Although increasingly used for DNA

Although increasingly used for DNA quantification, little is known of the dynamics of the 5¢ exonuclease assay, particularly in relation to amplicon length and mismatches at oligonucleotide binding sites. In this study we used seven assays targeting the c-myc proto-oncogene to examine the effects of sequence length, and report a marked reduction in efficiency with increasing fragment length. Three of the assays were further tested on 15 mammalian species to gauge the effect of sequence differences on performance. We show that the effects of probe and primer binding site mismatches are complex, with single point mutations often having little effect
on assay performance, while multiple mismatches to the probe caused the greatest reduction in efficiency. The usefulness of the assays in predicting rates of `allelic dropout' and successful polymerase chain reactions (PCRs) in microsatellite genotyping studies is supported, and we demonstrate that the use of a fragment more similar in size to typical microsatellites (190 bp) is no more informative than a shorter (81 bp) fragment. The assays designed for this study can be used directly for quantification of DNA from many mammalian species or, alternatively,
information provided here can be used to design unique sequence-speci®c assays to maximise
assay ef®ciency.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แม้ว่าจะใช้มากสำหรับนับดีเอ็นเอ น้อยเป็นที่รู้จักของของเลข 5 exonuclease assay โดยเฉพาะอย่างยิ่งเกี่ยวกับความยาว amplicon และ mismatches ที่ไซต์ oligonucleotide ผูก ในการศึกษานี้ เราใช้ assays 7 proto-oncogene c myc กำหนดเป้าหมาย การตรวจสอบผลกระทบของความยาวของลำดับ รายงานลดทำเครื่องหมายในประสิทธิภาพด้วยการเพิ่มความยาวส่วน เพิ่มเติมสาม assays ถูกทดสอบในสปีชีส์ mammalian 15 จะวัดผลของความแตกต่างลำดับประสิทธิภาพ แสดงว่า ผลของโพรบและพื้นผูก mismatches ไซต์มีความซับซ้อน กลายพันธุ์จุดเดียวที่มักจะมีผลน้อยบนทดสอบ ประสิทธิภาพ ในขณะที่หลาย mismatches จะโพรบการเกิดลดลงมากที่สุดในประสิทธิภาพ สนับสนุนประโยชน์ของ assays ในการทำนายราคาของ 'allelic เป็นถอน' และปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรสที่ประสบความสำเร็จ (PCRs) ในการศึกษาชนิด microsatellite genotyping และเราแสดงที่ใช้ส่วนมากกับขนาดปกติ microsatellites (190 bp) เป็นอีกข้อมูลสั้นกว่านี้ (81 bp) ส่วนการ Assays ที่ออกแบบมาสำหรับการศึกษานี้สามารถใช้ได้โดยตรงนับของดีเอ็นเอจากพันธุ์ใน mammalian หรือ หรือข้อมูลให้สามารถใช้ในการออกแบบเฉพาะลำดับ-speci ® c assays เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพassay ef ® ciency

