treated cells and cells treated wit

treated cells and cells treated with FA, CoCl2 or combination of
both were collected and nuclear proteins were enriched. To reduce
sample complexity, proteins were separated by SDS-PAGE, each
line was divided into several equal parts, cut out, subjected to ingel
digestion and analyzed by LC–MS/MS. It allowed identification
of modified proteins without additional enrichment. To evaluate
protein modifications, four α,β-unsaturated LPP, namely hydroxyand
oxo-nonenal (HNE and ONE) and hydroxy- and oxo-hexenal
(HHE and OHE), were used as variable modifications for database
search. These oxoLPP are generally known as representative markers
of n-6 (HNE and ONE) and n-3 (HHE and OHE) polyunsaturated
fatty acids (PUFA) oxidation and were shown to play a
role in NAFLD and alcoholic liver disease pathogenesis [22–25].
Overall 751 unique modified proteins present in three experimental
replicates were identified (Fig. S1; Supplementary file S2).
FA-treated group showed the highest number of total LPP-modified
(332) as well as unique modified proteins (235). Number of
modified protein in CoCl2 and FA/CoCl2 treated cells were similar
both in terms of total and unique protein identities (227 and 229
total, 140 and 146 unique, respectively). Finally, 182 in total including
99 unique modified proteins were detected in untreated
hepatocytes.
11 Proteins were found to be modified by oxoLPP in all four
experimental groups (Supplementary file S2). Among them actin,
chromodomain-helicase-DNA-binding protein 4, heterogeneous
nuclear ribonucleoprotein L, neuroblastoma differentiation-associated
protein AHNAK were also shown to be modified by HNE in
several other studies [23,26]. Interestingly, several isoforms of
heterogeneous nuclear ribonucleoproteins (hnRNPs), a component
of spliceosome complex, were identified in the current study including
hnRNP L in all four groups, hnRNP D0, H2 and U in FA,
hnRNP H2 in CoCl2 and hnRNP A/B in FA/CoCl2 group. Modified
hnRNPs A/B and D0, identified upon FA and FA/CoCl2 treatment,
were shown previously as LPP targets in murine model of early
alcoholic liver disease [23]. Overall, different isoforms of hnRNPs
were detected among targets of protein carbonylation in several
models of oxidative stress using different cell types and conditions
[27,28]. The mechanism of such high susceptibility of
hnRNPs to LPP modifications is not clear and needs to be addressed
in more details. However, such ubiquitous identification of
carbonylated hnRNPs demonstrates non-random nature of protein
carbonylation.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

