The complete mt genome sequences of

The complete mt genome sequences of the above squids and cuttlefish were determined using shotgun sequencing (Murata et al., 2003) and primer walking techniques. Long and Accurate (LA) PCR was performed using primers designed for tRNAser, 16S and 12S genes based on available DNA sequences from squids and cuttlefish. Due to the duplicated genes, the mt genome of B. abyssicola was separately amplified into two regions, extending from upstream of 16S to downstream of 12S and from downstream of 16S to upstream of 12S. The complete mt genome sequence of B. abyssicola was established after the amplified regions were separately sequenced and assembled.
Annotation of rRNA and coding genes in mt genomes were identified by comparison with the following mt DNA sequences available in GenBank: Sepia officinalis (Accession No. AB240155), Sepioteuthis lessoniana (Accession No. AB240154), Watasenia scintilans(Accession No. AB240152), and Todarodes pacificus (Accession No. AB240153) reported by Akasaki et al. (2006); Loligo bleekeri (Accession No. AB029616) reported bySasuga et al. (1999) and Tomita et al. (2002); and Sepia esculenta (Accession No. AB266516) reported by Yokobori et al. (2007). tRNA sequences were identified by nucleotide sequence homologies to the above published tRNAs’ sequences of squids and cuttlefish, and verified by manually confirming that their intergenic sequences could be folded to form the typical cloverleaf structures with anticodons (data not shown).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

กำหนดลำดับจีโนมที่สมบูรณ์ mt ที่ของปลาหมึกและปลาหมึกข้างต้นใช้ shotgun sequencing (Murata et al. 2003) และไพรเมอร์เดินเทคนิค ยาว และทำถูกต้อง (LA) PCR โดยใช้ไพรเมอร์ที่ออกแบบมาสำหรับ tRNAser, 16S และ 12S ยีนตามลำดับดีเอ็นเอที่มีปลาหมึกและปลาหมึก เนื่องจากยีนซ้ำ จีโน mt B. abyssicola ถูกแยกขยายพื้นที่ ขยาย จากต้นน้ำของ 16S สู่ปลายน้ำของ 12S และปลายน้ำของ 16S การ upstream ของ 12S ลำดับจีโนมที่สมบูรณ์ mt ของ B. abyssicola ก่อตั้งขึ้นหลังจากที่ภูมิภาคขยายที่เรียงลำดับ และประกอบแยกต่างหากคำอธิบายของ rRNA และการเข้ารหัสยีนใน mt genomes ถูกระบุโดยเปรียบเทียบลำดับดีเอ็นเอ mt ที่ดีที่ต่อไปนี้ใน GenBank: officinalis ซีเปีย (ทะเบียนเลข AB240155), Sepioteuthis lessoniana (ทะเบียนเลข AB240154), Watasenia scintilans (ทะเบียนเลข AB240152), และ Todarodes pacificus (ทะเบียนเลข AB240153) รายงานโดยอา et al. (2006); Loligo bleekeri (ทะเบียนเลข AB029616) รายงาน bySasuga et al. (1999) และโทมิตะ et al. (2002); และอ่อนซีเปีย (ทะเบียนเลข AB266516) รายงานโดย Yokobori et al. (2007) ป้องกันสลายลำดับระบุ homologies ลำดับนิวคลีโอไทด์เพื่อเผยแพร่ tRNAs ข้างต้นลำดับของปลาหมึกและปลาหมึก และตรวจสอบ โดยตนเองยืนยันว่า ลำดับของ intergenic สามารถพับในรูปแบบโครงสร้าง cloverleaf ทั่วไปกับ anticodons (ไม่ได้แสดงข้อมูล)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

