Intrinsically disordered proteins (

Intrinsically disordered proteins (IDPs) and proteins with long disordered regions are highly abundant in various proteomes. Despite their lack of well-defined ordered structure, these proteins and regions are frequently involved in crucial biological processes. Although in recent years these proteins have attracted the attention of many researchers, IDPs represent a significant challenge for structural characterization since these proteins can impact many of the processes in the structure determination pipeline. Here we investigate the effects of IDPs on the structure determination process and the utility of disorder prediction in selecting and improving proteins for structural characterization. Examination of the extent of intrinsic disorder in existing crystal structures found that relatively few protein crystal structures contain extensive regions of intrinsic disorder. Although intrinsic disorder is not the only cause of crystallization failures and many structured proteins cannot be crystallized, filtering out highly disordered proteins from structure-determination target lists is still likely to be cost effective. Therefore it is desirable to avoid highly disordered proteins from structure-determination target lists and we show that disorder prediction can be applied effectively to enrich structure determination pipelines with proteins more likely to yield crystal structures. For structural investigation of specific proteins, disorder prediction can be used to improve targets for structure determination. Finally, a framework for considering intrinsic disorder in the structure determination pipeline is proposed.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

รุ่น disordered โปรตีน (IDPs) และโปรตีนกับภูมิภาค disordered ยาวมีชุกชุมมากใน proteomes ต่าง ๆ แม้การขาดโครงสร้างที่สั่งโดย โปรตีนและภูมิภาคเหล่านี้มักจะเกี่ยวข้องในกระบวนการทางชีวภาพที่สำคัญ แม้ว่าในปีที่ผ่านมา โปรตีนเหล่านี้ได้ดึงดูดความสนใจของนักวิจัยจำนวนมาก IDPs แสดงความท้าทายที่สำคัญสำหรับการจำแนกโครงสร้างเนื่องจากโปรตีนเหล่านี้อาจส่งผลต่อกระบวนการในขั้นตอนการกำหนดโครงสร้างมากมาย ที่นี่เราตรวจสอบผลกระทบของ IDPs ในกระบวนการกำหนดโครงสร้างและโปรแกรมอรรถประโยชน์ของการคาดการณ์ผิดปกติในการเลือก และปรับปรุงการจำแนกโครงสร้างโปรตีน ตรวจสอบขอบเขตของโรค intrinsic ในโครงสร้างผลึกที่มีอยู่พบว่า โครงสร้างผลึกโปรตีนค่อนข้างน้อยประกอบด้วยพื้นที่ครอบคลุมของ intrinsic โรค แม้ ว่า intrinsic โรคไม่ใช่สาเหตุเดียวของความล้มเหลวตกผลึกหลายโครงสร้าง โปรตีนไม่สามารถตกผลึก กรองโปรตีน disordered สูงจากโครงสร้างกำหนดเป้าหมายรายการจะยังคงแนวโน้มที่จะแพง ดังนั้นจึงสมควรหลีกเลี่ยงโปรตีนสูง disordered จากรายการเป้าหมายโครงสร้างกำหนด และแสดงว่า พยากรณ์โรคสามารถใช้ได้อย่างมีประสิทธิภาพแก่ท่อกำหนดโครงสร้าง มีแนวโน้มให้ผลผลิตโครงสร้างผลึกโปรตีน สำหรับตรวจสอบโครงสร้างของโปรตีนเฉพาะ สามารถใช้ทำนายโรคการปรับปรุงเป้าหมายสำหรับการกำหนดโครงสร้าง