อันรักษาหนอนกับสองขน (ds) อาร์เอ็นเอที่สอดคล้องกับการกำหนดลำดับในการยีน endogenous นี้มักจะนำไปสู่ลดขนาดใหญ่ในนิพจน์จากยีนเป้าหมาย เห็นได้ชัด โดยใช้ย่อยสลายของ mRNA ของ ในอัตราความเร็วสูง RNAi ทดลอง dsRNA ได้ถูกใช้ โดย microinjection [16], โดยการให้อาหารตัวหนอนในแบคทีเรียที่แสดง dsRNA เฉพาะ [17], หรือชมหนอน dsRNA โซลูชั่น [18] โดยตรง เทคนิคการเป็นที่รู้จักกันเป็น fallible ที่บางยีนมี refractory การ RNAi (ยวดผู้แสดงใน neurons), แต่มันอาจจะทำงานในดีกว่า 50% ของทั้งหมดหนอน อย่างไรก็ตาม น้อยกว่า 15% ของเป้าหมายทดสอบ โดย RNAi ผลตอบแทนใด ๆ phenotype ชัดเจน ข้อสรุปที่คล้ายกันเกิดขึ้นจากโปรแกรมชนะน็อกโดยเทคนิค deletional ยืนยันเพิ่มเติมได้ โดยการเพิ่มจำนวนตัวอย่างของ homozygous ได้กลายพันธุ์ในยีนชื่อดัง ซึ่งได้กลายเป็นลบเล็กเอาหลายยีนติด โดยฟีใด ๆ เพิ่มเติมอย่างมีนัยสำคัญIn sum, all of these studies indicate that most worm gene knockouts result in no obvious change in development, viability or behavior. This is consistent with the previous expectations from classical mutational analyses of C. elegans, which indicated that its genome contained fewer than 5,000 singly essential genes, and fewer than 7,000 genes for which mutational loss would have a noticeable effect. What, then, are the explanations for a total gene number three times higher? Some possible factors are discussed below, any or all of which may contribute to the high gene number.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

สิ่งที่ยีนเหล่านี้ทำอะไรอยู่? คำถามนี้จะถูกโจมตีระบบโดยหลายชนิดของการทดสอบการทำงาน จะเป็นการดีที่ knockouts deletional สะอาดของยีนในหนอนทุกคนจะต้องทำเมื่อเทียบกับชุดที่ได้รับการสร้างขึ้นสำหรับยีสต์ Saccharomyces cerevisiae รุ่น [10] แต่การหยุดชะงักของยีนที่มีประสิทธิภาพโดยการรวมตัวกันอีกคล้ายคลึงกันยังไม่เป็นที่เป็นไปได้ใน C. elegans ดังนั้นการลบคือการทำงานที่เป็นระบบมากขึ้นและ chancier ในเวิร์มกว่าในยีสต์และความคืบหน้าช้า อย่างไรก็ตามหลายร้อยลบยีนได้รับการสร้างแล้วและการปรับปรุงในด้านเทคโนโลยีจะนำไปสู่การเพิ่มขึ้นต่อไปในอัตราการผลิตที่น่าพิศวง [11]. ในขณะที่การวิจัยชุมชนรอสำหรับทรัพยากรที่เรามีอยู่แล้วให้มีความอุดมสมบูรณ์ของข้อมูลที่เกิดจากการแสดงออก การศึกษา [12] การวิเคราะห์ SAGE [13] ข้อมูล microarray [14] และโดยเฉพาะอย่างยิ่งจากการใช้ RNAi เพื่อสร้าง knockouts ชั่วคราว [15] knockouts RNAi นำมาซึ่งการรักษาด้วยหนอนเกลียวคู่ (ds) อาร์เอ็นเอที่สอดคล้องกับลำดับการเข้ารหัสในยีนภายนอก นี้มักจะนำไปสู่การลดลงมากในการแสดงออกของยีนจากเป้าหมายที่เห็นได้ชัดจากการย่อยสลายเลือกของ mRNA ของ ในการส่งผ่านสูงทดลอง RNAi ที่ dsRNA ได้รับการใช้โดย microinjection [16] โดยการให้อาหารหนอนแบคทีเรียแสดงเฉพาะ dsRNA [17] หรือโดยการแช่เวิร์มโดยตรงในการแก้ปัญหา dsRNA [18] เทคนิคที่เป็นที่รู้จักกันทำผิดในการที่ยีนบางคนทนไฟเพื่อ RNAi (สะดุดตาที่แสดงในเซลล์ประสาท) แต่มันอาจจะทำงานบนดีกว่า 50% ของยีนหนอนทั้งหมด แต่น้อยกว่า 15% ของเป้าหมายการทดสอบโดย RNAi ผลผลิตฟีโนไทป์ที่เห็นได้ชัด ๆ ข้อสรุปที่คล้ายกันโผล่ออกมาจากโปรแกรมที่น่าพิศวง deletional ยืนยันต่อไปให้บริการโดยการเพิ่มจำนวนของตัวอย่างของการกลายพันธุ์ homozygous ทำงานได้ในยีนที่รู้จักกันซึ่งได้เปิดออกมาเป็นลบขนาดเล็กเอายีนที่อยู่ติดกันหลายโดยไม่ต้อง