For each MCMC, we performed a run o

For each MCMC, we performed a run of 50 and 100 million generations (for mtDNA and nuclear genes, respectively), sampling every 1000th generation. The first 10% of the trees were discarded as burn-in for each run. We assessed whether parameter values for individual runs had reached equilibrium and convergence by visually assessing their trace plots in Tracer 1.5. Individual chains were combined using the LogCombiner v1.7.5. Finally, we analyzed combined runs using Tree Annotator v1.7.5.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

สำหรับแต่ละ MCMC เราทำประมาณ 50 และ 100 ล้านรุ่น (mtDNA และยีนนิวเคลียร์ ตามลำดับ), สุ่มตัวอย่างทุกรุ่น 1000th 10% แรกของต้นไม้ถูกละทิ้งเป็นการเขียนในการรันแต่ละ เราประเมินว่าค่าพารามิเตอร์สำหรับแต่ละทำได้ถึงสมดุล และบรรจบกัน ด้วยสายตาประเมินติดตามการลงจุดใน 1.5 ติดตาม แต่ละโซ่ถูกรวมโดยใช้ LogCombiner v1.7.5 สุดท้าย เราวิเคราะห์รวมทำงานโดยใช้แผนภูมิ Annotator v1.7.5

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

สำหรับแต่ละ MCMC เราดำเนินการการทำงานของ 50 และ 100 ล้านคนรุ่น (สำหรับ mtDNA และยีนนิวเคลียร์ตามลำดับ) การสุ่มตัวอย่างทุกรุ่น 1000 ครั้งแรกที่ 10% ของต้นไม้ที่ถูกทิ้งเป็นเผาไหม้ในสำหรับการทำงานในแต่ละ เราประเมินว่าค่าพารามิเตอร์สำหรับการทำงานของแต่ละบุคคลได้ถึงความสมดุลและการบรรจบกันโดยสายตาประเมินแปลงร่องรอยของพวกเขาใน Tracer 1.5 กลุ่มบุคคลที่ร่วมกันใช้ LogCombiner v1.7.5 สุดท้ายเราวิเคราะห์ร่วมกันทำงานโดยใช้ต้นไม้ Annotator v1.7.5

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

สำหรับแต่ละ MCMC เราทำการวิ่ง 50 และ 100 ล้านรุ่น ( สำหรับแสดงและนิวเคลียร์ยีนตามลำดับ ) ทุกรุ่นที่ 1 คน แรก 10 % ของต้นไม้ที่ถูกเผาทิ้ง เช่น คนวิ่ง เราประเมินว่าค่าพารามิเตอร์สำหรับแต่ละบุคคลได้ถึงสมดุลและลู่วิ่งด้วยสายตาประเมินแปลงติดตามของพวกเขาในการติดตาม 1.5กลุ่มบุคคลจำนวนรวมการใช้ logcombiner v1.7.5 . สุดท้าย เราวิเคราะห์รวมหมดการใช้ v1.7.5 annotator ต้นไม้