Distance-matrix methods of phylogen

Distance-matrix methods of phylogenetic analysis explicitly rely on a measure of "genetic distance" between the sequences being classified, and therefore they require an MSA (multiple sequence alignment) as an input. Distance is often defined as the fraction of mismatches at aligned positions, with gaps either ignored or counted as mismatches.[1] Distance methods attempt to construct an all-to-all matrix from the sequence query set describing the distance between each sequence pair. From this is constructed a phylogenetic tree that places closely related sequences under the same interior node and whose branch lengths closely reproduce the observed distances between sequences. Distance-matrix methods may produce either rooted or unrooted trees, depending on the algorithm used to calculate them. They are frequently used as the basis for progressive and iterative types of multiple sequence alignment. The main disadvantage of distance-matrix methods is their inability to efficiently use information about local high-variation regions that appear across multiple subtrees

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

วิธีเมตริกซ์ระยะทาง phylogenetic วิเคราะห์ชัดเจนอาศัยวัด "ระยะห่างทางพันธุกรรม" ระหว่างลำดับการจัดประเภท และดังนั้น พวกเขาต้องการ MSA (หลายลำดับตำแหน่ง) เป็นอินพุต ระยะทางมักจะถูกกำหนดเป็นเศษ mismatches ที่วางตำแหน่ง มีช่องละเว้น หรือนับเป็น mismatches[1] ระยะวิธีพยายามสร้างเมทริกซ์การทั้งหมดทั้งหมดจากแบบสอบถามลำดับที่ตั้งอธิบายระยะห่างระหว่างแต่ละคู่ลำดับ จากนี้จะสร้างลำดับต้นไม้ phylogenetic ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดภายใต้โหนภายในเดียวกัน และความยาวที่มีสาขาอย่างใกล้ชิดซ้ำระยะสังเกตระหว่างลำดับงาน วิธีเมตริกซ์ระยะอาจผลิตราก หรือ unrooted ต้นไม้ ขึ้นอยู่กับอัลกอริทึมที่ใช้ในการคำนวณได้ พวกเขามักถูกใช้เป็นข้อมูลพื้นฐานสำหรับชนิดก้าวหน้า และซ้ำหลายลำดับตำแหน่ง ข้อเสียหลักของเมตริกซ์จากวิธีคือ ไม่สามารถใช้ข้อมูลเกี่ยวกับภูมิภาคเปลี่ยนแปลงสูงในท้องถิ่นที่ปรากฏระหว่าง subtrees หลายอย่างมีประสิทธิภาพ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

วิธีการระยะทางแมทริกซ์ของการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการอย่างชัดเจนพึ่งพามาตรการของ "ระยะทางพันธุกรรม" ระหว่างลำดับการจำแนกและดังนั้นพวกเขาจำเป็นต้อง MSA (ลำดับการจัดเรียงหลาย) เป็นอินพุท ระยะทางที่กำหนดไว้มักจะเป็นส่วนของที่ไม่ตรงกันที่ตำแหน่งสอดคล้องกับช่องว่างทั้งละเลยหรือนับเป็นไม่ตรงกัน. [1] วิธีการระยะทางพยายามที่จะสร้างทั้งหมดเพื่อเมทริกซ์จากชุดแบบสอบถามลำดับอธิบายระยะห่างระหว่างแต่ละคู่ลำดับ จากนี้จะถูกสร้างต้นไม้สายวิวัฒนาการที่สถานลำดับที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดภายใต้โหนดภายในเดียวกันและมีความยาวสาขาอย่างใกล้ชิดทำซ้ำระยะสังเกตระหว่างลำดับ วิธีการระยะทางแมทริกซ์อาจผลิตทั้งรากหรือ unrooted ต้นไม้ขึ้นอยู่กับขั้นตอนวิธีการที่ใช้ในการคำนวณพวกเขา พวกเขามักจะใช้เป็นพื้นฐานสำหรับประเภทก้าวหน้าและซ้ำของลำดับการจัดเรียงหลาย ข้อเสียเปรียบหลักของวิธีการทางเมทริกซ์คือการไร้ความสามารถของพวกเขาได้อย่างมีประสิทธิภาพใช้ข้อมูลเกี่ยวกับภูมิภาคการเปลี่ยนแปลงสูงท้องถิ่นที่ปรากฏทั่ว subtrees หลาย

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ระยะทางที่เมทริกซ์ วิธีการของการวิเคราะห์ phylogenetic อย่างชัดเจนพึ่งพามาตรการ " ระยะทาง " ทางพันธุกรรมระหว่างลำดับการจัด และดังนั้น พวกเขาต้อง MSA ( หลายลำดับตำแหน่ง ) เช่น การป้อนข้อมูล ระยะมักจะหมายถึงเศษส่วนของความไม่สอดคล้องที่ตำแหน่งที่มีช่องว่างให้ละเว้น หรือ นับเป็นความไม่ .[ 1 ] ระยะห่างวิธีการพยายามที่จะสร้างทั้งหมดทุกเมทริกซ์จากลำดับการตั้งค่าที่อธิบายถึงระยะห่างระหว่างแต่ละลำดับคู่ จากนี่สร้าง phylogenetic ต้นไม้ที่วางลำดับความสัมพันธ์อย่างใกล้ชิดภายใต้โหนดภายในเดียวกันที่มีความยาวและสาขาอย่างใกล้ชิดทำซ้ำและระยะทางระหว่าง ลำดับวิธีเมตริกซ์ระยะทางอาจผลิตให้รากหรือต้น unrooted ขึ้นอยู่กับวิธีที่ใช้ในการคำนวณได้ พวกเขามักจะใช้เป็นฐานสำหรับประเภทก้าวหน้าและซ้ำหลายลำดับตำแหน่ง ข้อเสียเปรียบหลักของวิธีเมทริกซ์ระยะของพวกเขาไม่สามารถมีประสิทธิภาพสูง การใช้ข้อมูลเกี่ยวกับท้องถิ่น ภูมิภาค ที่ปรากฏในหลาย subtrees