GenomeScan is a program for identif

GenomeScan is a program for identifying the exon-intron
structures of genes in genomic DNA sequences from a variety of
organisms, with a focus on human and other vertebrates. The algorithm
combines two principal sources of information: 1) models of
exon-intron and splice signal composition; and 2) sequence similarity
information such as BLASTX hits. The input to the program consists of
a genomic sequence previously masked with RepeatMasker, a parameter
file for the appropriate organism and a 'Genoa file' containing a
summary of available sequence similarity information. The program
determines the most likely "parse" (gene structure) conditional on the
given similarity information under a probabilistic model of the gene
structural and compositional properties of genomic DNA for the given
organism. The locations of all predicted exons and genes are printed
to an output file (the text output) together with the corresponding
predicted CDS (coding DNA) and peptide sequences and a summary of the
similarity information used in the predictions. A graphical
(PostScript) output is also created displaying the location of each
predicted exon and of each BLASTX hit. Like Genscan, the model treats
the general case in which the sequence may contain no genes, one gene,
or multiple genes on either or both DNA strands, and partial genes as
well as complete genes are considered. The most important
restrictions are that only protein coding genes are considered (and
not tRNA or rRNA genes, for example), that transcription units are
assumed to be non-overlapping, and that all predicted genes must have
at least modest similarity to a known protein.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

GenomeScan เป็นโปรแกรมสำหรับการระบุ exon intronโครงสร้างของยีนใน genomic DNA ลำดับจากชีวิต ความมนุษย์และ vertebrates อื่น ๆ อัลกอริทึมการรวมแหล่งสำคัญ 2 แหล่งข้อมูล: 1) แบบประกอบสัญญาณ exon intron และประกบ และ 2) ลำดับความคล้ายคลึงกันข้อมูลเช่น BLASTX ชม ป้อนข้อมูลสำหรับโปรแกรมประกอบด้วยก่อนหน้านี้ มีการหลอกลวง ด้วย RepeatMasker พารามิเตอร์ลำดับ genomicแฟ้มสำหรับการมีชีวิตที่เหมาะสมและ 'Genoa แฟ้ม' ที่ประกอบด้วยการสรุปข้อมูลลำดับมีความคล้ายคลึงกัน โปรแกรมกำหนดมากที่สุดอาจ "แยก" (โครงสร้างยีน) เงื่อนไขในการข้อมูลคล้ายกำหนดภายใต้แบบจำลอง probabilistic ของยีนคุณสมบัติโครงสร้าง และ compositional ของ genomic DNA สำหรับการกำหนดสิ่งมีชีวิต พิมพ์ตำแหน่งของยีนและ exons คาดการณ์ทั้งหมดไปยังแฟ้มผลลัพธ์ (ผลผลิตข้อความ) พร้อมให้สอดคล้องกับคาดว่า ซีดี (รหัสดีเอ็นเอ) และเพปไทด์ลำดับ และสรุปการคล้ายข้อมูลที่ใช้ในการคาดคะเน เป็นกราฟิกนอกจากนี้ยังสร้างเอาท์พุท (postScript) แสดงที่ตั้งของแต่ละทำนาย exon และของแต่ละ BLASTX ตี เช่น Genscan แบบปฏิบัติกรณีทั่วไปที่ลำดับที่อาจประกอบด้วยไม่มียีน ยีนหนึ่งหรือหลายในยีน หรือ DNA strands และยีนบางส่วนเป็นเป็นยีนที่สมบูรณ์จะถือว่าดี สำคัญสุดข้อจำกัดมีโปรตีนเท่านั้นที่ถือรหัสยีน (และไม่ tRNA หรือ rRNA ยีน ตัวอย่าง), หน่วย transcriptionสมมติจะ ไม่ทับซ้อน และยีนคาดการณ์ทั้งหมดต้องมีคล้ายน้อยเจียมเนื้อเจียมตัวกับโปรตีนชื่อดัง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

