The criterion for distinguishing OT

The criterion for distinguishing OTUs must be determined
prior to analysis. In the case of the 16S rRNA gene,
sequences with >97% identity are typically assigned to the
same species, though this criterion is controversial. On the
other hand, the cut-off value, adjusted for some ubiquitous
single copy protein-coding marker genes (such as AtpD,
CyrB, Hsp70, RecA, RpoB and TufA), was defined as 94%
identical at the nucleotide level, and was roughly comparable
to the 97% cut-off commonly used for rRNA (34). Furthermore,
Lovell et al. (19) adopted 94% identity in nucleotide
sequence to distinguish OTUs based on nifH gene sequences,
and distinguished 29 OTUs (disregarding OTUs with only
one read) from 256 nifH reads. The validity of this cut-off
value for nifH sequences from the M. malabathricum root
system in the present study was verified by comparing the
number of reads and the number of OTUs from 85 to 100%
of the cut-off value (Fig. 1). For analyzing diversity, 300
reads were sequenced and assembled into only one OTU at a
cut-off value of up to 86%, and 232 reads were assembled
into 29 OTUs at a cut-off value of 94%. When the cut-off
value was increased further (up to 98%), the number of reads
decreased and the number of assembled OTUs increased. We
defined an OTU as including >2 reads, therefore the 68 reads
that were not clustered with other reads at the 94% cut-off
value were excluded from the construction of the data
matrix, and not used in the subsequent analysis of diversity.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ต้องกำหนดเกณฑ์สำหรับการแยกแยะ OTUsก่อนที่จะวิเคราะห์ ในกรณี 16S rRNA ยีนลำดับกับ > 97% ตัวโดยทั่วไปกำหนดให้กับการพันธุ์เดียวกัน แต่เกณฑ์นี้แย้ง ในการมืออื่น ๆ ค่าตัด ปรับปรุงบางอย่างง่ายดายสำเนาเดียวรหัสโปรตีนเครื่องหมายยีน (เช่น AtpDCyrB, Hsp70, RecA, RpoB และ TufA), ถูกกำหนดเป็น 94%เหมือนกันที่ระดับนิวคลีโอไทด์ และได้เปรียบกว่าการตัดบัญชี 97% ใช้กับ rRNA (34) นอกจากนี้โลเวลลอด์จ et al. (19) นำตัว 94% ในนิวคลีโอไทด์ลำดับแยกแยะ OTUs ตามลำดับยีน nifHและแตกต่าง OTUs 29 (น่าเคารพ OTUs ด้วยเท่านั้นอ่านหนึ่ง) จาก 256 nifH อ่าน มีผลบังคับใช้ของตัดนี้ค่าลำดับ nifH จากราก malabathricum ม.ระบบการศึกษาปัจจุบันถูกตรวจสอบ โดยการเปรียบเทียบการจำนวนผู้อ่านและจำนวน OTUs จาก 85 กับ 100%ค่าตัด (Fig. 1) สำหรับการวิเคราะห์ความหลากหลาย 300อ่านเรียงลำดับ และประกอบเป็น OTU เดียวเท่านั้นที่เป็นประกอบค่าตัดถึง 86% และอ่าน 232เป็น OTUs 29 ที่ตัดค่า 94% เมื่อตัดการมูลค่าเพิ่มขึ้นต่อไป (ถึง 98%) จำนวนผู้อ่านลดลง และเพิ่มจำนวน OTUs ประกอบ เรากำหนด OTU ที่เป็นรวม > อ่าน 2 ดังนั้นอ่าน 68ที่ไม่ได้จับกลุ่มกับผู้อ่านอื่น ๆ ที่ตัด 94%ค่าถูกแยกออกจากการก่อสร้างของข้อมูลmatrix, and not used in the subsequent analysis of diversity.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เกณฑ์ในการแยกความแตกต่าง Otus
