RESULTSWe generated a total of 1,05

RESULTS
We generated a total of 1,055,214 barcoded sequences 249 base pairs in length. Sequences
were quality filtered and rarefied to 19,000 OTUs per sample. The nineteen samples used
for analysis represent one to three chicha batches from each of 7 different households (five
from Village 1 and two from Village 2). Clustering of OTUs revealed that members of
the genus Lactobacillus dominated the bacterial communities in all samples (Fig. 1). Of
the ten most abundant OTUs across samples, nine were Lactobacillus; the other was an
Acetobacter. These 10 OTUs each represented >1% of each sample, collectively accounting
for 71% of the sequences in all samples. The top two most abundant species predicted
through a BLAST search on the NCBI database, L. acidophilus and L. reuteri, account for
51% of the entire dataset (Fig. 2). Two of the most abundant Lactobacillus OTUs were
less than 98% similar to existing isolates in the NCBI database, potentially suggesting the
presence of previously undescribed taxa, though we were not able to assess this with short
16S sequence reads. Figure 2 provides a descriptive table of the most abundant species, as
predicted by a BLAST search in the NCBI 16S isolate database, as well as an isolate source
habitat for each.
The bacterial communities detected in water samples had higher phylum level
diversity than chicha (Supplemental Information; 127,558 OTUs per sample). Whereas
Lactobacillaceae dominated chicha, Delftia acidovorans (NC 010002), a member of the
Comamonadaceae first isolated from a sewage treatment plant (Schleheck et al., 2004),
was the most abundant OTU encountered in water (Supplemental Information; 18.4%).
The bacteria most commonly shared between water and chicha were species within the
genus Acetobacter. This clade oxidizes alcohol and sugar to create acetic acid and some
members of this genus have been found in traditional balsamic vinegar production (Gullo,
De Vero & Giudici, 2009). Overall, community composition of chicha was very different

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ผลลัพธ์เราสร้างจำนวน 1,055,214 barcoded ลำดับ 249 ฐานคู่ยาว ลำดับมีคุณภาพในการกรอง และหลาย ๆ การ OTUs 19000 ต่อตัวอย่าง ตัวอย่างทส่วนที่ใช้สำหรับการวิเคราะห์แสดงชุด chicha หนึ่งถึงสามจากแต่ละครัวเรือนแตกต่างกัน 7 (ห้าจากวิลเลจ 1 และ 2 จาก 2 หมู่บ้าน) คลัสเตอร์ของ OTUs เปิดเผยที่สมาชิกของพืชสกุลแลคโตบาซิลลัสครอบงำชุมชนแบคทีเรียในตัวอย่างทั้งหมด (Fig. 1) ของOTUs อุดมสมบูรณ์มากที่สุด 10 ในกลุ่มตัวอย่าง เก้ามีแลคโตบาซิลลัส อีกคนเป็นAcetobacter OTUs 10 เหล่านี้แต่ละแสดง > 1% ของแต่ละอย่าง บัญชีโดยรวม71% ของลำดับในตัวอย่างทั้งหมด ชั้นสองมากที่สุดสายพันธุ์คาดว่าโดยค้นหาระเบิดบนฐานข้อมูล NCBI, L. acidophilus และ L. reuteri บัญชีสำหรับ51% ของชุดข้อมูลทั้งหมด (Fig. 2) สอง OTUs แลคโตบาซิลลัสมากที่สุดมากมายได้น้อยกว่า 98% ที่คล้ายกับแยกที่มีอยู่ในฐานข้อมูล NCBI อาจแนะนำการของ undescribed taxa ก่อนหน้านี้ ว่าเราไม่สามารถทำประเมินนี้ มีสั้น16S ลำดับการอ่าน รูปที่ 2 แสดงตารางอธิบายชนิดชุกชุมมากที่สุด เป็นทำนาย โดยการค้นหาระเบิด NCBI 16S แยกฐานข้อมูล รวมทั้งแหล่งแยกอยู่อาศัยในแต่ละชุมชนแบคทีเรียที่ตรวจพบในตัวอย่างน้ำมีราคาสูงระดับไฟลัมหลากหลายกว่า chicha (ข้อมูลเพิ่มเติม OTUs 127,558 ต่อตัวอย่าง) ในขณะที่Lactobacillaceae ครอบงำ chicha, Delftia acidovorans (NC 010002) เป็นสมาชิกของการComamonadaceae ก่อน แยกต่างหากจากโรงบำบัดน้ำเสีย (Schleheck et al., 2004),OTU ชุกชุมส่วนใหญ่พบในน้ำ (รายละเอียดเพิ่มเติม 18.4%)แบคทีเรียที่มักใช้ร่วมกันระหว่างน้ำและ chicha มีชนิดภายในพืชสกุล Acetobacter Oxidizes clade นี้แอลกอฮอล์และน้ำตาลเพื่อสร้างกรดอะซิติกและบางสมาชิกของสกุลนี้พบได้ในการผลิตน้ำส้มสายชูซึ่งทำเองอรูดั้งเดิม (Gulloเดอ Vero & Giudici, 2009) โดยรวม องค์ประกอบชุมชนของ chicha แตกต่างกันมาก

