Three selected isolates of SCMV com

Three selected isolates of SCMV comprised of two sugarcane-SCMV from SupanBuri and UdonThani provinces, and one isolate of maize-SCMV from SaraBuri province were collected in 2003–2004. They were identified as SCMV by DAS-ELISA. The infected leaves were manually inoculated to leaves of U-Thong-1 sorghum seedlings for using as viral source. These three selected isolatesshowed different obvious mosaic symptoms on sugarcane, and were named UT6(from U-Thong district, Supan Buri province), UD7 (from Udon Thani province),and SBC2 (from Sara Buri province), and processed for gene cloning by immuno-capture reverse transcription polymerase chain reaction (IC-RT-PCR) (modifiedfrom [4]). Primers for CP gene amplification were designed from SCMV genomicsequences retrieved from Genbank; one was complementary to the 3region ofNIb polymerase gene and the other to 3terminal sequence of CP gene, therebyencompassing about 1200 bp fragment of SCMV 3genome. RT-PCR reaction wasdone using SuperScriptTMIII One-step RT-PCR mix (Invitrogen) containing 25 µl2× reaction mix.An oligo (dT22) or reverse primer SCP2 (5CTAGTGGTGCTGCTGCACTC3) corresponding to C-terminal of SCMV CP was used for first-strand cDNA synthesis. Primer SCP1 (5CGGAAATTTTATGCGTGGCTTC3)was also added for ds cDNA amplification. The ds DNA fragments obtainedwere fractionated by electrophoresis. IC-RT-PCR products from the three isolatesof SCMV were eluted from agarose gel and cloned into the pGEM-T Easyvector (Promega). Nucleotide sequences obtained in both sequencing directionswere used to create the complete sequence of SCMV-CP gene in the DNASTARprogram. The encoded CP amino acid sequences were aligned using ClustalW andtheir phylogeny determined using its neighbor-joining option and bootstrappingconducted by MEGAversion 2.1

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เลือกสามแยกของ SCMV ประกอบด้วยสองอ้อย-SCMV จากจังหวัดอุดรธานีและผ่าสุพรรณบุรี และหนึ่งแยกของข้าวโพด-SCMV จากสระบุรีจังหวัดถูกเก็บรวบรวมใน 2003 – 2004 พวกเขาเป็น identified เป็น SCMV โดย DAS ELISA ใบติดไวรัสได้ด้วยตนเอง inoculated กับใบของต้นกล้าข้าวฟ่าง U-ทอง-1 สำหรับใช้เป็นแหล่งกำเนิดไวรัส สามเหล่านี้เลือกอาการโมเสกชัดเจนที่แตกต่างกัน isolatesshowed บนอ้อย และตั้งชื่อ UT6 (จากอำเภออู่ทอง จังหวัด Supan), UD7 (จากจังหวัดอุดรธานี), และ SBC2 (จากจังหวัดสระบุรี), และประมวลผลสำหรับการโคลนยีนโดยปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรสถอดกลับจับภาพบุคคล immuno (IC-RT-PCR) (modifiedfrom [4]) ออกแบบไพรเมอร์สำหรับ amplification ยีน CP จากดึงจาก Genbank; genomicsequences SCMV หนึ่งคือการยีน 3region ofNIb พอลิเมอเรสและอื่น ๆ กับ 3terminal ลำดับของยีน CP, therebyencompassing เกี่ยวกับ 1200 bp ส่วนของ SCMV 3genome ใช้ขั้นตอนเดียว SuperScriptTMIII RT-PCR ผสม (Invitrogen) ที่ประกอบด้วยผสมปฏิกิริยา× µl2 25 wasdone ปฏิกิริยา RT-PCR มีโอลิ (dT22) หรือย้อนหลังรองพื้น SCP2 (5CTAGTGGTGCTGCTGCACTC3) ที่สอดคล้องกับของ SCMV CP C เทอร์มินัลใช้สำหรับการสังเคราะห์ cDNA สาระแรก รองพื้น SCP1 (5CGGAAATTTTATGCGTGGCTTC3) ถูกเพิ่มสำหรับ ds cDNA amplification Ds ดีเอ็นเอบางส่วนของ obtainedwere ที่แบ่ง โดยอิ ผลิตภัณฑ์ IC-RT-PCR จาก isolatesof 3 SCMV eluted จากเจล agarose และโคลนลงใน Easyvector pGEM T (Promega) ลำดับนิวคลีโอไทด์ที่ได้รับในทั้งสอง directionswere ลำดับที่ใช้ในการสร้างลำดับที่สมบูรณ์ของยีน SCMV CP ในการ DNASTARprogram กรดอะมิโนลำดับรหัสของ CP สอดคล้องโดยใช้ ClustalW andtheir phylogeny กำหนดใช้ของเพื่อนบ้านเข้าร่วมเลือกและ bootstrappingconducted โดย MEGAversion 2.1

