Background on Middle East Respirato

Background on Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS‐CoV) sequence


9 June 2015

Preliminary understanding of viruses in the Korea/China cluster

When sequence data are compared, viruses from the Korea/China cluster are similar to viruses sampled from across the Arabian Peninsula. However, the collection of viruses available for comparison is limited. Many sequences are from older viruses; newer viruses from 2015 come from a very small geographical area in Saudi Arabia.

The analysis suggests that the closest matches are with the 2015 viruses from Saudi Arabia. Recent data from a wider geographical area would be needed to confirm this conclusion.

Human cases have recently been reported in Germany, Oman, Qatar, Saudi Arabia, and the United Arab Emirates. Analysis of viruses from these countries could help answer questions about the place of the Korea/China cluster in the broader geographical picture.

Limited clues from sequence analysis

Viruses have genetic material that changes when the virus copies itself during replication. Different types of changes occur, but the ones most commonly studied are mutations.

How often mutations are introduced depends on the virus type. Like influenza viruses, the MERS coronavirus is an RNA virus. Unlike DNA viruses, RNA viruses have no “proof-reading” mechanism, which means that small mistakes made as the virus copies itself hundreds of thousands of times a day are not corrected. Frequent mutations can be expected. These changes are random events, often meaningless and sometimes difficult to interpret.

Careful analysis of sequence data can yield clues about the source of infection, whether cases are linked, and how viruses are being spread. The presence of mutations does not, of itself, indicate that a virus is becoming more transmissible or more or less virulent.

Preliminary analysis does not suggest that a more transmissible virus is emerging in Korea.

The severity of MERS is governed by many factors, including the patient’s age, the presence of co-morbidities, and a history of smoking. No evidence suggests that the disease pattern in Korea is any different. The severity of a virus cannot be determined from sequence data.

Why more data are needed

When assessing changes in a virus over time, scientists use a phylogenetic tree as a convenient way to illustrate genetic relationships, or “clusters”, among viruses. The “trunk” of the tree shows the ancestor of the viruses that subsequently evolved from it. Branches in the tree are formed by viruses that descended from the common ancestor. Branches located near each other indicate closely-related groups.

The accurate location of viruses in the tree depends on how completely viruses circulating in humans and animals have been documented in the so-called “reference collection.” The more complete and systematic the collection of samples is, the more robust are the conclusions that can be drawn from the tree.

The fact that MERS viruses circulating in animals are not routinely sampled in the Middle East creates gaps that hinder the accurate interpretation of relationships among different virus sequences.

Until more strains of the MERS coronavirus have been isolated from the animal host, most likely dromedary camels, scientists cannot determine whether changes in the virus represent genuine adaptations in humans, or whether these changes derive from separate introductions of the virus to humans from animals.

Strains of the virus that are identical to human strains have been isolated from dromedary camels in several countries, including Egypt, Oman, Qatar, and Saudi Arabia.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