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ผลเราสร้างรวมทั้งสิ้น 1,055,214 barcoded ลำดับ 249 ฐานคู่ยาว
ลำดับที่ถูกกรองและมีคุณภาพซึ่งได้ทำให้บริสุทธิ์ 19,000 Otus ต่อตัวอย่าง
เก้ากลุ่มตัวอย่างที่ใช้ในการวิเคราะห์เป็นตัวแทน 1-3 สำหรับกระบวนการชิจากแต่ละผู้ประกอบการที่แตกต่างกัน 7 (ห้าตั้งแต่วันที่1 วิลเลจและสองจากวิลเลจ 2) การจัดกลุ่มของ Otus เปิดเผยว่าสมาชิกของแลคโตบาซิลลัสสกุลครอบงำชุมชนแบคทีเรียในตัวอย่างทั้งหมด(รูปที่ 1). ของสิบมากที่สุดทั่ว Otus ตัวอย่างเก้าแลคโตบาซิลลัส; อื่น ๆ ที่เป็นAcetobacter นี้ 10 Otus แต่ละตัวแทน> 1% ของแต่ละตัวอย่างรวมคิดเป็น71% ของลำดับในทุกตัวอย่าง ชั้นสองสายพันธุ์ที่มีมากที่สุดคาดการณ์ผ่านการค้นหาระเบิดบนฐานข้อมูล NCBI, acidophilus L. reuteri ลิตรและบัญชีสำหรับ 51% ของชุดข้อมูลทั้งหมด (รูปที่. 2) สองมากที่สุดแลคโตบาซิลลัส Otus ได้น้อยกว่า98% คล้ายกับสายพันธุ์ที่มีอยู่ในฐานข้อมูล NCBI อาจแนะนำการปรากฏตัวของแท็กซ่าundescribed ก่อนหน้านี้ แต่เราไม่สามารถที่จะประเมินนี้กับสั้นลำดับ16S อ่าน รูปที่ 2 ให้ตารางการบรรยายของสายพันธุ์มากที่สุดในขณะที่คาดการณ์โดยการค้นหาระเบิดในNCBI 16S แยกฐานข้อมูลเช่นเดียวกับการเป็นแหล่งแยกที่อยู่อาศัยสำหรับแต่ละ. ชุมชนแบคทีเรียที่ตรวจพบในตัวอย่างน้ำมีระดับประเภทที่สูงขึ้นความหลากหลายกว่าชิ ( ข้อมูลเพิ่มเติม; 127558 Otus ต่อตัวอย่าง) ในขณะที่Lactobacillaceae ครอบงำชิ, Delftia acidovorans (NC 010002) เป็นสมาชิกของComamonadaceae แยกแรกจากโรงงานบำบัดน้ำเสีย (. Schleheck, et al, 2004), เป็นผู้ที่มีมากที่สุด OTU พบในน้ำ (ข้อมูลเพิ่มเติม; 18.4%). แบคทีเรียมากที่สุดที่ใช้ร่วมกันระหว่างน้ำและชิเป็นสายพันธุ์ภายในAcetobacter สกุล clade นี้ oxidizes เครื่องดื่มแอลกอฮอล์และน้ำตาลในการสร้างกรดอะซิติกและบางส่วนของสมาชิกประเภทนี้มีการตรวจพบในการผลิตน้ำส้มสายชูบัลซามิกแบบดั้งเดิม(Gullo, เดเวโรและ Giudici 2009) โดยรวมองค์ประกอบของชุมชนชิก็แตกต่างกันมาก