สุดท้าย การนำเสนอเป็นกรอบสำหรับการพิจารณาโรค intrinsic ในขั้นตอนการกำหนดโครงสร้างการ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โปรตีนเป็นระเบียบภายใน (IDPs) และโปรตีนที่มีระเบียบพื้นที่ที่มีความยาวมากอย่างสูงใน proteomes ต่างๆ แม้จะมีการขาดของพวกเขาได้รับคำสั่งของโครงสร้างทั้งกำหนดโปรตีนเหล่านี้และภูมิภาคมีส่วนร่วมได้บ่อยในกระบวนการทางชีวภาพที่สำคัญ แม้ว่าในปีที่ผ่านโปรตีนเหล่านี้ได้ดึงดูดความสนใจของนักวิจัยหลายคนที่เป็นตัวแทนของผู้พลัดถิ่นเป็นความท้าทายที่สำคัญสำหรับลักษณะของโครงสร้างตั้งแต่โปรตีนเหล่านี้สามารถส่งผลกระทบหลายกระบวนการในการกำหนดโครงสร้างท่อ ที่นี่เราตรวจสอบผลกระทบของผู้พลัดถิ่นในขั้นตอนการกำหนดโครงสร้างและประโยชน์ของการคาดการณ์ความผิดปกติในการเลือกและการปรับปรุงโปรตีนลักษณะโครงสร้าง การตรวจสอบขอบเขตของความผิดปกติท​​ี่แท้จริงในโครงสร้างผลึกที่มีอยู่พบว่าโปรตีนค่อนข้างน้อยโครงสร้างผลึกมีพื้นที่ที่กว้างขวางของโรคที่แท้จริง แม้ว่าความผิดปกติท​​ี่แท้จริงไม่ได้เป็นเพียงสาเหตุของความล้มเหลวการตกผลึกและโปรตีนที่มีโครงสร้างจำนวนมากไม่สามารถตกผลึกกรองออกระเบียบโปรตีนสูงจากรายการเป้าหมายโครงสร้างการตัดสินใจยังคงมีแนวโน้มที่จะเสียค่าใช้จ่ายที่มีประสิทธิภาพ ดังนั้นจึงเป็นที่พึงปรารถนาที่จะหลีกเลี่ยงโปรตีนเป็นระเบียบสูงจากรายการเป้าหมายโครงสร้างความมุ่งมั่นและเราแสดงให้เห็นว่าการคาดการณ์ความผิดปกติสามารถนำมาใช้อย่างมีประสิทธิภาพเพื่อเพิ่มท่อการกำหนดโครงสร้างที่มีโปรตีนที่มีแนวโน้มที่จะก่อให้เกิดโครงสร้างผลึก สำหรับการตรวจสอบโครงสร้างของโปรตีนที่เฉพาะเจาะจงการทำนายความผิดปกติสามารถนำมาใช้ในการปรับปรุงการกำหนดเป้​​าหมายสำหรับการกำหนดโครงสร้าง สุดท้ายกรอบสำหรับการพิจารณาความผิดปกติท​​ี่แท้จริงในการกำหนดโครงสร้างท่อจะเสนอ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ภายในโปรตีนที่ไม่เป็นระเบียบ ( พ. ) และโปรตีนกับระเบียบภูมิภาคสูงมากมายใน proteomes ต่าง ๆ แม้จะมีการขาดของกำหนดให้โครงสร้างโปรตีนเหล่านี้และภูมิภาคอยู่บ่อย ๆ ที่เกี่ยวข้องในกระบวนการทางชีวภาพที่สำคัญด้วย แม้ว่าในปีที่ผ่านมา โปรตีนเหล่านี้จะดึงดูดความสนใจของนักวิจัยหลายพ. เป็นตัวแทนของความท้าทายที่สำคัญสำหรับการศึกษาโครงสร้างเนื่องจากโปรตีนเหล่านี้สามารถส่งผลกระทบต่อหลายกระบวนการในการหาโครงสร้างท่อ ที่นี่เราได้ทำการศึกษาผลของพ. ในการหาโครงสร้างกระบวนการและยูทิลิตี้ในการเลือกและปรับปรุงการพยากรณ์โรคสำหรับการโปรตีนโครงสร้างการตรวจสอบขอบเขตของความผิดปกติในโครงสร้างของผลึกภายในที่มีอยู่พบว่าโครงสร้างผลึกโปรตีนค่อนข้างน้อย มีพื้นที่กว้างขวางภายในโรค แม้ว่าโรคที่แท้จริงไม่ใช่สาเหตุเดียวของความล้มเหลวของการตกผลึกและหลายโครงสร้างไม่สามารถตกผลึกโปรตีน ,การกรองสูงระบบการกำหนดโครงสร้างโปรตีนจากรายการเป้าหมายยังคงเป็นแนวโน้มที่จะเป็นค่าใช้จ่ายที่มีประสิทธิภาพ ดังนั้นจึงเป็นที่พึงปรารถนาเพื่อหลีกเลี่ยงความวุ่นวายจากโปรตีนสูง การกำหนดโครงสร้างรายการเป้าหมายและเราแสดงให้เห็นว่าโรคการพยากรณ์สามารถใช้อย่างมีประสิทธิภาพเพื่อเพิ่มปริมาณโปรตีนโครงสร้างท่อมีแนวโน้มที่จะให้ผลผลิตโครงสร้างคริสตัลการศึกษาโครงสร้างของโปรตีนโดยเฉพาะการทำนายโรคสามารถใช้ปรับปรุงเป้าหมายสำหรับวิเคราะห์โครงสร้าง สุดท้าย กรอบพิจารณาเนื้อแท้ของการหาโครงสร้างท่อที่เสนอ