2.5. DNA sequence analysisPrior to

2.5. DNA sequence analysis
Prior to sequencing, the PCR products were purified by means of
the ExoSAP-IT kit (GE Healthcare, Uppsala, Sweden). Direct
sequencing was performed with the Big-Dye Terminator v3.1 Cycle
Sequencing Kit (Applied Biosystems).
The same primers used for PCR, were used for the sequencing of
both strands of the PCR products, respectively. Sequencing reactions
were analyzed in an automatic sequencing system (ABI 3730XL DNA
Analyser, Applied Biosystems) provided with the POP-7 system.
SNP events in DNA sequences were reviewed with the Chromas
software. Alignment of sequences was accomplished using the
CLUSTAL software (Thompson, Higgins, & Gibson, 1994). The
homologies of the nucleotide sequences were searched with the
BLAST tool (NCBI).
Phylogenetic and molecular evolutionary analyses were conducted
with the MEGA software (Kumar, Tamura, Jakobsen, & Nei,
2001), using the neighbour-joining method (Saitou & Nei, 1987),
with 1000 bootstrap replicates to construct distance-based trees

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.5. การวิเคราะห์ดีเอ็นเอก่อนจัดลำดับ ผลิตภัณฑ์ PCR ได้บริสุทธิ์โดยวิธีของชุด ExoSAP-มัน (สุขภาพ GE อุปซาลา สวีเดน) โดยตรงดำเนินการจัดลำดับกับ v3.1 ย้อมใหญ่กำหนดรอบจัดลำดับชุด (ใช้ศาสตร์เชิงชีวภาพ)ไพรเมอร์เดียวกันที่ใช้สำหรับ PCR ใช้สำหรับลำดับของทั้งสองเส้นของผลิตภัณฑ์ PCR ตามลำดับ ปฏิกิริยาการจัดลำดับวิเคราะห์ได้ในระบบการจัดลำดับอัตโนมัติ (ABI 3730XL ดีเอ็นเอวิเคราะห์ ศาสตร์เชิงชีวภาพใช้) ให้กับระบบ POP-7สอบทานกิจกรรม SNP ในลำดับดีเอ็นเอกับ Chromasซอฟต์แวร์ จัดลำดับที่ทำสำเร็จโดยใช้การซอฟต์แวร์ CLUSTAL (ทอมป์สัน ฮิกกินส์ และกิบ สัน 1994) การhomologies ลำดับนิวคลีโอไทด์ที่ถูกค้นหาด้วยการระเบิดมือ (NCBI)ได้ดำเนินการวิเคราะห์วิวัฒนาการ phylogenetic และโมเลกุลด้วยซอฟต์แวร์ล้าน (Kumar มุระ Jakobsen และ เล่ง2001), ใช้วิธีการเข้าร่วมเพื่อนบ้าน (Saitou & เล่ง 1987),1000 bootstrap เหมือนกับการสร้างต้นไม้ตามระยะทาง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.5 การวิเคราะห์ลำดับดีเอ็นเอ
ก่อนที่จะมีการจัดลำดับผลิตภัณฑ์ PCR บริสุทธิ์โดยวิธีการของ
ชุด ExoSAP-IT (GE Healthcare, Uppsala, สวีเดน) ตรง
ลำดับได้ดำเนินการกับบิ๊กย้อม Terminator v3.1 วงจร
ชุดลำดับ (Applied Biosystems).
ไพรเมอร์เดียวกับที่ใช้สำหรับ PCR ถูกนำมาใช้สำหรับการจัดลำดับของ
ทั้งเส้นของผลิตภัณฑ์ PCR ตามลำดับ ปฏิกิริยา Sequencing
ถูกนำมาวิเคราะห์ในระบบลำดับอัตโนมัติ (ABI 3730XL ดีเอ็นเอ
Analyser, Applied Biosystems) ให้กับระบบ POP-7.
เหตุการณ์ SNP ในลำดับดีเอ็นเอทานกับ chromas
ซอฟแวร์ การจัดตำแหน่งของลำดับก็ประสบความสำเร็จโดยใช้
ซอฟแวร์ Clustal ( ธ อมป์สัน, ฮิกกินส์และกิบสัน, 1994)
homologies ของลำดับเบสถูกค้นกับ
เครื่องมือ BLAST (NCBI).
วิวัฒนาการและโมเลกุลวิเคราะห์วิวัฒนาการได้ดำเนินการ
กับซอฟต์แวร์เมกะ (มาร์ทามูระ Jakobsen และ Nei,
2001) โดยใช้วิธีเพื่อนบ้านเข้า (Saitou & Nei , 1987),
1000 บูตซ้ำเพื่อสร้างต้นไม้ตามระยะทาง