phenotypes ใด ๆ เพิ่มเติมอย่างมีนัยสำคัญ. ในผลรวมทั้งหมดของการศึกษาเหล่านี้แสดงให้เห็นยีนหนอนมากที่สุดที่ Knockouts ส่งผลให้เกิดการเปลี่ยนแปลงที่เห็นได้ชัดไม่มีในการพัฒนาความมีชีวิตหรือพฤติกรรม ซึ่งสอดคล้องกับการคาดการณ์ก่อนหน้านี้จากการวิเคราะห์ mutational คลาสสิกของ elegans ซีซึ่งชี้ให้เห็นว่าจีโนมของมันมีน้อยกว่า 5,000 ยีนที่จำเป็นโดยลำพังและน้อยกว่า 7,000 ยีนที่สูญเสีย mutational จะมีผลที่เห็นได้ชัดเจน อะไรแล้วมีคำอธิบายสำหรับจำนวนของยีนรวมสามครั้งที่สูงขึ้น? ปัจจัยบางอย่างที่เป็นไปได้ที่จะกล่าวถึงด้านล่างหรือทั้งหมดซึ่งอาจนำไปสู่จำนวนยีนสูง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

แล้วพวกนี้ยีนทำอะไร ? คำถามนี้ถูกโจมตีอย่างเป็นระบบโดยหลายชนิดของการทดสอบ . นึกคิด , สะอาด deletional knockouts ของทุกยีนในหนอนจะทำ เปรียบได้กับการตั้งค่าที่ถูกสร้างขึ้นสำหรับรุ่นยีสต์ Saccharomyces cerevisiae [ 10 ] แต่การหยุดชะงักของการเปรียบเทียบประสิทธิภาพโดยยังไม่สามารถไปได้ในถิ่น . . . จากนั้นแล้วพวกนี้ยีนทำอะไร ? คำถามนี้ถูกโจมตีอย่างเป็นระบบโดยหลายชนิดของการทดสอบ . นึกคิด , สะอาด deletional knockouts ของทุกยีนในหนอนจะทำ เปรียบได้กับการตั้งค่าที่ถูกสร้างขึ้นสำหรับรุ่นยีสต์ Saccharomyces cerevisiae [ 10 ] แต่การหยุดชะงักของการเปรียบเทียบประสิทธิภาพโดยยังไม่สามารถไปได้ในถิ่น . . . จากนั้นแล้วพวกนี้ยีนทำอะไร ? คำถามนี้ถูกโจมตีอย่างเป็นระบบโดยหลายชนิดของการทดสอบ . นึกคิด , สะอาด deletional knockouts ของทุกยีนในหนอนจะทำ เปรียบได้กับการตั้งค่าที่ถูกสร้างขึ้นสำหรับรุ่นยีสต์ Saccharomyces cerevisiae [ 10 ] แต่การหยุดชะงักของการเปรียบเทียบประสิทธิภาพโดยยังไม่สามารถไปได้ในถิ่น . . . จากนั้นแล้วพวกนี้ยีนทำอะไร ? คำถามนี้ถูกโจมตีอย่างเป็นระบบโดยหลายชนิดของการทดสอบ . นึกคิด , สะอาด deletional knockouts ของทุกยีนในหนอนจะทำ เปรียบได้กับการตั้งค่าที่ถูกสร้างขึ้นสำหรับรุ่นยีสต์ Saccharomyces cerevisiae [ 10 ] แต่การหยุดชะงักของการเปรียบเทียบประสิทธิภาพโดยยังไม่สามารถไปได้ในถิ่น . . . จากนั้นแล้วพวกนี้ยีนทำอะไร ? คำถามนี้ถูกโจมตีอย่างเป็นระบบโดยหลายชนิดของการทดสอบ . นึกคิด , สะอาด deletional knockouts ของทุกยีนในหนอนจะทำ เปรียบได้กับการตั้งค่าที่ถูกสร้างขึ้นสำหรับรุ่นยีสต์ Saccharomyces cerevisiae [ 10 ] แต่การหยุดชะงักของการเปรียบเทียบประสิทธิภาพโดยยังไม่สามารถไปได้ในถิ่น . . . จากนั้นแล้วพวกนี้ยีนทำอะไร ? คำถามนี้ถูกโจมตีอย่างเป็นระบบโดยหลายชนิดของการทดสอบ . นึกคิด , สะอาด deletional knockouts ของทุกยีนในหนอนจะทำ เปรียบได้กับการตั้งค่าที่ถูกสร้างขึ้นสำหรับรุ่นยีสต์ Saccharomyces cerevisiae [ 10 ] แต่การหยุดชะงักของการเปรียบเทียบประสิทธิภาพโดยยังไม่สามารถไปได้ในถิ่น . . . จากนั้นแล้วพวกนี้ยีนทำอะไร ? คำถามนี้ถูกโจมตีอย่างเป็นระบบโดยหลายชนิดของการทดสอบ . นึกคิด , สะอาด deletional knockouts ของทุกยีนในหนอนจะทำ เปรียบได้กับการตั้งค่าที่ถูกสร้างขึ้นสำหรับรุ่นยีสต์ Saccharomyces cerevisiae [ 10 ] แต่การหยุดชะงักของการเปรียบเทียบประสิทธิภาพโดยยังไม่สามารถไปได้ในถิ่น . . . จากนั้นแล้วพวกนี้ยีนทำอะไร ? คำถามนี้ถูกโจมตีอย่างเป็นระบบโดยหลายชนิดของการทดสอบ . นึกคิด , สะอาด deletional knockouts ของทุกยีนในหนอนจะทำ เปรียบได้กับการตั้งค่าที่ถูกสร้างขึ้นสำหรับรุ่นยีสต์ Saccharomyces cerevisiae [ 10 ] แต่การหยุดชะงักของการเปรียบเทียบประสิทธิภาพโดยยังไม่สามารถไปได้ในถิ่น . . . จากนั้น