Primer-template specificity binding

Primer-template specificity binding was empirically determined
in reactions of which optimized PCR parameters were
analyzed upon the amplification efficiency of three multiplex
primer sets that specifically bind to V. cholerae gDNAs of the
O1, O139, or O22/O155. We initially optimized the separate
reactions containing the gDNA content of V. cholerae O1
569B or O139 MO45 alone, or equally mixed. Most reliable
amplification conditionswere reproducibly performed on the
reactions using a 10 ng each of V. cholerae O1 569B or O139
MO45 per reaction assay, or equally mixed. The resulting
algorithmupon annealing temperature above 55∘Cwas likely
to decrease amplification yields of the specific amplicons with
expected sizes (data not shown).All reactions containingO22
or O155 gDNA putatively yielded a 588 bp DNA band (data
not shown). Optimum annealing temperatures ranged from
53∘C to 57∘C. It was clear that PCR factors underlying the
annealing temperatures and primer set concentrations were
more likely to influence the amplification efficiency whether
the O1, O139, or equally mixed gDNAs were used. As a
result, optimized multiplex PCR amplification depended on
annealing temperature at 55∘C and primer set concentrations
of 0.4 (universal), 0.4 (O1-specific), and 1.0 (O139-specific)

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

กำหนดแม่สีรองพื้นความจำเพาะรวมเชิงประสบการณ์ด้วยในปฏิกิริยาที่มีพารามิเตอร์ PCR เพิ่มประสิทธิภาพวิเคราะห์เมื่อขยายประสิทธิภาพของมัลติเพล็กสามชุดรองพื้นที่เฉพาะผูกกับ V. cholerae gDNAs ของการO1, O139 หรือ O22/O155 เราเริ่มปรับเฉพาะกิจการปฏิกิริยาที่ประกอบด้วย gDNA เนื้อหาของ V. cholerae O1569B หรือ O139 MO45 คนเดียว หรือเท่า ๆ กันผสม น่าเชื่อถือขยาย conditionswere ให้ทำซ้ำได้ดำเนินการในการปฏิกิริยาที่ใช้ 10 ฉบับแต่ละของ V. cholerae O1 569B หรือ O139MO45 ต่อปฏิกิริยาทดสอบ หรือผสมเท่า ๆ กัน ผลalgorithmupon หลอมอุณหภูมิเหนือแนวโน้ม 55∘Cwasเพื่อลดผลผลิตขยาย amplicons เฉพาะด้วยขนาดที่คาดไว้ (ไม่แสดงข้อมูล) ปฏิกิริยาทั้งหมด containingO22หรือ O155 gDNA ผล 588 bp ดีเอ็นเอวง (ข้อมูล putativelyไม่แสดง) การหลอมตั้งแต่อุณหภูมิที่เหมาะสม53∘C ถึง 57∘C มันเป็นที่ชัดเจนว่าปัจจัย PCR พื้นฐานอุณหภูมิหลอมและความเข้มข้นชุดรองพื้นโน้มที่จะมีอิทธิพลต่อประสิทธิภาพขยายว่าใช้ O1, O139 หรือ gDNAs ผสม เป็นการผลการค้นหา ขึ้นอยู่กระบือมัลติเพล็กซ์เหมาะสมกับอุณหภูมิ 55∘C และรองพื้นหลอมตั้งความเข้มข้น(สากล) 0.4, 0.4 (O1-เฉพาะ), และ 1.0 (เฉพาะ O139)