The team then grew isolates of B. b

The team then grew isolates of B. botryosum and J. argillacea on pine and aspen wood. They found that the fungi superficially degraded the wood surfaces but in localized areas, went further and broke down the cell walls and removed cellulose, hemicellulose and lignin.

"[They] show similarities to white rot fungi in … all predicted carbohydrate- and lignin-active enzymes and can degrade all components of wood, but they do so without the PODs that are a hallmark of white rot," the team reported in their paper. They also found a correlation between secondary metabolism genes, which are crucial for fungal survival, and brown rot fungi. These results, they added, suggest that the perceived dichotomy of white rot and brown rot is too simplistic and suggest that fungal wood decay capabilities be categorized instead on a continuum.

DOE JGI Fungal Genomics head Igor Grigoriev noted this wasn't the first time they'd seen a genome that appeared to blur the definitions between white rots and brown rots. "We thought we saw an anomaly with a previously sequenced white rot fungus Schizophyllum commune," he said. "Now we see a trend. This is the value of having multiple data points and so many fungal genome sequences. This is the whole point of doing fungal genomics at scale."

Dan Eastwood, a fungal researcher at Swansea University who was not involved in the study, pointed out that fungi don't have to follow rules to exhibit a decay form. "The manuscript is very timely and provides evidence for what many people in the field have suspected for some time – that simple descriptors of wood decomposition do not necessarily reflect the diversity in decay strategies exhibited by fungi," he said. "This is particularly the case when discussing the brown rot wood decay mechanism where distantly related species have evolved superficially similar decay mechanisms. This manuscript uses whole genome sequence information to outline the argument for advancing our understanding of wood decomposition away from a simplistic white versus brown rot dichotomy."

"This is the first time we see patterns of white rot without this particular enzyme," Grigoriev added. "That tells us these fungi degrade lignin using other means, which tells us POD is not the only marker for white rot. Now that it's clear that it's not the only player, we should broaden our search for enzymes that have bioenergy applications. It is important to identify a whole range of enzymes sourced from nature that can be used to develop second-generation biofuels in terms of breaking down lignin and other components in plant cell walls."

