The formation of a stem-loop struct

The formation of a stem-loop structure is dependent on the stability of the resulting helix and loop regions. The first prerequisite is the presence of a sequence that can fold back on itself to form a paired double helix. The stability of this helix is determined by its length, the number of mismatches or bulges it contains (a small number are tolerable, especially in a long helix) and the base composition of the paired region. Pairings between guanine and cytosine have three hydrogen bonds and are more stable compared to adenine-uracil pairings, which have only two. In RNA, adenine-uracil pairings featuring one hydrogen bonds are equal to the adenine-thymine bond of the DNA. Base stacking interactions, which align the pi orbitals of the bases' aromatic rings in a favorable orientation, also promote helix formation.

The stability of the loop also influences the formation of the stem-loop structure. "Loops" that are less than three bases long are sterically impossible and do not form. Large loops with no secondary structure of their own (such as pseudoknot pairing) are also unstable. Optimal loop length tends to be about 4-8 bases long. One common loop with the sequence UNCG is known as the "tetraloop" and is particularly stable due to the base-stacking interactions of its component nucleotides.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การก่อตัวของโครงสร้างวนรอบลำต้นจะขึ้นอยู่กับเสถียรภาพของผลเกลียวและวนรอบภูมิภาค ข้อกำหนดเบื้องต้นแรกคือ การปรากฏตัวของลำดับที่สามารถพับกลับเองแบบเกลียวคู่จับคู่ ความมั่นคงของเกลียวนี้จะเป็นไปตามความยาว จำนวนไม่ตรงกันหรือประกอบด้วย bulges (ตัวเลขขนาดเล็กเป็นที่ยอมรับ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในเกลียวความยาว) และองค์ประกอบพื้นฐานของภูมิภาคจับคู่ รณุระหว่างนีนและอดีมีสามพันธะ และมีเสถียรภาพมากขึ้นเมื่อเทียบกับรณุคือ uracil ซึ่งมีเพียงสอง ในอาร์เอ็นเอ คือ uracil รณุแห่งหนึ่งพันธะเท่ากันเพื่อไทมีนคือดีเอ็นเอ ฐานซ้อนการโต้ตอบ ลเสนอ orbitals pi ของแหวนหอมฐานในทิศทางที่ดี ยังส่งเสริมการก่อตัวของเกลียวความมั่นคงของวงยังมีอิทธิพลต่อการก่อตัวของโครงสร้างวนรอบลำต้น "ลูป" ที่มีน้อยกว่าสามฐานยาวเป็น sterically ไปไม่ได้ และไม่ได้แบบ วนใหญ่ไม่มีโครงสร้างรองของตนเอง (เช่นการจับคู่ pseudoknot) ยังมีความเสถียร ความยาวสุดห่วงมีแนวโน้มเป็นประมาณ 4-8 ฐานยาว หนึ่งร่วมวง ด้วยลำดับ UNCG เรียกว่า "tetraloop" และมีเสถียรภาพโดยเฉพาะอย่างยิ่งเนื่องจากการโต้ตอบฐานซ้อนของนิวคลีโอไทด์เป็นส่วนประกอบ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การก่อตัวของโครงสร้างต้นกำเนิดวงจะขึ้นอยู่กับความมั่นคงของที่เกิดเกลียวและห่วงภูมิภาค ครั้งแรกจำเป็นคือการปรากฏตัวของลำดับที่สามารถพับกลับในตัวเองในรูปแบบเกลียวคู่จับคู่ ความมั่นคงของเกลียวนี้จะถูกกำหนดโดยความยาวของจำนวนที่ไม่ตรงกันหรือนูนมี (ขนาดเล็กจำนวนมากเป็นที่ยอมรับโดยเฉพาะอย่างยิ่งในส่วนที่เป็นเกลียวยาว) และองค์ประกอบฐานของภูมิภาคที่จับคู่ การจับคู่ระหว่าง guanine และ cytosine มีสามพันธะไฮโดรเจนและมีเสถียรภาพมากขึ้นเมื่อเทียบกับการจับคู่ adenine-uracil ซึ่งมีเพียงสอง ในอาร์เอ็นเอจับคู่ adenine-uracil เนื้อเรื่องหนึ่งพันธะไฮโดรเจนเท่ากับพันธบัตร adenine-มีนของดีเอ็นเอ ฐานซ้อนปฏิสัมพันธ์ซึ่งจัด orbitals Pi ในฐาน 'หอมในแนวที่ดีนอกจากนี้ยังส่งเสริมการสะสมเกลียว.

ความมั่นคงของวงยังมีผลต่อการก่อตัวของโครงสร้างลำต้นห่วง "ลูป" ที่น้อยกว่าสามฐานยาวเป็นไปไม่ได้ sterically และไม่ได้แบบ ลูปขนาดใหญ่ที่ไม่มีโครงสร้างทุติยภูมิของตนเอง (เช่นการจับคู่ pseudoknot) นอกจากนี้ยังมีความไม่แน่นอน ความยาวห่วงที่ดีที่สุดมีแนวโน้มที่จะอยู่ที่ประมาณ 4-8 ฐานยาว หนึ่งในวงร่วมกันกับลำดับ UNCG เป็นที่รู้จักกันในฐานะ "tetraloop" และมีเสถียรภาพโดยเฉพาะอย่างยิ่งเนื่องจากการปฏิสัมพันธ์ฐานซ้อนของนิวคลีโอส่วนประกอบของ