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

สามสายพันธุ์ที่เลือก SCMV ประกอบด้วยสองอ้อย SCMV จากสุพรรณบุรีและจังหวัดอุดรธานีและหนึ่งแยกข้าวโพด-SCMV จากจังหวัดสระบุรีถูกเก็บไว้ใน 2003-2004 พวกเขาเอ็ด Fi ระบุเป็น SCMV โดย DAS-ELISA ใบที่ติดเชื้อถูกเชื้อด้วยตนเองเพื่อให้ใบของ U-Thong-1 ต้นกล้าข้าวฟ่างเพื่อใช้เป็นแหล่งที่มาของเชื้อไวรัส ทั้งสามเลือก isolatesshowed อาการกระเบื้องโมเสคที่แตกต่างกันอย่างเห็นได้ชัดในอ้อยและถูกตั้งชื่อ UT6 (จากอำเภออู่ทองจังหวัดสุพรรณบุรี) UD7 (จากจังหวัดอุดรธานี) และ SBC2 (จากจังหวัดสระบุรี) และประมวลผลสำหรับการโคลนยีนโดย ภูมิคุ้มกันจับถอดรหัสแบบย้อนกลับวิธี Polymerase chain reaction (IC-RT-PCR) (Modi Fi edfrom [4]) ไพรเมอร์สำหรับ CP ยีน ampli ไอออนบวก Fi ได้รับการออกแบบจาก genomicsequences SCMV ดึงมาจากเมด เป็นหนึ่งประกอบกับ3region ofNIb โพลิเมอร์ยีนและอื่น ๆ เพื่อลำดับ3terminalยีน CP, therebyencompassing ประมาณ 1200 bp ส่วนของ SCMV 3genome RT-PCR ปฏิกิริยา wasdone ใช้ SuperScriptTMIII หนึ่งขั้นตอน-RT-PCR ผสม (Invitrogen) ที่มี 25 ×μl2ปฏิกิริยา mix.An Oligo (DT22) หรือ SCP2 ไพรเมอร์ (5CTAGTGGTGCTGCTGCACTC3) ย้อนกลับสอดคล้องกับ C-ขั้ว SCMV CP ที่ใช้สำหรับ fi สังเคราะห์ cDNA RST-Strand ไพรเมอร์ SCP1 (5CGGAAATTTTATGCGTGGCTTC3) ก็เพิ่มสำหรับ DS cDNA ampli Fi ไอออนบวก เอดีเอ็นเอเศษ obtainedwere fractionated โดย electrophoresis ผลิตภัณฑ์ IC-RT-PCR จากสาม isolatesof SCMV ถูกชะจากเจล agarose และโคลนเข้าไปใน pGEM-T Easyvector (Promega) ลำดับเบสที่ได้รับทั้งในลำดับ directionswere ใช้ในการสร้างลำดับที่สมบูรณ์ของยีน SCMV-CP ใน DNASTARprogram เข้ารหัส CP อะมิโนลำดับกรดถูกจัดชิดโดยใช้เชื้อชาติ ClustalW andtheir กำหนดโดยใช้ตัวเลือกเพื่อนบ้านเข้าและ bootstrappingconducted โดย MEGAversion 2.1

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3 เลือกจำนวน scmv ประกอบด้วยสอง scmv อ้อย จากสุพรรณบุรี และอุดรธานีเป็นจังหวัดหนึ่งที่แยกจากข้าวโพด scmv จังหวัดสระบุรีครั้งนี้ในปี 2003 และ 2004 พวกเขา identi จึงเอ็ดเป็น scmv โดย das-elisa . ใบ เป็นใบของตนเองติดเชื้อข้าวฟ่าง u-thong-1 ต้นกล้าเพื่อใช้เป็นแหล่งไวรัส ทั้งสามเลือก isolatesshowed แตกต่างกันชัดเจนโมเสกอาการอ้อยและถูกตั้งชื่อ ut6 ( จากอำเภออู่ทอง จังหวัดสุพรรณบุรี ) , ud7 ( จังหวัดอุดรธานี ) และ sbc2 ( สระบุรี ) และการประมวลผลสำหรับการโคลนยีนโดยมมูโนจับปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรสแบบย้อนกลับ ( ic-rt-pcr ) ( โมดิ จึง edfrom [ 4 ] ) ไพรเมอร์สำหรับ CP ยีน ampli จึงถูกออกแบบจากการดึงข้อมูลจาก scmv genomicsequences ขนาด หนึ่งคือ ประกอบกับ 3 เขต ofnib โดยยีนและอีก 3  Terminal ลำดับของยีน CP , therebyencompassing ประมาณ 1 , 200 คู่เบสของ scmv 3 จีโนม . กระทำปฏิกิริยา RT-PCR โดยใช้ superscripttmiii หนึ่งขั้นตอนนี้ผสม ( Invitrogen ) บรรจุ 25 µ L2 ×ปฏิกิริยาผสม เป็นโอลิโก ( dt22 ) หรือย้อนกลับ ไพรเมอร์ scp2 ( 5  ctagtggtgctgctgcactc3  ) ซึ่งสอดคล้องกับของ scmv CP ใช้จึงตัดสินใจเดินทางไปเส้นดีเอ็นเอสังเคราะห์ รองพื้น scp1 ( 5  cggaaattttatgcgtggcttc3  ) ยังเพิ่มสำหรับยีน ampli จึงไอออนบวก DS ดีเอ็นเอลำดับโดยทำการเรส ic-rt-pcr ผลิตภัณฑ์จากสาม isolatesof scmv มีตัวอย่างจากเจลและโคลนเข้าไปใน pgem-t easyvector ( promega ) ลำดับนิวคลีโอไทด์ที่ได้ในลำดับ directionswere ทั้งสองที่ใช้ในการสร้างลำดับเบสที่สมบูรณ์ของยีน scmv-cp ใน dnastarprogram . การเข้ารหัสโปรตีนกรดอะมิโนและ clustalw ชิดใช้ระบบเชื้อชาติกำหนดใช้เพื่อนบ้านเข้าร่วมตัวเลือกและ bootstrappingconducted megaversion 2.1 โดย