Amplicons were purified through Gen

Amplicons were purified through GenElute PCR Clean-Up
columns (SigmaeAldrich, St. Louis, MO, USA), and the DNA
concentration and quality was measured using an Epoch microvolume
spectrophotometer (BioTek Instruments, Winooski, VT, dissimilarity cut-off and served as OTUs for generating predictive
rarefaction models, and for determining the ACE and Chao1 richness
(Chao and Bunge, 2002) and Shannon diversity indices
(Shannon andWeaver, 1949). The MOTHUR program was also used
to perform the Fast UniFrac test, which was employed to compare
the phylogenetic structure of the libraries and to generate the Venn
diagrams. A neighbour-joining tree was constructed with representative
sequences of each OTU selected by MOTHUR. These
sequences were compared against the RDP database using the
Seqmatch option to select for the nearest neighbours. All sequences
were then aligned using MEGA 5.0 software (Tamura et al., 2011)
and the JukeseCantor model. The equivalent sequence of the
archaea Halococcus saccharolyticus (AB004876) was used as an
outgroup to root the tree.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

amplicons บริสุทธิ์ผ่าน GenElute? PCR Clean-Up
คอลัมน์ (SigmaeAldrich เซนต์หลุยส์ MO, USA)
และดีเอ็นเอเข้มข้นและคุณภาพได้รับการวัดโดยใช้ยุคmicrovolume
spectrophotometer (Biotek เครื่องมือ, นุ, VT, ความแตกต่างกันตัดและทำหน้าที่เป็น Otus
สำหรับการสร้างการทำนายเจือรูปแบบและการกำหนด ACE และความอุดมสมบูรณ์ Chao1
(เจ้าและ Bunge, 2002) และแชนนอนดัชนีความหลากหลาย
(Shannon andWeaver, 1949). โปรแกรม MOTHUR
ยังถูกนำมาใช้ในการดำเนินการทดสอบUniFrac
อย่างรวดเร็วซึ่งถูกจ้างมาเพื่อเปรียบเทียบโครงสร้างสายวิวัฒนาการของห้องสมุดและการสร้างเวนน์ไดอะแกรม.
ให้เพื่อนบ้านเข้าสู่ต้นไม้ที่สร้างขึ้นกับตัวแทนลำดับของแต่ละ OTU เลือกโดย MOTHUR. เหล่าลำดับเมื่อเทียบกับฐานข้อมูลRDP โดยใช้ตัวเลือกSeqmatch เพื่อเลือกสำหรับเพื่อนบ้านที่ใกล้ที่สุด. ลำดับทั้งหมดถูกจัดชิดแล้วโดยใช้ซอฟแวร์ 5.0 MEGA (ทามูระ et al., 2011) และรูปแบบ JukeseCantor ได้. ลำดับที่เทียบเท่าของเคีHalococcus saccharolyticus (AB004876) ถูกนำมาใช้เป็นoutgroup จะขุดรากถอนโคนต้นไม้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

amplicons มีความบริสุทธิ์ผ่าน genelute  PCR ทำความสะอาด
คอลัมน์ ( sigmaealdrich เซนต์หลุยส์ โม , USA ) และดีเอ็นเอ
ความเข้มข้นและคุณภาพการวัดยุค microvolume
Spectrophotometer ( biotek เครื่องมือ Winooski , VT , จะตัดและทำหน้าที่ในการสร้างโมเดลทำนาย
rarefaction และการกําหนดและ Ace chao1
( Chao และสมัชชาความ ,2002 ) และ แชนนอน ค่าดัชนีความหลากหลาย
( แชนนอน andweaver 1949 ) โปรแกรม mothur ยังใช้
ทํา unifrac อย่างรวดเร็วการทดสอบที่ใช้เปรียบเทียบ
โครงสร้างของห้องสมุดต่างๆ และเพื่อสร้างแผนภาพเวนน์
. เพื่อนบ้านร่วมต้นไม้ถูกสร้างขึ้นด้วยตัวแทน
ลำดับของแต่ละ otu เลือกโดย mothur . เหล่านี้
ลำดับการเปรียบเทียบกับ RDP ฐานข้อมูลโดยใช้
seqmatch ตัวเลือกเพื่อเลือกสำหรับเพื่อนบ้านที่ใกล้ที่สุด ทั้งหมดเป็นลำดับ
แล้วชิดใช้ Mega 5.0 ซอฟต์แวร์ ( ทามูระ et al . , 2011 )
และ jukesecantor นางแบบ เทียบเท่าลำดับ
อาร์เคีย halococcus saccharolyticus ( ab004876 ) ถูกใช้เป็น
กลุ่มรากต้นไม้