- ด้านความปลอดภัย อาจจะมีผลกระทบต่อสุขภาพของมนุษย์ เช่น ผลกระทบต่อระบบสืบพันธ์ การต้านยาปฏิชีวนะของมนุษย์ แก่เร็ว การหยุดชะงักของต่อมไร้ท่อ (endocrine disruption) - ด้านสิ่งแวดล้อม การตัดต่อดัดแปลงพันธุกรรมของพืชและสัตว์ที่ไม่มีในธรรมชาติอาจมีผลกระทบต่อพันธุ์พืชและสัตว์ในต่อจุลินทรีย์ต่าง ๆ
- การทำให้พืชหรือสัตว์มีความต้านทานแบคทีเรีย อาจจะมีผลทำให้แบคทีเรียเข้มแข็งขึ้น กำจัดยากมากขึ้น
- ทำให้เกิดการผูกขาดด้านการผลิตอาหาร โดยบริษัทไม่กี่บริษัท