Eastwood added that the work allows researchers to start to understand decay strategies in complex habitats. "Wood is a complex substrate in a complex environment," he said. "Evolution of decay mechanisms will be complex also, and the diversity in gene compliment will reflect the polyphyletic nature of superficially similar decay strategies. The future challenges are to better define the chemical environment during wood decomposition in conjunction with enzyme activity of different species that appropriately reflect their specific ecology.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ทีมแล้วเติบโตแยกเกิด botryosum และ J. argillacea บนไม้สนและแอสเพน พวกเขาพบว่า เชื้อราเผิน ๆ เสื่อมโทรมผิวไม้ แต่ในพื้นที่ท้องถิ่น ไปอีกสัญญาผนังเซลล์ และเอาเซลลูโลส hemicellulose และ lignin "[พวกเขา] แสดงความคล้ายคลึงกับเชื้อราขาว rot...ทั้งหมดคาดว่า เอนไซม์คาร์โบไฮเดรต และ lignin-ใช้งานอยู่ และสามารถย่อยสลายส่วนประกอบทั้งหมดของไม้ แต่พวกเขาไม่ให้ฝักที่เป็นจุดเด่นของ rot ขาว ทีมรายงานในกระดาษของพวกเขา นอกจากนี้พวกเขายังพบความสัมพันธ์ระหว่างยีน เผาผลาญอาหารรองซึ่งมีความสำคัญเพื่อความอยู่รอดของเชื้อรา เชื้อรา brown rot ผลลัพธ์เหล่านี้ พวกเขาเพิ่ม แนะนำว่า dichotomy รับรู้ขาว rot และ brown rot เป็นเร่งรีบเกินไป และแนะนำว่า ไม้ผุเชื้อราสามารถแบ่งประเภทแทนบนความต่อเนื่องเป็น ป้องกัน JGI Genomics เชื้อราหัว Igor Grigoriev ไว้นี้ไม่ได้เป็นครั้งแรกที่พวกเขาได้เห็นกลุ่มที่ปรากฏให้คำนิยามระหว่าง rots สีขาวและสีน้ำตาล rots เบลอ "เราคิดว่า เราเห็นความผิดปกติเป็น rot ขาวตามลำดับก่อนหน้านี้เชื้อรา Schizophyllum commune เขากล่าวว่า "ตอนนี้เราดูแนวโน้ม นี่คือค่าของแหล่งข้อมูลและลำดับกลุ่มเชื้อรามาก นี้เป็นทั้งจุดทำ genomics เชื้อราที่ขนาดนี้" Dan อีสต์วูด นักวิจัยเชื้อราที่สวอนซีที่ไม่เกี่ยวข้องกับการศึกษา ชี้ให้เห็นว่า เชื้อราไม่จำเป็นต้องทำตามกฎแสดงแบบผุ "ต้นฉบับเป็นเวลามาก และมีหลักฐานสำหรับอะไรหลายคนในฟิลด์ได้สงสัยว่าบางครั้งที่ตัวบอกเรื่องของการแยกส่วนประกอบไม้ไม่จำเป็นต้องสะท้อนความหลากหลายในกลยุทธ์ผุจัดแสดง โดยเชื้อรา เขากล่าวว่า "อยู่โดยเฉพาะอย่างยิ่งกรณีเมื่อคุยกลไกไม้ผุ brown rot ที่พันธุ์ distantly ที่เกี่ยวข้องมีพัฒนากลไกการผุเผิน ๆ คล้าย ฉบับนี้ใช้ทั้งจีโนมลำดับข้อมูลสังเขปอาร์กิวเมนต์สำหรับความก้าวหน้าความเข้าใจของเราแยกส่วนประกอบไม้จากสีขาวพี่เทียบกับ dichotomy brown rot " "นี่คือครั้งแรกที่เราดูรูปแบบของ rot ขาวโดยเอนไซม์นี้เฉพาะ Grigoriev เพิ่ม "ที่บอกเชื้อราเหล่านี้ย่อยสลาย lignin ใช้วิธีอื่น ซึ่งบอกเราเท่านั้นไม่ใช่หมายเฉพาะสำหรับ rot ขาว ตอนนี้ว่าเป็นที่ชัดเจนว่า จะไม่เล่นเท่านั้น เราควรขยายหาเอนไซม์ที่มีโปรแกรมประยุกต์พลังงานชีวภาพของเรา จะต้องระบุช่วงทั้งหมดของเอนไซม์ที่มาจากธรรมชาติที่สามารถใช้ในการพัฒนาเชื้อเพลิงชีวภาพ second-generation ในแบ่ง lignin และส่วนประกอบอื่น ๆ ในผนังเซลล์พืช " อีสต์วูดเพิ่มที่ ทำงานช่วยให้นักวิจัยเริ่มเข้าใจผุกลยุทธ์ในการอยู่อาศัยที่ซับซ้อน "ไม้เป็นพื้นผิวที่ซับซ้อนในสภาพแวดล้อมที่ซับซ้อน เขากล่าวว่า "วิวัฒนาการของกลไกการผุจะซับซ้อนยัง และความหลากหลายในยีนชมเชยจะสะท้อนธรรมชาติ polyphyletic เผิน ๆ คล้ายผุกลยุทธ์ ความท้าทายในอนาคตได้ดี กำหนดสิ่งแวดล้อมเคมีระหว่างแยกส่วนประกอบไม้ร่วมกับเอนไซม์ชนิดอื่นที่เหมาะสมสะท้อนถึงนิเวศวิทยาของเฉพาะ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ทีมงานจึงเติบโตเชื้อ B . botryosum เจและ argillacea บนต้นสนและ Aspen ไม้ พวกเขาพบว่าเชื้อราย่อยสลายไม้พื้นผิวเผิน แต่ในพื้นที่ถิ่น ไปเพิ่มเติม และทำลายผนังเซลล์และลบออก เซลลูโลส เฮมิเซลลูโลส และลิกนิน

" [ ] แสดงความคล้ายคลึงกันกับขาวเน่าเชื้อรา . . . ทำนายคาร์โบไฮเดรต - และลิกนินใช้เอนไซม์และสามารถลดส่วนประกอบของไม้ แต่พวกเขาทำเช่นนั้นโดยไม่ฝักที่เป็นจุดเด่นของเน่าขาว " ทีมรายงานในกระดาษของพวกเขา นอกจากนี้ยังพบความสัมพันธ์ระหว่างยีนการเผาผลาญทุติยภูมิ ซึ่งสำคัญสำหรับการอยู่รอดและเชื้อรา , เชื้อราเน่าสีน้ำตาล ผลลัพธ์เหล่านี้ , พวกเขาเพิ่มแนะนำว่า การแบ่งขั้วของเปื่อยเน่า คือ สีขาวและสีน้ำตาลง่ายเกินไปและชี้ให้เห็นว่าสามารถสลายไม้ เชื้อราจะแบ่งแทนที่ต่อเนื่อง

