After 30 h of treatment with 2iP, w

After 30 h of treatment with 2iP, we hoped to identify
early events in WUS-dependent LRP ? SM conversion. To
provide greater resolution of WUS-related DEGs at this
time point, we examined the transcriptome of another wus
mutant allele (GABI_870H12). GABI-KAT constructs were
designed for activation tagging, but in this line an intragenic insertion appears to drive elevated expression of a
truncated non-functional product (Methods S1). Heterozygotes yield loss-of-function wus phenotypes in approximately 25% of progeny, and these homozygous mutants
are unable to undergo LRP ? SM conversion. For comparison of the two alleles with the WT, processed data were
filtered to remove genes absent in one wus mutant allele,
but not the other. Using the LIMMA package of BIOCONDUCTOR,
a P-value threshold of

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

หลังจาก h 30 รักษาด้วย 2iP เราหวังว่าการระบุเหตุการณ์เริ่มต้นใน LRP WUS ขึ้น การแปลง SM ถึงให้ความละเอียดมากขึ้นเกี่ยวกับ WUS DEGs นี้เวลาจุด เราตรวจสอบ transcriptome ของ wus อื่นกลายพันธุ์อัลลีล (GABI_870H12) มีโครงสร้าง GABI-KATแต่บรรทัดนี้แทรก intragenic ออกแบบมาสำหรับการเปิดใช้งานแท็ก ปรากฏขึ้นไดรฟ์แสดงยกระดับของการตัดไม่ทำงานผลิตภัณฑ์ (วิธี S1) Heterozygotes ผลผลิตสูญเสียฟังก์ชัน wus ฟีประมาณ 25% ของลูกหลาน และสายพันธุ์หลักเหล่านี้ไม่สามารถรับ LRP การแปลง SM สำหรับการเปรียบเทียบของ alleles ที่สองกับ WT ข้อมูลที่ประมวลผลได้กรองเพื่อเอายีนขาดในหนึ่ง wus กลายพันธุ์อัลลีลแต่อื่น ๆ ไม่ ใช้แพ LIMMA ของ BIOCONDUCTORเกณฑ์ค่า P ของ < 0.05 และต่ำสุดพับเปลี่ยนของลักษณะทางพันธุกรรมที่ 1.5 ในหนึ่ง 144 DEGs ควบคุมในทำนองเดียวกัน ในทั้งกลายพันธุ์ wus alleles ที่ระบุ (S11 ตาราง) ของเหล่านี้เริ่มต้น DEGs, 21% เหลื่อมกับที่ระบุไว้ในwus ที่เราแล่นเรือน้ำหนักเปรียบเทียบ ใช้การเปลี่ยนพับตัดให้ alleles ทั้งเพิ่มซ้อน 37% ประกอบด้วย 25 และ 48% ค่า DEGs - หรือ downregulated ในการ wusกลายพันธุ์พื้นหลัง ตามลำดับ ความแตกต่างที่สังเกตได้ในซ้อนระหว่างยีนที่เพิ่มขึ้น หรือลดลงระดับของนิพจน์อาจสะท้อนถึงความแตกต่างในการทำงานของยีนที่กลายพันธุ์ แต่กลายพันธุ์ทั้งสองalleles ดูเหมือนหน้าที่คล้ายในแง่ของ LRP เอสเอ็มแปลง ชุดย่อยของ DEGs ซึ่งกันและกันจะ มีผู้ที่แข็งแกร่งสำหรับยีน WUS-ขึ้นอยู่กับการเป็นสื่อกลางLRP การพัฒนา SM สอดคล้องกับมุมมองนี้ การสัดส่วนของ WUS ให้จะอัดอั้น WUS ยีนท่ามกลาง DEGs กับนิพจน์ลงใน wus เพิ่มขึ้นในนี้เปรียบเทียบสองอัลลีล (6 รูป)เคาะออก insertional WUS สนองผู้สมัครผล LRP อย่างไร แปลง SMการสำรวจบทบาทของอ้างว่าฝา WUS ตอบสนองเป้าหมายเราระบุการวิเคราะห์ transcriptome กลั่นเลือกเกณฑ์การทดสอบเพื่อ insertional เคาะเป้าหมายสัญญาบริการสำหรับเป้าหมายโดยตรงของ WUS เราได้< 1 kb ต้นน้ำของกลายพันธุ์ wus DEGs สองหรือมากกว่าอินสแตนซ์ที่สอดคล้องกับอ้างว่าฝา WUSbinding cis องค์ประกอบลำดับที่: CACGTG และ TTAATSS เป็น TTAATSS ทำงาน ลำดับเดิมระบุภายในมี intron เรารวม DEGs สองขึ้นไปอินสแตนซ์ภายใน introns ผู้สมัครเหล่านี้ได้จากนั้นสำรวจกับ eFP Arabidopsis เบราว์เซอร์ (ฤดูหนาว et al.,2007) สำหรับยีนที่แสดงส่วนต่างในการSAM (Yadav et al. 2009) หรืออ่อน (Casson et al. 2005)ตอนแรก กลายพันธุ์ wus 32 DEGs เลือก 28 ที่สิงที่สอดคล้องกัน T-ดีเอ็นเอแทรกบรรทัด หลักบรรทัดถูก assayed สำหรับ LRP แปลง SM โดยการให้คะแนนหมายเลขเริ่มต้นบนรากต้นกล้ารักษาหน่อด้วยการ 2iP lM ที่ 4.4 หรือ 2.2 5 – 7 วัน ทางการค้าลดลงความเข้มข้นมาพร้อมหน้าจอสำหรับเพิ่ม shootinduction จำนวน 39 หลักแทรกบรรทัดสอดคล้องกับยีน 27 ทดสอบในน้อยสองเหมือน (รูปที่ 7 S12 ตาราง) สี่บรรทัดเหล่านี้ ที่สอดคล้องกับ DEGs สี่ต่าง ๆ ลดลงด้วยใน wus ระหว่าง LRP การแปลง SM แสดงให้เห็นความสอดคล้องกันการลดในราคาพิเศษเริ่มต้นยิง (รูปที่ 7) สายพันธุ์ทั้งหมดปรากฏปกติ phenotypically นอกเหนือจากการขาดดุลในถ่ายภาพเริ่มต้น อย่างไรก็ตาม การจะต้องพิจารณาความเกี่ยวข้องของการกลายพันธุ์ WUS-ขึ้นอยู่กับกระบวนการและ LRP การแปลง SM