รักษาเซลล์และเซลล์รับ FA, CoCl2 หรือชุดของทั้งสองถูกรวบรวม และนิวเคลียร์โปรตีนอุดมไป เพื่อลดตัวอย่างความซับซ้อน โปรตีนถูกคั่น ด้วย SDS-หน้า แต่ละบรรทัดถูกแบ่งออกเป็นหลายส่วนที่เท่ากัน ตัดออก การ ingelย่อยอาหาร และวิเคราะห์ โดย LC – MS/MS อนุญาตรหัสของโปรตีนที่ถูกปรับเปลี่ยนโดยไม่ต้องขอเพิ่มเติม ในการประเมินปรับเปลี่ยนโปรตีน ด้วยกองทัพสี่ β-ในระดับที่สมแอล hydroxyand ได้แก่oxo-nonenal (HNE และหนึ่ง) และ hydroxy - และ oxo-hexenal(HHE และ OHE), ใช้เป็นการปรับเปลี่ยนตัวแปรในฐานข้อมูลค้นหา OxoLPP เหล่านี้เป็นที่รู้จักโดยทั่วไปเป็นเครื่องหมายที่ตัวแทนn-6 (HNE และหนึ่ง) และ n-3 (HHE และ OHE) ไม่อิ่มตัวออกซิเดชันของกรดไขมัน (PUFA) และได้แสดงการเล่นการบทบาทใน NAFLD และพยาธิกำเนิดโรคตับจากแอลกอฮอล์ [22-25]โดยรวม 751 โปรตีนปรับเปลี่ยนไม่ซ้ำกันนำเสนอในสามทดลองเหมือนกับที่ระบุ (ฟิก S1 เสริมแฟ้ม S2)กลุ่มที่ถือว่า FA แสดงให้เห็นว่าจำนวนรวมสูงสุดปรับเปลี่ยนแอล(332) เฉพาะที่เช่นปรับเปลี่ยนโปรตีน (235) จำนวนปรับเปลี่ยนโปรตีน CoCl2 และ FA/CoCl2 เซลล์บำบัดได้เหมือนกันทั้งในแง่ของโปรตีนรวม และเฉพาะรหัสประจำตัว (227 และ 229รวม ไม่ซ้ำ 146 และ 140 ตามลำดับ) สุดท้าย 182 ในทั้งหมดรวมทั้งโปรตีนแก้ไขเฉพาะ 99 พบในไม่ถูกรักษาhepatocytesพบโปรตีน 11 สามารถปรับเปลี่ยน โดย oxoLPP ในทั้งหมด 4ทดลองกลุ่ม (เสริมแฟ้ม S2) ในหมู่พวกเขาแอกตินchromodomain-helicase-DNA-ผูกโปรตีน 4 แตกต่างกันนิวเคลียร์ ribonucleoprotein L, neuroblastoma เกี่ยวข้องสร้างความแตกต่างโปรตีน AHNAK ได้แสดงการปรับเปลี่ยน โดย HNE ในหลายอื่น ๆ ศึกษา [23,26] เป็นเรื่องน่าสนใจ หลาย isoforms ของบริการนิวเคลียร์ ribonucleoproteins (hnRNPs), ส่วนประกอบของ spliceosome ซับซ้อน ระบุในรวมทั้งการศึกษาปัจจุบันhnRNP L ในกลุ่มทั้งหมด 4, hnRNP D0, H2 และ U ใน FAhnRNP H2 CoCl2 และ hnRNP A / B ใน FA/CoCl2 กลุ่ม การปรับเปลี่ยนhnRNPs A / B และ D0 ระบุตาม FA และ FA/CoCl2 รักษาถูกแสดงก่อนหน้านี้เป็นเป้าหมายของแอล murine รุ่นก่อนโรคตับจากแอลกอฮอล์ [23] อื่น รวม isoforms ของ hnRNPsพบระหว่างเป้าหมายของโปรตีน carbonylation ในหลายรูปแบบของความเครียด oxidative ที่ใช้ชนิดของเซลล์ที่แตกต่างกันและเงื่อนไข[27,28] . กลไกของไก่ดังกล่าวสูงhnRNPs การปรับแอลไม่ชัดเจน และต้องระบุในรายละเอียดเพิ่มเติม อย่างไรก็ตาม รหัสดังกล่าวแพร่หลายcarbonylated hnRNPs แสดงให้เห็นถึงธรรมชาติของโปรตีนไม่ใช่สุ่มcarbonylation

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เซลล์ได้รับการรักษาและรับการรักษาด้วยเซลล์เอฟเอคั COCl2
หรือการรวมกันของทั้งสองที่ถูกเก็บรวบรวมและโปรตีนนิวเคลียร์ถูกอุดม เพื่อลดความซับซ้อนตัวอย่างโปรตีนถูกแยกออกจากระบบ SDS-PAGE แต่ละสายแบ่งออกเป็นส่วนเท่าๆ กันหลายตัดออกภายใต้ ingel ย่อยอาหารและการวิเคราะห์โดย LC-MS / MS มันได้รับอนุญาตประจำตัวของโปรตีนโดยไม่ต้องมีการปรับเปลี่ยนการตกแต่งเพิ่มเติม เพื่อประเมินการปรับเปลี่ยนโปรตีนสี่α, β-ไม่อิ่มตัว LPP, hydroxyand คือโอเอ็กซ์โอ-nonenal (hne และหนึ่ง) และ hydroxy- และโอเอ็กซ์โอ-hexenal (HHE และ OHE) ถูกนำมาใช้เป็นตัวแปรการปรับเปลี่ยนสำหรับฐานข้อมูลการค้นหา oxoLPP เหล่านี้เป็นที่รู้จักกันโดยทั่วไปว่าเป็นเครื่องหมายตัวแทนของ n-6 (hne และหนึ่ง) และ n-3 (HHE และ OHE) ไม่อิ่มตัวกรดไขมัน(PUFA) การเกิดออกซิเดชันและมีการแสดงที่เล่นบทบาทในการเกิดโรคNAFLD และโรคตับแอลกอฮอล์ [22- . 