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ผลลัพธ์
เราสร้างทั้งหมดของ 1055214 บรรณานุกรมลำดับคู่เบสในเรื่องความยาว ลำดับ
ที่มีคุณภาพกรองและ rarefied 000 ในแต่ละตัวอย่าง the nineteen samples เก็บกวาด for analysis ห๊ะ to chicha ลักษ from each ของยูดาห์ households ทำให้ใช้ five
from เป็นเพียง two from เป็นวิธี ) . ในการจัดกลุ่มของสมาชิก
เปิดเผยว่าในสกุล Lactobacillus ครอบงำชุมชนแบคทีเรียในตัวอย่างทั้งหมด ( รูปที่ 1 ) ของ
สิบชุกชุมมากที่สุดในทั่วตัวอย่างที่ 9 คือแลคโตบาซิลลัส ; อื่น ๆคือการ
Acetobacter . ต้องการ 10 otus each represented > 1 % ของ each sample , collectively กร
for 71 % ของ the sequences in samples all . ด้านบนสองมากที่สุดชนิดทำนาย
ผ่านการค้นหาระเบิดบน ncbi ฐานข้อมูล Lวัน และ รัฐฟลอริดา , บัญชีสำหรับ
51% ของข้อมูลทั้งหมด ( รูปที่ 2 ) สองของชุกชุมมากที่สุดคือ Lactobacillus ใน
น้อยกว่า 98% ที่คล้ายคลึงกับที่มีอยู่ในฐานข้อมูลแยก ncbi อาจแนะนำการปรากฏตัวของ undescribed
ก่อนหน้านี้ และถึงแม้ว่าเราไม่สามารถประเมินนี้กับลำดับ 16S สั้น
คนอ่าน รูปที่ 2 แสดงตารางบรรยายของสายพันธุ์มากที่สุดเป็นฐานข้อมูลแยก
t ระเบิดค้นหาใน ncbi ( เช่นเดียวกับการแยกแหล่งที่อยู่อาศัย

แต่ละ เชื้อแบคทีเรียที่ตรวจพบในตัวอย่างน้ำ ชุมชนมีความหลากหลายระดับ
ไฟลัมสูงกว่าชิชะ ( เพิ่มเติมข้อมูล 127558 ในกลุ่มตัวอย่างต่อ ) ในขณะที่
lactobacillaceae ครอบงำชิชะ delftia , acidovorans ( NC 010002 ) , สมาชิกของ
แยก comamonadaceae ครั้งแรกจากบำบัดน้ำเสีย ( schleheck et al . , 2004 ) ,
เป็นปริมาณมากที่สุด otu พบในน้ำ ( ข้อมูล ; 18.4 % เสริม ) .
แบคทีเรียมากที่สุดร่วมกันระหว่างน้ำและแตกกระจายเป็นชนิดภายใน
กุล Acetobacter . ถัดจากนี้ oxidizes แอลกอฮอล์และน้ำตาลเพื่อสร้างกรดอะซิติกและบาง
สมาชิกประเภทนี้จะพบในแบบดั้งเดิมการผลิตน้ำส้ม balsamic ( กูโล
เดอเวโร& giudici , 2009 ) โดยรวม องค์ประกอบชุมชนของชิชา แตกต่างกันมาก