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

แม้ว่าจะใช้มากขึ้นสำหรับปริมาณดีเอ็นเอเล็ก ๆ น้อย ๆ เป็นที่รู้จักกันของการเปลี่ยนแปลงของ 5 ¢ทดสอบ exonuclease โดยเฉพาะอย่างยิ่งในความสัมพันธ์กับระยะเวลาที่ไม่ตรงกันและ amplicon ที่เว็บไซต์ผูกพัน oligonucleotide ในการศึกษานี้เราใช้การวิเคราะห์กำหนดเป้าหมายเจ็ด c-myc อองโคยีน-โปรโตเพื่อศึกษาผลของระยะเวลาในลำดับและรายงานการลดการทำเครื่องหมายในประสิทธิภาพที่มีความยาวส่วนที่เพิ่มขึ้น สามการตรวจได้รับการทดสอบเพิ่มเติมเกี่ยวกับการเลี้ยงลูกด้วยนม 15 ชนิดที่จะวัดความแตกต่างของผลกระทบต่อประสิทธิภาพการทำงานลำดับ เราแสดงให้เห็นว่าผลกระทบของการสอบสวนและไพรเมอร์ที่ไม่ตรงกันเว็บไซต์ที่มีผลผูกพันที่มีความซับซ้อนมีการกลายพันธุ์ที่จุดเดียวมักจะมีผลเพียงเล็กน้อย
ต่อประสิทธิภาพการทำงานการทดสอบในขณะที่ไม่ตรงกันหลายสอบสวนที่เกิดจากการลดลงมากที่สุดในประสิทธิภาพ ประโยชน์ของการตรวจในการทำนายอัตราการออกกลางคันของ `allelic 'และปฏิกิริยาลูกโซ่โพลิเมอร์ที่ประสบความสำเร็จ (PCRs) ในการศึกษา genotyping ไมโครได้รับการสนับสนุนและเราแสดงให้เห็นว่าการใช้งานของชิ้นส่วนอื่น ๆ ที่คล้ายกันในขนาดที่ไมโครทั่วไป (190 bp) เป็นไม่มี ข้อมูลมากกว่าที่สั้นลง (81 bp) ชิ้นส่วน การตรวจรับการออกแบบสำหรับการศึกษาครั้งนี้สามารถนำมาใช้โดยตรงสำหรับปริมาณดีเอ็นเอจากสายพันธุ์ที่เลี้ยงลูกด้วยนมหลายหรือหรือ
ข้อมูลให้ที่นี่สามารถนำมาใช้ในการออกแบบการตรวจลำดับspeci®cที่ไม่ซ้ำกันเพื่อเพิ่ม
ef®ciencyทดสอบ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

แม้ว่าการใช้มากขึ้น สำหรับปริมาณดีเอ็นเอ , เป็นที่รู้จักกันเพียงเล็กน้อยของการเปลี่ยนแปลงของ 5 ¢เอกโซนิวคลีเอส ( โดยเฉพาะอย่างยิ่งในความสัมพันธ์กับความยาวและความไม่ ซึ่งมีผลผูกพันและที่เว็บไซต์ ในการศึกษานี้เราสามารถใช้เจ็ดเป้าหมายซี มิคจึงงโคยีนเพื่อศึกษาผลของความยาวของลำดับ และรายงานการใช้เครื่องหมายเพิ่มความยาวเศษ .3 หรือได้ทดสอบใน 15 ชนิด สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมในการวัดผลของความแตกต่างในลำดับการแสดง เราแสดงให้เห็นว่าผลของการตรวจสอบเว็บไซต์และการใช้ความไม่ซับซ้อน มีการกลายพันธุ์ จุดเดียวมักจะมีผลเล็ก ๆน้อย ๆในการปฏิบัติงานโดยการตรวจสอบในขณะที่หลายความไม่เกิดการลดลงมากที่สุดในประสิทธิภาพประโยชน์ของวิธีในการทำนายอัตรา dropout ของ ' ' ยาฆ่าแมลงและประสบความสำเร็จวิธีปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรส ( pcrs ) ในเขตการศึกษาที่ใช้สนับสนุน และเราแสดงให้เห็นว่าการใช้ส่วนเพิ่มเติมที่คล้ายกันในขนาดโดยทั่วไปไมโครแซเทลไลต์ ( 190 BP ) ไม่มีข้อมูลเพิ่มเติมกว่าที่สั้นกว่า ( 81 BP ) อะไรบางอย่างหรือออกแบบมาสำหรับการศึกษานี้สามารถใช้โดยตรงเพื่อปริมาณของดีเอ็นเอจากสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมหลายชนิด หรือ อีกวิธีหนึ่งคือ
ข้อมูลที่นี่สามารถใช้ออกแบบเฉพาะลำดับประเภท® C ) เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพใน® EF
.