25] โดยรวม 751 โปรตีนการแก้ไขที่ไม่ซ้ำกันอยู่ในสามทดลองซ้ำถูกระบุ. (รูป S1. เสริมไฟล์ S2) กลุ่มเอฟเอที่ได้รับแสดงให้เห็นจำนวนมากที่สุดจากทั้งหมด LPP แก้ไข(332) เช่นเดียวกับโปรตีนที่มีการปรับเปลี่ยนที่ไม่ซ้ำกัน (235) . จำนวนโปรตีนการปรับเปลี่ยนใน COCl2 และเอฟเอ / COCl2 เซลล์ได้รับการรักษามีความคล้ายคลึงกันทั้งในแง่ของอัตลักษณ์ของโปรตีนรวมและที่ไม่ซ้ำกัน(227 และ 229 รวม 140 และ 146 ที่ไม่ซ้ำกันตามลำดับ) สุดท้าย 182 รวมทั้ง99 โปรตีนที่มีการปรับเปลี่ยนที่ไม่ซ้ำกันถูกตรวจพบในการรักษาเซลล์ตับ. 11 โปรตีนที่พบว่ามีการแก้ไขโดย oxoLPP ในทั้งสี่กลุ่มทดลอง(ไฟล์เสริม S2) ในหมู่พวกเขาโปรตีน, chromodomain-helicase ดีเอ็นเอผูกพันโปรตีนที่ 4 ที่แตกต่างกันribonucleoprotein นิวเคลียร์ L, ความแตกต่างที่เกี่ยวข้อง neuroblastoma โปรตีน AHNAK มีการแสดงนอกจากนี้ยังจะได้รับการแก้ไขโดย hne ในการศึกษาอื่นๆ อีกหลาย [23,26] ที่น่าสนใจหลายไอโซฟอร์มของribonucleoproteins นิวเคลียร์ที่แตกต่างกัน (hnRNPs) ส่วนประกอบที่ซับซ้อนspliceosome ถูกระบุไว้ในการศึกษาในปัจจุบันรวมทั้งhnRNP L ในทั้งสี่กลุ่ม hnRNP D0, H2 และยูในเอฟเอคัhnRNP H2 ใน COCl2 และ hnRNP A / B ในเอฟเอ / COCl2 กลุ่ม ดัดแปลงhnRNPs A / B และ D0 ระบุเมื่อเอฟเอและเอฟเอ / COCl2 การรักษาที่มีการแสดงก่อนหน้านี้เป็นเป้าหมายLPP ในรูปแบบหมาต้นโรคตับแอลกอฮอล์[23] โดยรวม, ไอโซฟอร์มที่แตกต่างกันของ hnRNPs ถูกตรวจพบในกลุ่มเป้าหมายของ carbonylation โปรตีนในหลายรูปแบบของความเครียดออกซิเดชันโดยใช้เซลล์ชนิดที่แตกต่างกันและเงื่อนไข[27,28] กลไกของความไวสูงเช่นของhnRNPs การปรับเปลี่ยน LPP ไม่ชัดเจนและจำเป็นต้องได้รับการแก้ไขในรายละเอียดเพิ่มเติม อย่างไรก็ตามการระบุแพร่หลายเช่นhnRNPs Carbonylated แสดงให้เห็นถึงลักษณะที่ไม่ใช่การสุ่มของโปรตีนcarbonylation

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การรักษาด้วยเซลล์ และเซลล์ฟา cocl2 , หรือการรวมกันของทั้งสองและโปรตีนนิวเคลียร์
เก็บอยู่ด้วย เพื่อลดความซับซ้อน
ตัวอย่างโปรตีนเอนไซม์ที่แยกได้จากแต่ละ
บรรทัดถูกแบ่งออกเป็นส่วน ๆเท่ากันหลายตัดภายใต้ ingel
การย่อยอาหารและวิเคราะห์โดย LC MS / คุณอนุญาตการจำกัดโปรตีนโดยไม่ต้องเสริม
ดัดแปลงเพิ่มเติม เพื่อประเมิน
โปรตีนดัดแปลง สี่αบีตา , - การไม่อิ่มตัว คือ hydroxyand
Oxo nonenal ( hne และหนึ่ง ) และไฮดรอกซี - Oxo hexenal
( เขาและ นนา โอ ) ซึ่งใช้ตัวแปรการปรับเปลี่ยนสำหรับการค้นหาฐานข้อมูล

เหล่านี้เป็นที่รู้จักกันโดยทั่วไปเป็นผู้แทน oxolpp เครื่องหมาย
ของมวล ( hne และหนึ่งตัว ( เขา ) และกรดไขมันไม่อิ่มตัวนนา โอ )
( PUFA ) ออกซิเดชัน และมีการแสดงเล่น
บทบาทใน nafld แอลกอฮอล์และโรคตับโรค [ 22 – 25 ] .