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

หลังจาก 30 ชั่วโมงของการรักษาด้วย 2iP เราหวังว่าจะได้ระบุ
เหตุการณ์ที่เกิดขึ้นในช่วงต้น WUS ขึ้นอยู่กับ LRP? แปลงเอสเอ็ม เพื่อ
ให้ความละเอียดที่มากขึ้นของ degs WUS ในนี้
จุดเวลาเราตรวจสอบยีนของผู้อื่น WUS
อัลลีลกลายพันธุ์ (GABI_870H12) สร้าง GABI-KAT ถูก
ออกแบบมาสำหรับการติดแท็กการเปิดใช้งาน แต่ในบรรทัดนี้แทรก intragenic ปรากฏขึ้นในการผลักดันการแสดงออกสูงของ
ผลิตภัณฑ์ที่ไม่ใช่หน้าที่ที่ถูกตัดทอน (วิธีการ S1) heterozygotes ผลผลิตสูญเสียของฟังก์ชั่น phenotypes WUS ประมาณ 25% ของลูกหลานและคนเหล่านี้กลายพันธุ์ homozygous
ไม่สามารถที่จะได้รับการ LRP? แปลงเอสเอ็ม สำหรับการเปรียบเทียบของทั้งสองอัลลีลกับ WT ข้อมูลการประมวลผลถูก
กรองเอายีนที่อยู่ในอัลลีลหนึ่งกลายพันธุ์ WUS,
แต่ไม่ได้อื่น ๆ ใช้แพคเกจ Limma ของ Bioconductor,
เกณฑ์ P-value ของ <0.05 และมีการเปลี่ยนแปลงเท่าต่ำสุด
1.5 ในหนึ่งจีโนไทป์ 144 degs ควบคุมในทำนองเดียวกันใน
ทั้งอัลลีลกลายพันธุ์ WUS ถูกระบุ (ตาราง S11) ของ
degs เริ่มต้นเหล่านี้, 21% ซ้อนทับกับผู้ที่ระบุไว้ใน
WUS เรือ / เปรียบเทียบ WT ของเรา การประยุกต์ใช้การเปลี่ยนแปลงพับ
ตัดทั้งอัลลีลที่เพิ่มขึ้นทับซ้อนกันถึง 37% ประกอบไปด้วย 25 และ 48% ของ degs ขึ้นหรือ downregulated ใน WUS
พื้นหลังกลายพันธุ์ตามลำดับ ความแตกต่างที่สังเกต
ในการทับซ้อนระหว่างยีนกับที่เพิ่มขึ้นหรือลดลง
ในระดับของการแสดงออกอาจสะท้อนให้เห็นถึงความแตกต่างในการทำงานของผลิตภัณฑ์ยีนกลายพันธุ์ แต่ขณะที่ทั้งสองกลายพันธุ์
อัลลีลดูเหมือนหน้าที่คล้ายกันในแง่ของ LRP? เอสเอ็ม
แปลงย่อยของ degs ร่วมกันจะปรากฏขึ้นเพื่อให้
ผู้สมัครที่แข็งแกร่งสำหรับยีนไกล่เกลี่ย WUS ขึ้นอยู่กับ
LRP? การพัฒนาเอสเอ็ม สอดคล้องกับมุมมองนี้
สัดส่วนของ WUS ที่เกิดยีน WUS-อัดอั้น