กวาง jgi ราจีโนมิกส์หัวอิก grigoriev กล่าวนี้ไม่ใช่ครั้งแรกที่พวกเขาจะเห็นโครโมโซมที่ปรากฏเบลอคำนิยามระหว่างสีขาวและสีน้ำตาลเน่าเฟะฟะ" เราคิดว่าเราเห็นความผิดปกติกับก่อนหน้านี้ นี้ขาวเน่าเชื้อราเห็ดแครง , " เขากล่าว . " ตอนนี้เราเห็นแนวโน้ม นี่เป็นค่ามีจุดข้อมูลหลายและมากมายของจีโนมลำดับดีเอ็นเอ นี่คือประเด็นของเชื้อราที่ทำในระดับ "

ดัน อีสต์วูด , นักวิจัยที่มหาวิทยาลัย Swansea เป็นเชื้อราที่ไม่ได้มีส่วนร่วมในการศึกษาชี้ให้เห็นว่าเชื้อราไม่ต้องปฏิบัติตามกฎที่แสดงการสลายตัวแบบ” เรื่องเวลามาก และมีหลักฐานอะไร หลายคนในเขตสงสัยว่ามีบางอย่างที่ง่ายและบอกลักษณะของการย่อยสลายไม้ ไม่จําเป็นต้องสะท้อนความหลากหลายในการกลยุทธ์แสดงโดยเชื้อรา , " เขากล่าวว่า" นี่เป็นกรณีโดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อพูดถึงสีน้ำตาลไม้เปื่อยผุกลไกที่เกี่ยวข้องมีการพัฒนาสายพันธุ์ลิ่วแผ่วคล้ายสลายกลไก ต้นฉบับนี้จะใช้ข้อมูลลำดับจีโนมทั้งหมดของอาร์กิวเมนต์สำหรับ advancing ความเข้าใจของเราของการย่อยสลายไม้ห่างจากแบบขาวกับขั้ว "

เน่าสีน้ำตาล" นี่เป็นครั้งแรกที่เราได้เห็นรูปแบบของเน่าสีขาว โดยเอนไซม์นี้โดยเฉพาะ " grigoriev เพิ่ม " บอกเราได้ว่า เชื้อราเหล่านี้ย่อยสลายลิกนินด้วยวิธีอื่น ๆที่บอกเราไม่ได้เป็นเครื่องหมายเฉพาะฝักขาวเน่า ตอนนี้มันชัดเจนแล้วว่าไม่ใช่ผู้เล่นเท่านั้น เราต้องขยายการค้นหาของเราสำหรับเอนไซม์ที่ใช้งานพลังงาน .มันเป็นสิ่งสำคัญที่จะระบุทั้งช่วงของเอนไซม์ที่มาจากธรรมชาติที่สามารถนำมาใช้เพื่อพัฒนาเชื้อเพลิงชีวภาพรุ่นที่สองในแง่ของการแบ่งน้ำและส่วนประกอบอื่น ๆในผนังของเซลล์พืช "

วู้ด กล่าวเพิ่มเติมว่า งานช่วยให้นักวิจัยที่จะเริ่มต้นที่จะเข้าใจกลยุทธ์ในการซับซ้อนที่อยู่อาศัย” ไม้พื้นผิวที่ซับซ้อนในสภาพแวดล้อมที่ซับซ้อน , " เขากล่าวว่า" วิวัฒนาการของกลไกการสลายตัวจะซับซ้อน และความหลากหลายในยีน ชมเชย จะสะท้อนให้เห็นถึงธรรมชาติของ polyphyletic เผินๆคล้ายสลายกลยุทธ์ ความท้าทายในอนาคตดีกว่ากำหนดเคมีสิ่งแวดล้อมในระหว่างการย่อยสลายไม้ในร่วมกับกิจกรรมของเอนไซม์ที่แตกต่างกันชนิดที่เหมาะสม สะท้อนให้เห็นถึงระบบนิเวศน์ที่เฉพาะเจาะจงของพวกเขา