The sequence chromatograms were edi

The sequence chromatograms were edited using Chromas Lite software (v2.1.1; Technelysium Pty Ltd.; Tewantin, QLD, Australia; http://www.technelysium.com.au/chromas_lite.htm) to verify the ab- sence of ambiguous peaks and to convert them to FASTA format. DECIPHER's Find Chimeras web tool (Wright et al., 2012; http:// decipher.cee.wisc.edu) was used to uncover chimeras in the 16S rDNA sequences. The Web-based BLASTN tool (http://www.ncbi.nlm.nih. gov/BLAST) was used to find taxonomic closely related nucleotide se- quences. The Nucleotide collection (nr/nt) and the 16S ribosomal RNA sequences (Bacteria and Archaea) were used as database search set. To increase the accuracy of the assignments, different sequence similarity thresholds were used for different taxonomic levels: a similarity 297% for species level identification and 95%, 90%, 85%, 80% and 75% for assignment at genus, family, order, class and phylum level, respectively (Webster et al., 2010).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

chromatograms ลำดับถูกแก้ไขโดยใช้ซอฟต์แวร์ chromas Lite (v2.1.1; Technelysium Pty Ltd .; Tewantin, QLD, ออสเตรเลีย http://www.technelysium.com.au/chromas_lite.htm) เพื่อตรวจสอบความรู้สึก AB- ของยอดเขาที่ไม่ชัดเจน และแปลงให้เป็นรูปแบบ FASTA ค้นหาเว็บเครื่องมือถอดรหัสของไคมีร่า (ไรท์ et al, 2012; http: //. decipher.cee.wisc.edu) ถูกใช้ในการไคมีร่าเปิดเผยในลำดับ 16S rDNA เครื่องมือดังกล่าวหาเว็บ (http:. //www.ncbi.nlm.nih gov / BLAST) ถูกนำมาใช้เพื่อหาอนุกรมวิธาน quences เบื่อหน่ายที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด se- คอลเลกชันเบส (NR / NT) และ 16S ลำดับ RNA ไรโบโซม (แบคทีเรียและเคีย) ถูกนำมาใช้เป็นชุดค้นหาฐานข้อมูล เพื่อเพิ่มความถูกต้องของการมอบหมายงานที่คล้ายคลึงกันเกณฑ์ลำดับที่แตกต่างกันถูกนำมาใช้ในระดับที่แตกต่างกันหมวดหมู่: ความคล้ายคลึงกัน 297% สำหรับการระบุชนิดและระดับ 95%, 90%, 85%,

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ลำดับโครมากรัมได้รับการแก้ไขโดยใช้ซอฟต์แวร์ Chromas Lite (v1.1.0; บจ. Tewantin, QLD, ออสเตรเลีย; http://www.technelysium.com.au/chromas_lite.htm) เพื่อตรวจสอบ ab-ความไม่ชัดเจนของยอดเขาและเพื่อแปลงให้เป็นรูปแบบ FASTA เครื่องมือค้นหาเว็บ (Wright et al., ๒๐๑๒; http://decipher.cee.wisc.edu) ถูกนำมาใช้ในการเปิดเผยในลำดับ 16S rDNA. เครื่องมือ BLASTN บนเว็บ (http://www.ncbi.nlm.nih/ระเบิด) ถูกนำมาใช้ในการหาจำแนกที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด nucleotide se-quences คอลเลกชัน Nucleotide (nr/nt) และเครื่องไรโบโซม16S ลำดับอาร์เอ็นเอ (แบคทีเรียและ Archaea) ถูกใช้เป็นชุดการค้นหาฐานข้อมูล เมื่อต้องการเพิ่มความถูกต้องของการกำหนดเกณฑ์ความคล้ายคลึงกันของลำดับที่แตกต่างถูกนำมาใช้สำหรับระดับจำแนกที่แตกต่างกัน: ความคล้ายคลึง๒๙๗% สำหรับการระบุระดับสายพันธุ์และ๙๕%, ๙๐%, ๘๕%, ๘๐% และ๗๕% สำหรับการกำหนดที่สกุล, ครอบครัว, คำสั่ง, ระดับและ phylum ตามลำดับ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การใช้ซอฟต์แวร์ v2.1.lite technelysium ส่วนตัวบริษัท tewantin QLD ออสเตรเลียและ http 588a บัญชีรายชื่อ www.Technology.com.au และโคลัส Lite.htm แก้ไขลำดับของแผนที่ที่ไม่รู้จักและยืนยันว่ามันมีอยู่ในรูปแบบของการเปลี่ยนแปลงที่ถูกต้องของ STA สูงสุด การค้นพบเครื่องมือเครือข่ายของเด็กเช่นไรท์ 2012 http 5riper ซีอีโอวิสัยทัศน์การศึกษาถูกใช้เพื่อค้นหา embellishments ใน 16S rDNA ลำดับ เป็นเครื่องมือที่ใช้ในการสร้างเครือข่าย BLASTN หรือ http 58A หรือ www.ncbi.nlm.nih ตัวอย่างเช่น ใช้ในการค้นหาลำดับนิวคลีโอไทด์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับอนุกรมวิธาน ลำดับนิวคลีโอไทด์และ 16S ไรโบโซมลำดับอาร์เอ็นเอเป็นฐานข้อมูลการค้นหาชุด เพื่อปรับปรุงความถูกต้องของการจัดสรรที่แตกต่างกันลำดับความเหมือนเกณฑ์ที่ใช้ในระดับที่แตกต่างกันของการจำแนกชนิดที่คล้ายคลึงกันคือ 297 เปอร์เซ็นต์และความคล้ายคลึงกันในการจัดสรรประเภทครอบครัวกลุ่มชั้นเรียนและประตูตามลำดับ