Engineering thermostabilityProtein

Engineering thermostability
Protein engineering and site-directed mutagenesis are used routinely to establish biological function and role of amino-acid residues in proteins, like the stability. The protein stability can be changed significantly by single or multiple mutations of specific amino acids, sometimes resulting in a beneficial effect. This type of work is however expensive and time-consuming so rapid prediction of how mutations might affect the stability of a protein is desirable. An important parameter in determining the protein stability, including thermostability, is the determination of the pKa value of all the ionizable residues in a protein, which however, experimentally, is also challenging and time consuming. Computational pKa prediction programs have therefore been developed [16]. One of these programs is PROPKA [17], that utilize a very fast empirical approach of pKa prediction. PROPKA is today one of the most widely used programs due to its ease of use and speed, at the same time yielding accurate results as compared to other programs [18]. Details of the method and implementation in PROPKA 3.0, the version used in this study, can be found elsewhere [19–21].

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

วิศวกรรม thermostabilityวิศวกรรมโปรตีนและ mutagenesis ไซต์โดยตรงจะใช้เป็นประจำเพื่อสร้างฟังก์ชันทางชีวภาพและบทบาทของการตกค้างของกรดอะมิโนในโปรตีน เช่นความมั่นคง เสถียรภาพของโปรตีนสามารถเปลี่ยนแปลงได้อย่างมีนัยสำคัญ โดยการกลายพันธุ์เดียว หรือหลายของกรดอะมิโนเฉพาะ บางครั้งเกิดผลประโยชน์ งานชนิดนี้เป็นอย่างไรก็ตาม ทำนายอย่างรวดเร็วดังนั้นแพง และเสียเวลาของการกลายพันธุ์อาจส่งผลกระทบต่อเสถียรภาพของโปรตีนถูกต้อง พารามิเตอร์สำคัญในการกำหนดเสถียรภาพโปรตีน thermostability รวมทั้งได้กำหนดค่า pKa ของ ionizable ตกในโปรตีน ซึ่งอย่างไรก็ตาม experimentally เป็นความท้าทาย และใช้เวลานาน โปรแกรมทำนาย pKa คำนวณดังนั้นจึงได้พัฒนา [16] หนึ่งในโปรแกรมเหล่านี้คือ PROPKA [17], ใช้วิธีการคาดเดา pKa ประจักษ์อย่างรวดเร็ว PROPKA คือ วันนี้โปรแกรมใช้กันอย่างแพร่หลายเนื่องจากเป็นความง่ายในการใช้และความเร็ว เวลาเดียวกันผลผลิตผลลัพธ์ที่ถูกต้องเมื่อเทียบกับโปรแกรมอื่น ๆ [18] รายละเอียดของวิธีการใช้งานใน PROPKA 3.0 รุ่นที่ใช้ในการศึกษานี้ สามารถพบอื่น ๆ [19-21]

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

วิศวกรรมทนร้อนวิศวกรรมโปรตีนและฉับเว็บไซต์กำกับจะใช้เป็นประจำเพื่อสร้างฟังก์ชั่นทางชีวภาพและบทบาทของสารตกค้างกรดอะมิโนในโปรตีนเช่นเดียวกับความมั่นคง เสถียรภาพโปรตีนสามารถเปลี่ยนแปลงได้อย่างมีนัยสำคัญจากการกลายพันธุ์เดียวหรือหลายกรดอะมิโนที่เฉพาะเจาะจงบางครั้งส่งผลให้ผลประโยชน์ ประเภทของงานนี้มี แต่ราคาแพงและใช้เวลานานในการทำนายอย่างรวดเร็วเพื่อให้เกิดการกลายพันธุ์ของวิธีการที่อาจมีผลต่อความมั่นคงของโปรตีนที่เป็นที่น่าพอใจ ตัวแปรที่สำคัญในการกำหนดความมั่นคงโปรตีนรวมทั้งทนร้อนเป็นความมุ่งมั่นของค่า pKa ของทุกตกค้างแตกโปรตีนซึ่ง แต่การทดลองยังเป็นสิ่งที่ท้าทายและใช้เวลานาน คำนวณ pKa โปรแกรมทำนายจึงได้รับการพัฒนาขึ้น [16] หนึ่งในโปรแกรมเหล่านี้เป็น PROPKA [17], ที่ใช้วิธีการเชิงประจักษ์อย่างรวดเร็วของการทำนาย pKa PROPKA วันนี้คือหนึ่งในโปรแกรมที่ใช้กันอย่างแพร่หลายเนื่องจากความสะดวกในการใช้งานและความเร็วในเวลาเดียวกันผลผลิตผลลัพธ์ที่ถูกต้องเมื่อเทียบกับโปรแกรมอื่น ๆ [18] รายละเอียดของวิธีการและการดำเนินงานใน PROPKA 3.0 รุ่นที่ใช้ในการศึกษาครั้งนี้สามารถพบได้ที่อื่น [19-21]

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

วิศวกรรมโปรตีนวิศวกรรมและทดล
เว็บไซต์กำกับการใช้ตรวจเพื่อสร้างฟังก์ชันทางชีวภาพและบทบาทของกรดอะมิโนในโปรตีนที่ตกค้าง เช่น ความมั่นคง โปรตีนเสถียรภาพสามารถเปลี่ยนแปลงได้อย่างมาก โดยเดียวหรือหลายการกลายพันธุ์ของกรดอะมิโนเฉพาะบางครั้งที่เกิดในผลประโยชน์งานประเภทนี้ แต่ราคาแพง และใช้เวลานานดังนั้นการคาดการณ์อย่างรวดเร็วของวิธีการการกลายพันธุ์ที่อาจส่งผลกระทบต่อเสถียรภาพของโปรตีนที่พึงปรารถนา เป็นพารามิเตอร์ในการกำหนดโปรตีนเสถียรภาพรวมทั้งทดล คือการหาค่า pKa ของทั้งหมดที่ไอออนไนซ์ได้อย่างที่ตกค้างในโปรตีน ซึ่งอย่างไรก็ตาม นี้ยังเป็นสิ่งที่ท้าทาย และเสียเวลาโปรแกรมทำนาย pKa คำนวณจึงได้ถูกพัฒนาขึ้น [ 16 ] หนึ่งในโปรแกรมเหล่านี้ propka [ 17 ] ที่ใช้วิธีการเชิงประจักษ์ที่รวดเร็วมากของความคาดการณ์ propka วันนี้เป็นหนึ่งในโปรแกรมที่ใช้กันอย่างแพร่หลาย เนื่องจากการใช้งานที่ง่ายและความเร็วในเวลาเดียวกันผลผลิตผลลัพธ์ที่ถูกต้องเมื่อเทียบกับโปรแกรมอื่น ๆ [ 18 ] รายละเอียดของวิธีการและการดำเนินงานใน propka 3.0 ,รุ่นที่ใช้ในการศึกษานี้ สามารถพบได้ในที่อื่น ๆ 21 ) [ 19 ]