หมู่ degs มีการแสดงออกที่ลดลงใน WUS เพิ่มขึ้น
ในครั้งนี้เปรียบเทียบสองอัลลีล (รูปที่ 6).
การแทรกลึกหนาบางเคาะผู้สมัคร WUS ตอบสนอง
ผลต่อ LRP? แปลง SM
เพื่อสำรวจบทบาทของเป้าหมาย WUS ตอบสนองสมมุติ
ระบุโดยการวิเคราะห์ยีนที่เราได้จากการกลั่นตัวเลือก
เกณฑ์ในการทดสอบการแทรกเคาะลึกหนาบางของเป้าหมายที่มีแนวโน้ม.
เพื่อเพิ่มสำหรับเป้าหมายโดยตรงศักยภาพของ WUS เราสำรวจ
<1 KB ต้นน้ำของมนุษย์กลายพันธุ์ WUS degs สำหรับสองคนหรือมากกว่า
กรณีของลำดับสอดคล้องกับสมมุติ WUSbinding CIS องค์ประกอบ: CACGTG และ TTAATSS ในฐานะที่เป็นลำดับ TTAATSS การทำงานที่ถูกระบุว่า แต่เดิม
ภายใน intron เรารวม degs กับสองคนหรือมากกว่า
กรณีภายใน introns ผู้สมัครเหล่านี้ได้ทำการสำรวจแล้วกับเบราว์เซอร์ Arabidopsis EFP (ฤดูหนาว et al.,
2007) ยีนแสดงการแสดงออกที่แตกต่างกันใน
SAM (ดัฟ et al., 2009) หรือตัวอ่อน (แคสสัน et al., 2005).
ในขั้นต้น 32 WUS กลายพันธุ์ degs ได้รับการคัดเลือกที่ 28
สิงสอดคล้องเส้นแทรก T-DNA homozygous
เส้นถูก assayed สำหรับ LRP? แปลงเอสเอ็มโดยการให้คะแนน
หมายเลขของหน่อริเริ่มในรากต้นกล้าได้รับการรักษา
ด้วย 4.4 หรือ 2.2 LM 2iP สำหรับ 5-7 วัน ไซโตไคนิที่ต่ำกว่า
ความเข้มข้นที่ถูกรวมอยู่ที่หน้าจอสำหรับอัตรา shootinduction ที่เพิ่มขึ้น ทั้งหมด 39 เส้นแทรก homozygous,
สอดคล้องกับ 27 ยีนได้รับการทดสอบอย่างน้อยสองซ้ำ (รูปที่ 7; ตาราง S12) สี่ของเส้นเหล่านี้สอดคล้องกับสี่ degs ที่แตกต่างกันมีการแสดงออกที่ลดลง
ในช่วง WUS LRP? เอสเอ็มแปลงพบว่ามีความสอดคล้องกัน
ในการลดอัตราการเริ่มต้นถ่าย (รูปที่ 7) การกลายพันธุ์ทั้งหมด
ปรากฏปกติ phenotypically นอกเหนือจากการขาดดุลของพวกเขาใน
การเริ่มต้นการถ่ายทำ อย่างไรก็ตามการทำงานต่อไปจะต้อง
กำหนดความเกี่ยวข้องของการกลายพันธุ์เพื่อกระบวนการ WUS และขึ้นอยู่กับ LRP หรือไม่ แปลงเอสเอ็ม