ต้องพิจารณาก่อนที่จะมีการวิเคราะห์ ในกรณีของยีน 16S rRNA
ที่วนเวียนอยู่กับ> ตัวตน 97%
ที่ได้รับมอบหมายโดยทั่วไปกับสายพันธุ์เดียวกันแต่เกณฑ์นี้เป็นที่ถกเถียง บนมืออื่น ๆ , ค่าตัดปรับบางอย่างแพร่หลายสำเนาเดียวยีนเครื่องหมายโปรตีนการเข้ารหัส(เช่น AtpD, CyrB, Hsp70, Reca, RpoB และหินปูน) ถูกกำหนดให้เป็น 94% เหมือนกันในระดับเบื่อหน่ายและ เป็นประมาณเทียบเท่ากับการตัด97% ที่ใช้กันทั่วไปสำหรับ rRNA (34) นอกจากนี้โลเวลล์, et al (19) นำมาใช้บัตรประจำตัว 94% ในเบื่อหน่ายลำดับที่จะแยกแยะ Otus ขึ้นอยู่กับ nifH ลำดับยีนและโดดเด่นOtus 29 (ไม่คำนึงถึง Otus มีเพียงหนึ่งในการอ่าน) จาก 256 nifH อ่าน ความถูกต้องของการตัดค่าสำหรับลำดับ nifH จากรากเมตร malabathricum ในระบบการศึกษาปัจจุบันได้รับการตรวจสอบโดยการเปรียบเทียบจำนวนอ่านและจำนวน Otus 85-100% ของมูลค่าการตัด (รูปที่ 1. ) สำหรับการวิเคราะห์ความหลากหลาย 300 อ่านมีลำดับขั้นตอนและประกอบเป็น OTU เพียงคนเดียวที่ค่าตัดได้ถึง86% และ 232 อ่านถูกประกอบเข้า29 Otus มูลค่าที่ตัดออกจาก 94% เมื่อตัดค่าเพิ่มขึ้นต่อไป (ไม่เกิน 98%) จำนวนอ่านลดลงและจำนวนOtus ประกอบเพิ่มขึ้น เรากำหนด OTU รวมทั้ง> 2 อ่านดังนั้น 68 อ่านที่ไม่ได้ถูกจัดกลุ่มกับคนอื่นๆ อ่านที่ตัด 94% ค่าได้รับการยกเว้นจากการก่อสร้างของข้อมูลเมทริกซ์และไม่ใช้ในการวิเคราะห์ที่ตามมาของความหลากหลาย

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เกณฑ์ในการแยกในต้องมุ่งมั่น
ก่อนการวิเคราะห์ ในกรณีของ 16S rRNA ยีน
ลำดับด้วย > 97% ตัวตนมักจะมอบหมายให้
ชนิดเดียวกัน แต่เกณฑ์นี้จะขัดแย้ง บน
มืออื่น ๆ , ค่าตัดปรับบางอย่างแพร่หลาย
เดียวคัดลอกโปรตีน ( เช่นการเข้ารหัสยีนเครื่องหมาย atpd
cyrb ยีนเรก่า , , , , และ rpob หินปูน ) ถูกนิยามว่า 94 %
ที่เหมือนกันในระดับยีน และเป็นประมาณเทียบเท่า
ถึง 97% ตัดที่ใช้โดยทั่วไปสำหรับ rRNA ( 34 ) นอกจากนี้
โลเวลล์ et al . ( 19 ) ประกาศใช้ 94 ตัวตนในลำดับนิวคลีโอไทด์
แยกแยะใน nifh ยีนตามลําดับ
และโดดเด่นใน 29 ( ไม่ใส่ใจในเพียง
อ่าน ) จาก 256 nifh คนอ่าน ความถูกต้องของนี้ตัด
คุ้มค่า nifh ลำดับจากม.malabathricum ราก
ระบบในการศึกษาถูกตรวจสอบโดยการเปรียบเทียบ
จำนวนคนอ่าน และหมายเลขของในจาก 85 ถึง 100 %
ของค่าตัด ( รูปที่ 1 ) เพื่อวิเคราะห์ความหลากหลาย , 300
อ่านเป็นลำดับ และรวมตัวกันเป็นหนึ่งเดียว otu ที่
ตัดค่าถึงร้อยละ 86 และ 232 อ่านถูกประกอบ
เป็น 29 ในที่ตัดมูลค่า 94 ล้านบาท เมื่อตัด
มูลค่ามันเพิ่มขึ้นถึง 98% ) จำนวนคนอ่าน
ลดลงและจํานวนประกอบในเพิ่มขึ้น เรากำหนดเป็น otu เป็นรวมถึง
> 2 อ่านดังนั้น 68 อ่าน
ที่ไม่จับกลุ่มกับอื่น ๆอ่านที่ 94 ตัด
ค่าได้รับการยกเว้นจากการก่อสร้างของข้อมูล
เมทริกซ์ และไม่ได้ใช้ในการวิเคราะห์ที่ตามมาของความหลากหลาย