พื้นหลังลำดับ Coronavirus กลุ่มอาการหายใจตะวันออกกลาง (MERS‐CoV)9 2015 มิถุนายนความเข้าใจเบื้องต้นของไวรัสในคลัสเตอร์เกาหลี/จีนเมื่อมีการเปรียบเทียบข้อมูลลำดับ ไวรัสจากคลัสเตอร์เกาหลี/จีนจะคล้ายกับไวรัสตัวอย่างจากทั่วคาบสมุทรอาหรับ อย่างไรก็ตาม คอลเลกชันของไวรัสที่ใช้เปรียบเทียบจะจำกัด มีหลายลำดับจากไวรัสเก่า ไวรัสใหม่จาก 2015 มาจากพื้นที่ทางภูมิศาสตร์ขนาดเล็กมากในซาอุดีอาระเบียการวิเคราะห์แนะนำว่า จะตรงใกล้เคียงกับไวรัส 2015 จากซาอุดีอาระเบีย ข้อมูลล่าสุดจากกว้างกว่าพื้นที่ทางภูมิศาสตร์จะต้องยืนยันข้อสรุปนี้ล่าสุดมีการรายงานกรณีมนุษย์ ในเยอรมนี โอมาน กาตาร์ ซาอุดีอาระเบีย สหรัฐอาหรับเอมิเรตส์ วิเคราะห์ไวรัสจากประเทศเหล่านี้สามารถช่วยตอบคำถามเกี่ยวกับสถานที่คลัสเตอร์เกาหลี/จีนภาพทางภูมิศาสตร์กว้างขึ้นปมที่จำกัดจากการวิเคราะห์ลำดับไวรัสมีวัสดุทางพันธุกรรมที่เปลี่ยนแปลงเมื่อไวรัสคัดลอกตัวเองในระหว่างการจำลองแบบ ชนิดของการเปลี่ยนแปลงเกิดขึ้น แต่คนที่เรียนมักจะกลายพันธุ์บ่อยมีการแนะนำการกลายพันธุ์ขึ้นอยู่กับชนิดของไวรัส MERS coronavirus เป็นไวรัสเป็นอาร์เอ็นเอเช่นไวรัสไข้หวัดใหญ่ ซึ่งแตกต่างจากไวรัสดีเอ็นเอ อาร์เอ็นเอไวรัสมีกลไก "อ่านกัน" ซึ่งหมายความ ว่า ความผิดพลาดเล็ก ๆ กลายเป็นไวรัสคัดเองจะไม่มีแก้ไขหลายร้อยหลายพันครั้งต่อวัน สามารถคาดหวังมักกลายพันธุ์ เปลี่ยนแปลงเหล่านี้จะสุ่มเหตุการณ์ ไม่บ่อย และบางครั้งยากที่จะแปลระมัดระวังการวิเคราะห์ลำดับข้อมูลสามารถผลผลิตเบาะแสเกี่ยวกับแหล่งที่มาของการติดเชื้อ ว่าการเชื่อมโยงกรณี และว่าไวรัสมีการแพร่กระจาย ของกลายพันธุ์ เอง ระบุว่า ไวรัสจะกลายเป็นมาก transmissible หรือ virulent น้อยวิเคราะห์เบื้องต้นแนะนำว่า ไวรัส transmissible มากเกิดขึ้นในเกาหลีความรุนแรงของ MERS ถูกควบคุม โดยปัจจัยหลาย รวม ทั้งอายุของผู้ป่วย ของตัว ประวัติของการสูบบุหรี่ ไม่แนะนำว่า รูปแบบโรคในเกาหลีแตกต่างกันได้ ไม่สามารถกำหนดความรุนแรงของไวรัสจากข้อมูลลำดับทำไมข้อมูลจำเป็นเมื่อประเมินการเปลี่ยนแปลงในไวรัสเวลา นักวิทยาศาสตร์ใช้ต้นไม้ phylogenetic เป็นวิธีสะดวกที่แสดงความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม หรือ "คลัสเตอร์" ระหว่างไวรัส "ลำต้น" ต้นแสดงบรรพบุรุษของไวรัสที่พัฒนามาจาก สาขาในแผนภูมิจะเกิดขึ้นจากไวรัสที่สืบเชื้อสายจากบรรพบุรุษร่วมกัน