Shiga toxin-producing Escherichia c

Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) are recognized as food-borne pathogens. We developed and validated
two SYBR green PCR (SYBR-PCR) and a real-time multiplex PCR (RT-PCR) to detect stx1 and stx2 genes in
meat samples, and compared these techniques in ground beef samples from retail stores. One set of primers
and one hydrolysis probe were designed for each stx gene. For RT-PCR, an internal amplification control (IAC)
was used. All PCR intra-laboratory validations were performed using pure strains and artificially contaminated
ground beef samples. A total of 50 STEC and 30 non-STEC strains were used. Naturally contaminated ground
beef samples (n = 103) were obtained from retail stores and screened with SYBR-PCR and RT-PCR, and stxpositive
samples were processed for STEC isolation. In the intra-laboratory validation, each PCR obtained a
1 × 102 CFU mL−1 limit of detection and 100% inclusivity and exclusivity. The same results were obtained
when different laboratory analysts in alternate days performed the assay. The level of agreement obtained
with SYBR-PCR and RT-PCR was kappa=0.758 and 0.801 (P b 0.001) for stx1 and stx2 gene detection, respectively.
Two PCR strategies were developed and validated, and excellent performance with artificially contaminated
ground beef samples was obtained. However, the efforts made to isolate STEC from retail store samples were
not enough. Only 11 STEC strains were isolated from 35 stx-positive ground beef samples identically detected
by all PCRs. The combination of molecular approaches based on the identification of a virulence genotypic profile
of STEC must be considered to improve isolation.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) are recognized as food-borne pathogens. We developed and validatedtwo SYBR green PCR (SYBR-PCR) and a real-time multiplex PCR (RT-PCR) to detect stx1 and stx2 genes inmeat samples, and compared these techniques in ground beef samples from retail stores. One set of primersand one hydrolysis probe were designed for each stx gene. For RT-PCR, an internal amplification control (IAC)was used. All PCR intra-laboratory validations were performed using pure strains and artificially contaminatedground beef samples. A total of 50 STEC and 30 non-STEC strains were used. Naturally contaminated groundbeef samples (n = 103) were obtained from retail stores and screened with SYBR-PCR and RT-PCR, and stxpositivesamples were processed for STEC isolation. In the intra-laboratory validation, each PCR obtained a1 × 102 CFU mL−1 limit of detection and 100% inclusivity and exclusivity. The same results were obtainedwhen different laboratory analysts in alternate days performed the assay. The level of agreement obtainedwith SYBR-PCR and RT-PCR was kappa=0.758 and 0.801 (P b 0.001) for stx1 and stx2 gene detection, respectively.Two PCR strategies were developed and validated, and excellent performance with artificially contaminatedground beef samples was obtained. However, the efforts made to isolate STEC from retail store samples werenot enough. Only 11 STEC strains were isolated from 35 stx-positive ground beef samples identically detectedโดย PCRs ทั้งหมด การรวมกันของโมเลกุลวิธีตามรหัสของโพรไฟล์จีโนไทป์ virulenceต้องสามารถถือของ STEC ปรับปรุงแยก

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

สารพิษชิกา การผลิตเชื้อ Escherichia coli ( STEC ) ได้รับการยอมรับว่าเป็นจุลินทรีย์ก่อโรคในอาหาร . เราพัฒนาและตรวจสอบ
2 ) ( sybr-pcr SYBR กรีนแบบเรียลไทม์พีซีอาร์ ( multiplex ) และ 4 ) เพื่อตรวจสอบและ stx1 stx2 ยีน
ตัวอย่างเนื้อ และเมื่อเทียบกับเทคนิคเหล่านี้ในเนื้อดินตัวอย่างจากร้านค้าปลีก หนึ่งชุดของไพรเมอร์และการสอบสวน
ถูกออกแบบมาสำหรับแต่ละแบบของยีน สำหรับเซลล์เพาะการควบคุมภายใน ( IAC )
( ใช้ ทั้งหมดภายในห้องปฏิบัติการการใช้ PCR validations สายพันธุ์แท้และเทียมปนเปื้อน
ตัวอย่างเนื้อดิน ทั้งหมดของ STEC STEC สายพันธุ์ 50 และ 30 ไม่ใช้ ธรรมชาติปนเปื้อนตัวอย่างเนื้อดิน
( n = 103 ) ที่ได้รับจากร้านค้าปลีกและการคัดกรองด้วยและ sybr-pcr RT-PCR และ stxpositive
ตัวอย่างการประมวลผลสำหรับการแยก STEC . ในการตรวจสอบภายในปฏิบัติการ แต่ละวิธีที่ได้รับ
1 × 102 CFU ml − 1 ขีด จำกัด ของการตรวจสอบและ inclusivity 100% และการผูกขาด ผลลัพธ์ที่ได้
เมื่อนักวิเคราะห์ห้องปฏิบัติการต่าง ๆ ในวันอื่น โดยการทดสอบ ระดับของข้อตกลงที่ได้
sybr-pcr RT-PCR เป็นและกับกัปปะ = 0.758 0.801 ( P และ B 0001 ) และการตรวจหายีน stx1 stx2 ตามลำดับ .
2 ) พัฒนาและตรวจสอบพฤติกรรมและประสิทธิภาพที่ดีเยี่ยมกับเทียมปนเปื้อน
ตัวอย่างเนื้อดินได้ . อย่างไรก็ตาม ความพยายามที่จะแยก STEC จากตัวอย่างร้านค้าปลีกถูก
ไม่เพียงพอ เพียง 11 STEC สายพันธุ์ที่แยกได้จาก 35 STX บวกเนื้อดินตัวอย่างที่ตรวจพบทั้งหมด pcrs เหมือนกัน
.การรวมกันของโมเลกุลวิธีขึ้นอยู่กับรหัสของโรคทางพันธุกรรมโปรไฟล์
ของ STEC ต้องพิจารณาเพื่อปรับปรุงการแยก .