โดยเฉพาะโปรตีนที่มีอยู่ในชุดการทดลอง 3 ซ้ำ
ระบุ ( รูป S2 S1 ; เสริมไฟล์ ) .
ฟ้ากลุ่มมีจำนวนสูงสุดของการแก้ไขทั้งหมด
( 332 ) รวมทั้งเอกลักษณ์ดัดแปลงโปรตีน ( 235 ) จำนวน
ดัดแปลงโปรตีนใน cocl2 และ fa / cocl2 เซลล์รักษาเหมือนกัน
ทั้งในแง่ของโปรตีนทั้งหมดและเป็นเอกลักษณ์เฉพาะตัว ( และ 229
รวม 140 146 เฉพาะตามลำดับ ) ในที่สุด , ในทั้งหมดรวมทั้ง
99 เฉพาะดัดแปลงโปรตีนถูกตรวจพบในเซลล์ตับดิบ
.
11 โปรตีน พบว่ามีการแก้ไขโดย oxolpp ทั้งหมด 4
กลุ่ม ( เพิ่มเติมไฟล์ S2 ) ในหมู่พวกเขา actin
chromodomain โมเลกุล DNA , โปรตีนแตกต่างกัน
4นิวเคลียร์ ไรโบนิวคลีโอโปรตีนแอลนิวโรบลาสโทมาความแตกต่างที่เกี่ยวข้อง
โปรตีน ahnak ยังแสดงให้แก้ไขโดย hne ในการศึกษาหลาย ๆ 23,26
[ ] ที่น่าสนใจของหลายต่อ
ribonucleoproteins นิวเคลียร์ต่างกัน ( hnrnps ) เป็นส่วนประกอบของ spliceosome
ที่ถูกระบุในผลการศึกษารวมทั้ง
hnrnp ผมทั้งหมด 4 กลุ่ม hnrnp + H2 U
และในฟ้า ,hnrnp H2 ใน cocl2 และ hnrnp A / B ในฟ้า / cocl2 กลุ่ม แก้ไข
hnrnps A / B และพลังงาน ระบุว่า เมื่อฟ้าและการรักษา / cocl2 ฟ้า ,
ถูกแสดงก่อนหน้านี้เช่นการเป้าหมายในรูปแบบของต้น ~
แอลกอฮอล์โรคตับ [ 23 ] โดยรวม , ไอโซฟอร์มต่าง hnrnps
ถูกตรวจพบในเป้าหมายของ carbonylation โปรตีนในรูปแบบหลาย
ความเครียดออกซิเดชันโดยใช้เซลล์ที่แตกต่างกันและเงื่อนไข
[ 27,28 ]กลไกของความไวสูงเช่น
hnrnps เพื่อการปรับเปลี่ยนยังไม่มีความชัดเจนและต้อง addressed
ในรายละเอียดเพิ่มเติม อย่างไรก็ตาม ประชาชนทั่วไปเช่น
carbonylated hnrnps สาธิตแบบไม่สุ่ม ธรรมชาติของ carbonylation โปรตีน