สาขาที่อยู่ใกล้กันระบุกลุ่มที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดตำแหน่งแม่นยำของไวรัสในแผนภูมิขึ้นอยู่กับว่าทั้งหมดถูกจัดไวรัสที่หมุนเวียนในมนุษย์และสัตว์ในเรียกว่า "อ้างอิงชุด" สมบูรณ์มากขึ้น และระบบการรวบรวมตัวอย่างเป็น บทสรุปที่สามารถออกจากแผนภูมิจะแข็งแกร่งมากขึ้นความจริงที่ว่า ไวรัส MERS ที่หมุนเวียนในสัตว์จะไม่เป็นประจำตัวอย่างในตะวันออกกลางสร้างช่องว่างที่ขัดขวางการตีความถูกต้องของความสัมพันธ์ระหว่างลำดับไวรัสแตกต่างกันจนกว่าสายพันธุ์อื่น ๆ ของ MERS coronavirus ได้แยกต่างหากจากเจ้าสัตว์ มัก dromedary อูฐ นักวิทยาศาสตร์ไม่สามารถกำหนดว่าการเปลี่ยนแปลงในไวรัสแสดงท้องแท้ในมนุษย์ หรือว่าเปลี่ยนแปลงเหล่านี้ได้รับจากบทนำที่แยกต่างหากของไวรัสกับมนุษย์จากสัตว์สายพันธุ์ของไวรัสที่จะเหมือนกับสายพันธุ์ที่มนุษย์ได้รับแยกต่างหากจากอูฐ dromedary กับหลายประเทศได้แก่อียิปต์ โอมาน กาตาร์ ซาอุดีอาระเบีย และ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ประวัติความเป็นมาเกี่ยวกับระบบทางเดินหายใจตะวันออกกลาง Syndrome Coronavirus (mers-COV) ลำดับที่9 มิถุนายน 2015 ความเข้าใจเบื้องต้นของไวรัสในเกาหลี / กลุ่มประเทศจีนเมื่อข้อมูลลำดับเมื่อเทียบไวรัสจากเกาหลี/ กลุ่มประเทศจีนมีความคล้ายคลึงกับไวรัสตัวอย่างจากทั่วคาบสมุทรอาหรับ แต่คอลเลกชันของไวรัสที่มีอยู่สำหรับการเปรียบเทียบจะถูก จำกัด หลายคนมีลำดับจากไวรัสเก่า; ไวรัสใหม่จากปี 2015 มาจากพื้นที่ทางภูมิศาสตร์ที่มีขนาดเล็กมากในซาอุดิอาระเบีย. การวิเคราะห์แสดงให้เห็นว่าการแข่งขันที่ใกล้เคียงที่สุดกับ 2015 ไวรัสจากซาอุดิอาราเบีย ข้อมูลล่าสุดจากพื้นที่ทางภูมิศาสตร์ที่กว้างขึ้นจะต้องยืนยันข้อสรุปนี้. กรณีมนุษย์เพิ่งได้รับการรายงานในเยอรมนี, โอมาน, กาตาร์, ซาอุดีอาระเบียและสหรัฐอาหรับเอมิเรต การวิเคราะห์ไวรัสจากประเทศเหล่านี้จะช่วยตอบคำถามเกี่ยวกับสถานที่ของเกาหลี / กลุ่มประเทศจีนในภาพทางภูมิศาสตร์ที่กว้างขึ้น. เบาะแส จำกัด จากการวิเคราะห์ลำดับไวรัสมีสารพันธุกรรมที่มีการเปลี่ยนแปลงเมื่อไวรัสจะคัดลอกตัวเองในระหว่างการจำลอง ชนิดที่แตกต่างของการเปลี่ยนแปลงที่เกิดขึ้น แต่คนส่วนใหญ่ที่มีการศึกษากันทั่วไปคือการกลายพันธุ์. วิธีการกลายพันธุ์ที่มักจะถูกนำเสนอขึ้นอยู่กับชนิดของไวรัส เช่นเดียวกับไวรัสไข้หวัดใหญ่ที่ coronavirus เมอร์สเป็นเชื้อไวรัสอาร์เอ็นเอ ซึ่งแตกต่างจากไวรัสดีเอ็นเออาร์เอ็นเอไวรัสไม่มี "หลักฐานการอ่าน" กลไกซึ่งหมายความว่าความผิดพลาดเล็ก ๆ ทำสำเนาตัวเองไวรัสหลายร้อยหลายพันครั้งต่อวันที่ไม่ได้รับการแก้ไข การกลายพันธุ์ที่พบบ่อยที่สามารถคาดหวัง การเปลี่ยนแปลงเหล่านี้เป็นเหตุการณ์สุ่มมักจะไม่มีความหมายและบางครั้งก็ยากที่จะตีความ. วิเคราะห์ระมัดระวังของข้อมูลลำดับสามารถให้ผลผลิตเบาะแสเกี่ยวกับแหล่งที่มาของการติดเชื้อไม่ว่าจะเป็นกรณีที่มีการเชื่อมโยงและวิธีการที่ไวรัสมีการแพร่กระจาย การปรากฏตัวของการกลายพันธุ์ที่ไม่ได้ของตัวเองระบุว่าไวรัสจะกลายเป็นที่ถ่ายทอดมากขึ้นหรือมากกว่าหรือน้อยกว่าความรุนแรง. การวิเคราะห์เบื้องต้นไม่ได้แสดงให้เห็นว่าไวรัสถ่ายทอดอื่น ๆ ที่เกิดขึ้นในประเทศเกาหลี. ความรุนแรงของเมอร์สถูกควบคุมโดยหลายปัจจัยรวมถึง อายุของผู้ป่วย, การปรากฏตัวของร่วมป่วยและประวัติของการสูบบุหรี่ ไม่มีหลักฐานแสดงให้เห็นว่ารูปแบบการเกิดโรคในเกาหลีที่แตกต่างใด ๆ ความรุนแรงของไวรัสที่ไม่สามารถได้รับการพิจารณาจากข้อมูลลำดับ. ทำไมข้อมูลได้มากขึ้นมีความจำเป็นในการประเมินการเปลี่ยนแปลงในเชื้อไวรัสในช่วงเวลาที่นักวิทยาศาสตร์ใช้ phylogenetic ต้นไม้เป็นวิธีที่สะดวกในการแสดงให้เห็นถึงความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมหรือ "กลุ่ม" หมู่ไวรัส ว่า "ลำ" ของต้นไม้ที่แสดงให้เห็นว่าบรรพบุรุษของไวรัสที่พัฒนาต่อมาจากมัน สาขาในต้นไม้จะเกิดขึ้นจากไวรัสที่สืบเชื้อสายมาจากบรรพบุรุษร่วมกัน สาขาที่ตั้งอยู่ใกล้ ๆ กันบ่งบอกถึงกลุ่มเกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด. สถานที่ที่ถูกต้องของไวรัสในต้นไม้ขึ้นอยู่กับว่าไวรัสอย่างสมบูรณ์หมุนเวียนในมนุษย์และสัตว์ได้รับการบันทึกไว้ในที่เรียกว่า "คอลเลกชันอ้างอิง." ความสมบูรณ์มากขึ้นและเป็นระบบคอลเลกชันของ กลุ่มตัวอย่างเป็นผู้ที่แข็งแกร่งมากขึ้นมีข้อสรุปที่สามารถดึงออกมาจากต้นไม้. ความจริงที่ว่าไวรัส mers หมุนเวียนในสัตว์ไม่ได้ชิมเป็นประจำในตะวันออกกลางสร้างช่องว่างที่เป็นอุปสรรคต่อการตีความที่ถูกต้องของความสัมพันธ์ระหว่างลำดับไวรัสที่แตกต่างกัน. จนกระทั่งสายพันธุ์อื่น ๆ ของเมอร์ส coronavirus ที่ได้รับการแยกออกจากโฮสต์สัตว์ส่วนใหญ่มีแนวโน้มอูฐหนอกนักวิทยาศาสตร์ไม่สามารถระบุได้ว่าการเปลี่ยนแปลงในเชื้อไวรัสเป็นตัวแทนของการปรับตัวของแท้ในมนุษย์หรือไม่ว่าการเปลี่ยนแปลงเหล่านี้เป็นผลมาจากการเปิดตัวที่แยกจากกันของไวรัสกับมนุษย์จากสัตว์. สายพันธุ์ของ ไวรัสที่มีความเหมือนกันกับสายพันธุ์ของมนุษย์ได้รับการแยกออกจากอูฐหนอกในหลายประเทศรวมทั้งอียิปต์โอมานกาตาร์และซาอุดีอาระเบีย