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

หลังจาก 30 ชั่วโมงของการรักษาด้วย 2ip เราหวังที่จะระบุเหตุการณ์ในช่วงต้น wus ขึ้นอยู่กับ LRP ? การแปลง SM เพื่อให้มากขึ้น ความละเอียดของ wus degs ที่เกี่ยวข้องนี้จุดเวลา , เราตรวจสอบทราน ริปโตม wus อื่นของยีนกลายพันธุ์ ( gabi_870h12 ) gabi-kat โครงสร้างคือที่ออกแบบมาเพื่อเปิดใช้งานแท็ก แต่ในสายนี้มีการแทรก intragenic ปรากฏเพื่อยกระดับการแสดงออกของไดรฟ์ตัดไม่ใช่ผลิตภัณฑ์หน้าที่ ( วิธี S1 ) การสูญเสียผลผลิตของยีนฟังก์ชัน wus ฟีโนไทป์ในประมาณ 25 % ของลูกหลาน และยีนกลายพันธุ์เหล่านี้ไม่สามารถผ่าน LRP ? การแปลง SM สำหรับการเปรียบเทียบของทั้งสองอัลลีลกับ WT , ข้อมูลประมวลผลคือกรองเอายีนกลายพันธุ์ในยีนหนึ่ง wus ขาด ,แต่ไม่ได้อื่น ๆ . ใช้แพคเกจของ bioconductor limma ,p < 0.05 และเกณฑ์ของการเปลี่ยนแปลงพับต่ำสุด1.5 ใน 24 , 144 degs เหมือนกับควบคุมในยีนกลายพันธุ์ทั้ง wus ระบุ ( โต๊ะ S11 ) ของdegs เริ่มต้นเหล่านี้ ร้อยละ 21 จำนวนที่ระบุในของเรา wus แล่นเรือ / WT เปรียบเทียบ ใช้เปลี่ยน พับตัดไปที่ทั้งสองอัลลีลเพิ่มทับซ้อนกันถึง 37 % ประกอบด้วย 25 และ 48% ของ degs ขึ้น - หรือ downregulated ใน wusกลายพันธุ์หลังตามลำดับ สังเกตความแตกต่างในทับซ้อนกันระหว่างยีนที่เพิ่มขึ้นหรือลดลงระดับของการแสดงออกอาจสะท้อนให้เห็นถึงความแตกต่างในการทำงานของผลิตภัณฑ์ยีนกลายพันธุ์ แต่เป็นทั้งกลายพันธุ์อัลลีลที่ดูเหมือนง่ายในแง่ของ LRP ? เอสเอ็มการแปลง , ชุดย่อยของ degs ปรากฏให้ซึ่งกันและกันผู้สมัครที่แข็งแกร่งสำหรับการไกล่เกลี่ย wus ขึ้นอยู่กับยีนLRP ? การพัฒนา SM สอดคล้องกับมุมมองนี้สัดส่วนของ wus induced wus อดกลั้น ยีนท่ามกลาง degs ลดการแสดงออกใน wus เพิ่มขึ้นในการเปรียบเทียบสองอัลลีล ( รูปที่ 6 )insertional เคาะลึกหนาบางในการตอบสนอง wus ผู้สมัครมีผลต่อ LRP ? การแปลงเอสเอ็มเพื่อศึกษาบทบาทของกรดอะมิโน wus ตอบสนองเป้าหมายระบุโดยการวิเคราะห์ทราน ริปโตม เราถึงเลือกเกณฑ์การทดสอบ insertional เคาะลึกหนาบางของเป้าหมายที่มีศักยภาพเพื่อเพิ่มศักยภาพของ wus ตรงเป้าหมายที่เราสำรวจ< 1 กิโลต้นน้ำของ wus กลายพันธุ์ degs สองหรือมากกว่าอินสแตนซ์ของลำดับกรดอะมิโนที่ wusbinding CIS และองค์ประกอบ : cacgtg ttaatss . เป็นลำดับ ttaatss หน้าที่ระบุเดิมภายใน degs iNtRON เรารวมสองหรือมากกว่าอินสแตนซ์ภายใน introns . ผู้สมัครเหล่านี้แล้ว สำรวจกับ Arabidopsis efp เบราว์เซอร์ ( ฤดูหนาว et al . ,2550 ) เพื่อแสดงความแตกต่างในการแสดงออกของยีนแซม ( yadav et al . , 2009 ) หรือตัวอ่อน ( Casson et al . , 2005 )ตอนแรก degs กลายพันธุ์ 32 wus ไว้ที่ 28 ,สิงที่ t-dna แทรกบรรทัด โฮโมไซกัสสายเป็นซีรั่มสำหรับ LRP ? สำหรับการแปลงคะแนนตัวเลขของยอดเริ่มต้นที่รากต้นกล้าที่ปฏิบัติกับ 4.4 หรือ 2.2 LM 2ip 5 – 7 วัน การ ) ลดลงความเข้มข้นรวมหน้าจอเพื่อเพิ่มอัตรา shootinduction . จำนวน 39 เส้น ส่วนแทรก ,สอดคล้องกับ 27 ยีนทดสอบอย่างน้อยสองแบบ ( รูปที่ 7 ; ตาราง s12 ) สี่บรรทัดเหล่านี้ที่แตกต่างกันสี่ degs ลดการแสดงออกในช่วง wus LRP ? การแปลง SM ให้สอดคล้องกันการลดอัตราการยิง ( รูปที่ 7 ) ทุกสายพันธุ์ปรากฏ phenotypically ปกติ นอกจากการขาดดุลของพวกเขาในยิงเริ่มต้น อย่างไรก็ตาม งาน จะ ต้องตรวจสอบความเกี่ยวข้องของการกลายพันธุ์และกระบวนการขึ้นอยู่กับ wus LRP ? การแปลง SM