GenomeScan เป็นโปรแกรมสำหรับการระบุเอกซ์ซอน-intron
โครงสร้างของยีนในลำดับดีเอ็นเอจากความหลากหลายของสิ่งมีชีวิตที่มีความสำคัญในกระดูกสันหลังของมนุษย์และอื่น ๆ
อัลกอริทึมรวมสองแหล่งที่มาหลักของข้อมูล: 1) รูปแบบของเอกซ์ซอน-intron และองค์ประกอบสัญญาณประกบกัน; และ 2) ความคล้ายคลึงกันลำดับข้อมูลเช่นBLASTX ฮิต การป้อนข้อมูลไปยังโปรแกรมประกอบด้วยลำดับจีโนมสวมหน้ากากก่อนหน้านี้กับ RepeatMasker พารามิเตอร์ไฟล์สำหรับสิ่งมีชีวิตที่เหมาะสมและ'ไฟล์เจนัว' ที่มีบทสรุปของข้อมูลที่มีอยู่ลำดับความคล้ายคลึงกัน โปรแกรมที่กำหนดได้มากที่สุด "แจง" (โครงสร้างยีน) เงื่อนไขในข้อมูลที่ได้รับความคล้ายคลึงกันภายใต้รูปแบบความน่าจะเป็นของยีนคุณสมบัติโครงสร้างและองค์ประกอบของดีเอ็นเอที่ได้รับสำหรับสิ่งมีชีวิต สถานที่ทั้งหมดคาดการณ์ exons และยีนที่จะพิมพ์ไปยังไฟล์ที่ส่งออก(output ข้อความ) ร่วมกับที่สอดคล้องCDS คาดการณ์ (DNA coding) และลำดับเปปไทด์และสรุปเป็นข้อมูลที่คล้ายคลึงกันนำมาใช้ในการคาดการณ์ กราฟิก(PostScript) การส่งออกจะถูกสร้างขึ้นนอกจากนี้ยังมีการแสดงที่ตั้งของแต่ละคนที่คาดการณ์และเอกซ์ซอนของแต่ละตีBLASTX เช่นเดียวกับ Genscan รูปแบบการปฏิบัติต่อกรณีทั่วไปที่อาจมีลำดับยีนไม่มีหนึ่งยีนหรือยีนหลายหนึ่งหรือทั้งสองเส้นดีเอ็นเอและยีนบางส่วนเป็นเดียวกับยีนที่สมบูรณ์ได้รับการพิจารณา ที่สำคัญที่สุดข้อ จำกัด ที่ยีนเข้ารหัสโปรตีนเพียงได้รับการพิจารณา (และไม่tRNA หรือยีน rRNA ตัวอย่างเช่น) ที่หน่วยถอดความได้รับการสันนิษฐานว่าจะเป็นที่ไม่ทับซ้อนกันและที่ยีนที่คาดการณ์ไว้ทุกคนต้องมีความคล้ายคลึงกันที่เจียมเนื้อเจียมตัวน้อยกับโปรตีนที่รู้จักกัน.

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

genomescan เป็นโปรแกรมสำหรับการระบุชนิดโครงสร้างของยีนในจีโนม iNtRON

ลำดับ DNA จากความหลากหลายของสิ่งมีชีวิต โดยมุ่งเน้นในมนุษย์และสัตว์อื่น ๆ ขั้นตอนวิธี
รวมสองแหล่งหลักของข้อมูล : 1 ) รูปแบบของชนิดและองค์ประกอบ
iNtRON สัญญาณประกบกัน และ 2 ) ลำดับความเหมือน
ข้อมูลเช่น blastx ฮิต การป้อนข้อมูลไปยังโปรแกรมประกอบด้วย
ลำดับจีโนมก่อนหน้านี้สวมหน้ากากกับ repeatmasker , พารามิเตอร์
ไฟล์สำหรับสิ่งมีชีวิตที่เหมาะสมและไฟล์ ' เจนัว ' ที่มีความเหมือนลำดับ
สรุปข้อมูลที่มีอยู่ โปรแกรม
กําหนดมากที่สุด " แยก " ( โครงสร้างของยีน ) เงื่อนไข
ให้ข้อมูลความเหมือนภายใต้รูปแบบความน่าจะเป็นของยีน
โครงสร้างและส่วนประกอบ คุณสมบัติของ genomic DNA เพื่อให้
สิ่งมีชีวิต . ตำแหน่งของโคยีนทำนายและพิมพ์
ให้ output ไฟล์ ( ข้อความออก ) พร้อมกับสอดคล้อง
ทำนายซีดี ( รหัสดีเอ็นเอและลำดับเปปไทด์และบทสรุปของ
ความเหมือนข้อมูลใช้ในการคาดการณ์ .
กราฟิก( ป.ล. ) ผลผลิตยังสร้าง แสดงที่ตั้งของแต่ละชนิดของแต่ละ blastx
ทำนายและตี ชอบ genscan , รูปแบบถือว่า
กรณีทั่วไปซึ่งในลำดับอาจไม่มียีน , ยีน , ยีนบน
หรือหลายอย่างใดอย่างหนึ่งหรือทั้งสองเส้นดีเอ็นเอและยีนดียีนบางส่วนเป็น
สมบูรณ์จะถือว่า ที่สำคัญที่สุด
ข้อ จำกัด ที่ถือว่าเป็นโปรตีนเพียงการเข้ารหัสยีน (
ไม่ใช่การเมารถหรือ rRNA ยีน , ตัวอย่างเช่น ) , หน่วยงานที่ transcription จะ
ถือว่ามีไม่ทับซ้อนกัน และการที่คาดการณ์ยีนต้อง
อย่างน้อยเจียมเนื้อเจียมตัวรู้จักความเหมือนกับโปรตีน