ข้อเสียของการปั่นจักรยาน คือ ไม่เหมาะกับผู้ที่มีปัญหาปวดหลัง เพราะการนั่งปั่นจักรยานจะมีแรงกดที่หมอนรองกระดูกสันหลังสูง ถ้าจะปั่นจริงๆ ต้องปั่นกับเครื่องที่เรียกว่า Inclined bike ซึ่งจะนั่งปั่นในท่าหลังเอนไปบนที่นั่งคล้ายกับเบาะพิงหลังของรถยนต์ ซึ่งลดแรงกดที่หมอนรองกระดูกสันหลังได้
ปัญหาอีกข้อที่ไม่ค่อยมีผู้กล่าวถึงมากนัก คือ ปัญหาเกี่ยวกับระบบทางเดินปัสสาวะและระบบสืบพันธุ์
พบว่าในผู้ชายที่ปั่นจักรยานมากกว่า 3 ชั่วโมงต่อสัปดาห์ จะมีความเสี่ยงต่อปัญหาการเสื่อมสมรรถภาพทางเพศมากกว่าผู้ชายที่ปั่นจักรยานน้อยกว่า 3 ชั่วโมงต่อสัปดาห์ประมาณ 2 เท่า
ส่วนในผู้หญิงที่ปั่นจักรยาน จะมีปัญหาเรื่องกระเพาะปัสสาวะอักเสบบ่อยกว่าผู้หญิงทั่วไปที่ไม่ได้ปั่นจักรยาน