สมบูรณ์ลำดับจีโนมมอนแทนาของปลาหมึกปลาหมึกข้างต้นและได้รับการพิจารณาโดยใช้ปืนลูกซองลำดับ (Murata et al., 2003) และเทคนิคการเดินไพรเมอร์ ยาวและถูกต้อง (LA) PCR ได้ดำเนินการโดยใช้ไพรเมอร์ที่ออกแบบมาสำหรับ tRNAser, 16S และ 12S ยีนอยู่บนพื้นฐานของลำดับดีเอ็นเอที่มีอยู่จากปลาหมึกและปลาหมึก เนื่องจากยีนซ้ำ, จีโนมมอนแทนาของ B. abyssicola ถูกขยายแยกเป็นสองภูมิภาคขยายจากต้นน้ำของ 16S จนถึงปลายน้ำของ 12S และปลายน้ำของ 16S ต้นน้ำของ 12S สมบูรณ์ลำดับจีโนมมอนแทนาของ B. abyssicola ก่อตั้งขึ้นหลังจากภูมิภาคขยายมีลำดับขั้นตอนแยกและประกอบ.
หมายเหตุของ rRNA และการเข้ารหัสยีนในจีโนมมอนแทนาถูกระบุโดยเปรียบเทียบกับมอนแทนาลำดับดีเอ็นเอต่อไปนี้ที่มีอยู่ใน GenBank: ซีเปีย officinalis (เลข AB240155) Sepioteuthis lessoniana (เลข AB240154) Watasenia scintilans (เลข AB240152) และ Todarodes pacificus (เลข AB240153) รายงานโดย Akasaki, et al (2006); Loligo bleekeri (เลข AB029616) รายงาน bySasuga et al, (1999) และโทมิตะ, et al (2002); และซีเปีย esculenta (เลข AB266516) รายงานโดย Yokobori et al, (2007) ลำดับ tRNA โดยระบุ homologies ลำดับเบื่อหน่ายที่จะลำดับ tRNAs ตีพิมพ์ดังกล่าวข้างต้นของปลาหมึกและปลาหมึกและตรวจสอบโดยตนเองยืนยันว่าลำดับ intergenic ของพวกเขาอาจจะพับไปในรูปแบบโครงสร้าง Cloverleaf ทั่วไปกับ anticodons (ไม่ได้แสดงข้อมูล)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ลำดับจีโนมที่สมบูรณ์ตันของปลาหมึกและปลาหมึกถูกกำหนดข้างต้นโดยใช้ปืนลูกซองลำดับ ( มุรธา et al . , 2003 ) และไพรเมอร์ เทคนิคการเดิน ยาวและถูกต้อง ( LA ) PCR คือการใช้ไพรเมอร์ที่ออกแบบมาสำหรับ trnaser 12s ยีน 16S , และบนพื้นฐานของลำดับดีเอ็นเอจากปลาหมึกปลาหมึก เนื่องจากการคัดลอกยีน MT จีโนมของพ. abyssicola ต่างขยายเป็นสองภูมิภาค ขยายจากต้นน้ำถึงท้ายน้ำของ 16S 12s และจากด้านเหนือ ( เพื่อ 12s . ลำดับจีโนมที่สมบูรณ์ของ abyssicola ) ก่อตั้งขึ้นหลังจากถูกแยกและขยายขอบเขตนี้ประกอบหมายเหตุของ rRNA และการเข้ารหัสยีนในจีโนม ) ถูกระบุโดยการเปรียบเทียบกับต่อไปนี้ MT ลำดับดีเอ็นเอของบริเวณ : sepia officinalis ( หนังสือไม่ ab240155 ) sepioteuthis lessoniana ( หนังสือไม่ ab240154 ) watasenia scintilans ( หนังสือไม่ ab240152 ) และ todarodes pacificus ( หนังสือไม่ ab240153 ) รายงานโดย akasaki et al . ( 2006 ) ; loligo บลีกเกอร์ ย ( การไม่ ab029616 ) รายงาน bysasuga et al . ( 1999 ) และ โทมิตะ et al . ( 2002 ) ; และซีเปียและ ( การไม่ ab266516 ) รายงานโดย yokobori et al . ( 2007 ) ทีอาร์เอ็นเอลำดับถูกระบุโดยลำดับนิวคลีโอไทด์ homologies ถึงข้างต้นเผยแพร่ trnas " ลำดับของปลาหมึกและปลาหมึก และตรวจสอบ โดยยืนยันว่า ตนเองส่าลำดับสามารถพับเป็นรูปโครง โคลฟเวอร์ ลีฟทั่วไปด้วย anticodons ( ข้อมูลไม่แสดง )