To determine the phylogenetic posit

To determine the phylogenetic position of strains 64T and
122, the partial sequences of the 16S rRNA, 23S rRNA and
heat-shock protein 60 (hsp60) genes were determined as
described previously (Debruyne et al., 2010; Houf et al.,
2009; Vandamme et al., 2006). Sequences were assembled
using BioNumerics version 4.61 (Applied Maths) and
aligned using the CLUSTAL_X software package (Thompson
et al., 1997). Clustering was performed using the
neighbour-joining (Saitou & Nei, 1987), maximumlikelihood
and maximum-parsimony methods using the
BioNumerics version 4.61 software package. Unknown
bases were discarded from the analysis and bootstrap values
were determined using 500 replicates. Although the general
topology of the reconstructed trees was not always
identical, the different branching algorithms consistently
revealed the same closely related species. Based on the 16S
rRNA gene sequences, searches using FASTA revealed that
the closest phylogenetic neighbours to strains 64T and 122
were the type strains of A. cryaerophilus (98.2 %), A.
thereius (98.1 %), A. cibarius (97.8 %) and A. skirrowii
(97.4 %) (Supplementary Fig. S2). Analysis of 23S rRNA
gene sequences revealed that the nearest phylogenetic
neighbour was A. thereius (98.2 %) (Fig. 1). Analysis of the
hsp60 gene sequences were performed as described
previously (Debruyne et al., 2010; Hill et al., 2006) and
FASTA searches revealed that the nearest phylogenetic
neighbours were the type strains of A. thereius (92.4 %),
A. skirrowii (91.3 %) and A. cryaerophilus (91.0 %)
(Supplementary Fig. S3). These results suggest that hsp60
gene sequence analysis gives higher resolution compared
with using rRNA gene sequences.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เพื่อตรวจสอบตำแหน่งของสายวิวัฒนาการของสายพันธุ์และ 64T
122, ลำดับบางส่วนของ rrna 16s, 23s rRNA และโปรตีน
ความร้อนช็อก 60 (hsp60) ยีนที่ได้รับการพิจารณาเป็น
อธิบายไว้ก่อนหน้า (debruyne et al, 2010;. houf ตอัล .
2009. Vandamme, et al, 2006) ลำดับถูกประกอบโดยใช้
bionumerics รุ่น 4.61 (คณิตศาสตร์ประยุกต์) และ
ชิดโดยใช้แพคเกจซอฟต์แวร์ clustal_x (thompson
et al,.1997) การจัดกลุ่มได้รับการดำเนินการโดยใช้
เพื่อนบ้านเข้า (Sai​​tou & Nei, 1987) maximumlikelihood,
และวิธีการประหยัดสูงสุดใช้รุ่น
bionumerics แพคเกจซอฟต์แวร์ 4.61 ทราบ
ฐานถูกโยนทิ้งจากการวิเคราะห์และค่าบูต
ได้รับการพิจารณาโดยใช้ 500 ซ้ำ แม้ว่าทั่วไป
โครงสร้างของต้นไม้ที่สร้างขึ้นใหม่ไม่ได้เสมอ
เหมือนกันขั้นตอนวิธีการที่แตกต่างกันแยกอย่างต่อเนื่อง
พบสายพันธุ์เดียวกันที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด ตามลำดับ 16s
rrna ยีนค้นหาโดยใช้ Fasta เปิดเผยว่า
เพื่อนบ้านสายวิวัฒนาการที่ใกล้เคียงกับสายพันธุ์และ 122 64T
เป็นสายพันธุ์ชนิดของ cryaerophilus (98.2%).
thereius (98.1%) cibarius (97.8%) และ skirrowii
(97.4%) (มะเดื่อเสริม s2.) การวิเคราะห์ rrna 23s
ลำดับยีนเผยให้เห็นว่าสายวิวัฒนาการ
เพื่อนบ้านที่ใกล้ที่สุดคือ thereius (98.2%) (รูปที่ 1) การวิเคราะห์ลำดับ
hsp60 ยีนได้ดำเนินการตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้
(debruyne et al, 2010;.. เนินเขาและคณะ, 2006) การค้นหาและ
Fasta เปิดเผยว่าที่ใกล้ที่สุดสายวิวัฒนาการ
เพื่อนบ้านเป็นสายพันธุ์ชนิดของ thereius (92.4%),
skirrowii (91.3%) และ cryaerophilus (91.0%)
(มะเดื่อเสริม s3.) ผลลัพธ์เหล่านี้ชี้ให้เห็นว่าการวิเคราะห์ลำดับ hsp60
ยีนให้ความละเอียดสูงขึ้นเมื่อเทียบกับการใช้
ลำดับยีน rrna

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การกำหนดตำแหน่งของสายพันธุ์ phylogenetic 64T และ
122 ลำดับบางส่วนของ 16S rRNA, 23S rRNA และ
ช็อกความร้อนโปรตีน 60 (hsp60) ยีนที่กำหนด
อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ (Debruyne et al., 2010 Houf et al.,
2009 Vandamme และ al., 2006) ลำดับถูกประกอบ
ใช้ BioNumerics เวอร์ชัน 4.61 (ใช้คณิตศาสตร์) และ
จัดใช้ชุดซอฟต์แวร์ CLUSTAL_X (ทอมป์สัน
et al., 1997) การทำ Clustering โดยใช้
เพื่อนบ้านเข้าร่วม (Saitou & Nei, 1987), maximumlikelihood
และใช้วิธีสูงสุด parsimony
ชุดซอฟต์แวร์เวอร์ชัน 4.61 BioNumerics ไม่รู้จัก
ฐานถูกละทิ้งจากค่าวิเคราะห์และ bootstrap
ถูกกำหนดใช้ 500 replicates แม้ว่าโดยทั่วไป
โทโพโลยีของต้นไม้สร้างขึ้นใหม่ไม่เสมอ
เหมือนกัน อัลกอริทึมแบบต่าง ๆ โยงหัวข้ออย่างสม่ำเสมอ
เปิดเผยชนิดเดียวกันที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด ตาม 16S จะ
ลำดับยีน rRNA ค้นหาโดยใช้ FASTA เปิดเผยที่
เพื่อน phylogenetic ใกล้เคียงที่สุดกับ strains 64T และ 122
ถูกสายพันธุ์ชนิดของ A. cryaerophilus (98.2%), A.
thereius (98.1%), A. cibarius (97.8%) และอ. skirrowii
(97.4 %) (เสริมฟิก S2) วิเคราะห์ 23S rRNA
เปิดเผยลำดับยีนที่ใกล้สุด phylogenetic
A. thereius (98.2%) ถูกเพื่อนบ้าน (Fig. 1) วิเคราะห์การ
ดำเนินลำดับยีน hsp60 ดังที่
ก่อนหน้านี้ (Debruyne et al., 2010 เขาและ al., 2006) และ
FASTA ค้นหาเปิดเผยที่ใกล้สุด phylogenetic
เพื่อนถูกสายพันธุ์ชนิดของ A. thereius (92.4%),
A. skirrowii (91.3%) และ A. cryaerophilus (91.0%)
(เสริมฟิก S3) ผลลัพธ์เหล่านี้แนะนำว่า hsp60
วิเคราะห์ลำดับยีนให้ความละเอียดสูงเทียบ
ใช้ลำดับยีน rRNA

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ในการกำหนดตำแหน่งของพันธุ์ phylogenetic 64 T และ
122 ,ที่บางส่วนของลำดับที่ 16 S rrna , 23 S rrna
ความร้อนและมีการกระแทกโปรตีน 60 ( HSP 60 )ยีนมีกำหนดให้เป็น
อธิบายไว้ก่อนหน้านี้( debruyne et al ., 2010 ; houf et al .,
2009 ; vandamme et al ., 2006 ) ซีเควนซ์ได้ถูกนำมารวมกัน
bionumerics โดยใช้เวอร์ชัน: 4.61 (ใช้วิชาคณิตศาสตร์)และ
ในแนวเดียวกันโดยใช้แพ็คเกจซอฟต์แวร์ clustal_x (ธอมป์สัน
et al .1997 ) ระบบคลัสเตอร์ได้ดำเนินการโดยใช้
เพื่อนบ้าน - การเข้าร่วม( saitou & Chao Nei Dai Jie 1987 ) maximumlikelihood
และวิธีการสูงสุด - ตระหนี่ถี่ถ้วนโดยใช้แพ็คเกจ
bionumerics เวอร์ชัน: 4.61 ซอฟต์แวร์ที่ ฐานที่ไม่รู้จัก
ถูกลบออกจากค่า Bootstrap Processor และการวิเคราะห์
ซึ่งจะช่วยเป็นการใช้ 500 หาดจอมเทียน แม้ว่าโดยทั่วไป
โทโพโลยีของต้นไม้ที่ก่อสร้างขึ้นใหม่เมื่อพ.ศ.ก็ไม่
เหมือนกันอัลกอริธึมให้เห็นโครงข่ายที่แตกต่างกันไปอย่างต่อเนื่อง
เผยให้เห็นสายพันธุ์ต่างๆที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดเหมือนกับที่ ที่ใช้ 16 S
rrna ยีนของลำดับ,การค้นหาโดยใช้รับรองจาก Fasta เปิดเผยว่า
ที่อยู่ใกล้ phylogenetic เพื่อนบ้านให้พันธุ์ 64 T และ 122
อยู่ให้พิมพ์พันธุ์ของ A cryaerophilus ( 98.2% ), A .
thereius ( 98.1% ), A . cibarius ( 97.8% )และ A skirrowii
( 97.4% )(เสริมรูป S 2 ) การวิเคราะห์ของ 23 S rrna
ตามมาตรฐานซีเควนซ์ของยีนเปิดเผยว่าที่อยู่ใกล้ที่สุด phylogenetic
เพื่อนบ้านที่เป็น thereius . A .( 98.2% )(รูปที่ 1 ) การวิเคราะห์ของ
HSP 60 ลำดับของยีนนั้นดำเนินการตามที่ได้อธิบายไว้
ก่อนหน้านี้( debruyne et al ., 2010 ;เนินเขา et al ., 2006 )และรับรองจาก Fasta
ซึ่งจะช่วยการค้นหาเปิดเผยว่าที่อยู่ใกล้ที่สุด phylogenetic
เพื่อนบ้านเป็น ประเภท พันธุ์ของ A . thereius ( 92.4% ),
A skirrowii ( 91.3% )และ A cryaerophilus ( 91.0% )
(รูปเพิ่มเติม. S 3 ) ผลการทดสอบนี้ชี้ให้เห็นว่าการวิเคราะห์ลำดับ HSP 60
ยีนให้ความละเอียดสูงขึ้นเมื่อเทียบกับ
การใช้ยีนลำดับ rrna