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

พื้นหลังในตะวันออกกลางต่อโรคโคโรนาไวรัส ( mers ‐ cov ) ลำดับ


9 มิถุนายน 2015

เบื้องต้นเกี่ยวกับไวรัสในเกาหลี / จีนกลุ่ม

เมื่อเปรียบเทียบลำดับข้อมูล ไวรัส จากกลุ่มเกาหลี / จีน คล้ายคลึงกับไวรัสตัวอย่างจากทั่วคาบสมุทรอาราเบียน อย่างไรก็ตาม , คอลเลกชันของไวรัสที่มีการจำกัดหลายลำดับจากไวรัสรุ่นเก่า รุ่นใหม่ไวรัสจาก 2015 มาจากพื้นที่ทางภูมิศาสตร์ที่มีขนาดเล็กมาก ในซาอุดีอาระเบีย

การวิเคราะห์แสดงให้เห็นว่าการแข่งขันใกล้กับ 2015 ไวรัสจากซาอุดีอาระเบีย ข้อมูลล่าสุดจากพื้นที่ทางภูมิศาสตร์กว้างจะต้องยืนยันข้อสรุปนี้

กรณีมนุษย์ได้รับเมื่อเร็ว ๆนี้รายงานในประเทศเยอรมนี โอมาน กาตาร์ ซาอุดีอาระเบียและสหรัฐอาหรับเอมิเรต การวิเคราะห์ของไวรัสจากประเทศเหล่านี้จะช่วยตอบคำถามเกี่ยวกับสถานที่ของกลุ่มเกาหลี / จีนในมุมกว้างทางภูมิศาสตร์ภาพ

จำกัดประเด็นจากลำดับการวิเคราะห์

ไวรัสมีสารพันธุกรรมที่เปลี่ยนแปลงเมื่อไวรัสสำเนาตัวเองในระหว่างการสำเนาข้อมูล ประเภทที่แตกต่างกันของการเปลี่ยนแปลงที่เกิดขึ้น แต่มัก

ศึกษาการกลายพันธุ์บ่อยครั้งที่กลายพันธุ์เป็นแนะนำขึ้นอยู่กับชนิดของไวรัส เหมือนไวรัสไข้หวัดใหญ่ , mers โคโรน่าไวรัสเป็นอาร์เอ็นเอไวรัส ซึ่งแตกต่างจากดีเอ็นเอของไวรัส RNA ไวรัสไม่มี " หลักฐานการอ่าน " กลไกซึ่งหมายความว่าเล็กพลาดเป็นไวรัสสำเนาตัวเองหลายร้อยหลายพันวันครั้งจะไม่แก้ไข การกลายพันธุ์ที่พบบ่อยสามารถจะคาด การเปลี่ยนแปลงเหล่านี้เป็นเหตุการณ์สุ่มมักจะไร้ความหมาย และบางครั้งยากที่จะตีความ

ระวังการวิเคราะห์ลำดับข้อมูลที่สามารถให้ผลประโยชน์เกี่ยวกับแหล่งที่มาของการติดเชื้อ ไม่ว่ากรณีที่มีการเชื่อมโยงและวิธีการที่ไวรัสจะถูกแพร่ออกไป การปรากฏตัวของการกลายพันธุ์ที่ไม่ได้เอง ระบุว่า ไวรัส เป็นมากกว่าการส่งผ่าน หรือรุนแรงน้อยกว่า .

การวิเคราะห์เบื้องต้นไม่ได้ชี้ให้เห็นว่าไวรัส transmissible เพิ่มเติมที่เกิดขึ้นในเกาหลี

ความรุนแรงของ mers ถูกควบคุมโดยหลายปัจจัย ได้แก่ อายุของผู้ป่วย การปรากฏตัวของ Co morbidities และประวัติของการสูบบุหรี่ ไม่มีหลักฐานที่แสดงให้เห็นว่าโรคแบบแผนในเกาหลีใด ๆ ที่แตกต่างกัน ความรุนแรงของไวรัสไม่สามารถตัดสินจากลำดับข้อมูล

ทำไมข้อมูลเพิ่มเติมจำเป็น

เมื่อประเมินการเปลี่ยนแปลงของไวรัสตลอดเวลา นักวิทยาศาสตร์ใช้ต้นไม้ ซึ่งเป็นวิธีที่สะดวกเพื่อแสดงความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม หรือ " กลุ่ม " ของไวรัส " ต้น " ของต้นไม้ แสดงให้เห็นว่าบรรพบุรุษของไวรัสที่พัฒนาต่อมาจาก สาขาในต้นไม้จะเกิดขึ้นจากไวรัสที่สืบเชื้อสายมาจากบรรพบุรุษเดียวกัน