RT-PCR techniques on clinical speci

RT-PCR techniques on clinical specimens can, with the correctly defined primers, result in rapid
detection and subtype identification (at least of H5 and H7), including a cDNA product that can
be used for nucleotide sequencing (Suarez, 2007). This technique was used with success
during the 2003 HPAI outbreaks in The Netherlands. Gall et al. (2008; 2009) have developed
degenerate primers for detection and sequencing of short HA (cleavage site) and NA gene
fragments which allow amplification across all HA (1–16) and NA (1–9) subtypes. However, the
preferred molecular detection tests for influenza A virus is the real-time RT-PCR, a modification
to the RT-PCR that reduces the time for both identification of virus subtype and sequencing. For
example, Spackman et al. (2002) used a single-step real-time RT-PCR primer/fluorogenic
hydrolysis probe system to allow detection of influenza A viruses and determination of subtype
H5 or H7. The test performed well relative to virus isolation and offered a cheaper and much
more rapid alternative, with diagnosis on clinical samples in less than 3 hours. In additional
studies, the real-time RT-PCR was shown to have sensitivity and specificity equivalent to virus
isolation based on field validation in the live poultry market control programme of New York and
New Jersey during the winter of 2002, and the H7N2 LPAI outbreak and eradication programme
in Virginia during 2002 (Elvinger et al., 2007; Spackman et al., 2003). The test provides high
sensitivity and specificity similar to virus isolation from tracheal and oropharyngeal swabs of
chickens and turkeys, but may lack sensitivity for detection of influenza A virus in faecal swabs,
faeces and tissues in some bird species, because of the presence of PCR inhibitors resulting in
false-negative results (Das et al., 2006). Incorporation of a positive internal control into the test
will verify a proper test run. In addition, improved RNA extraction methods have been developed
to eliminate most PCR inhibitors from test samples.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เทคนิค RT-PCR ในไว้เป็นตัวอย่างที่ทางคลินิกสามารถ ด้วยไพรเมอร์ที่กำหนดอย่างถูกต้อง ส่งผลอย่างรวดเร็วรหัสตรวจสอบและชนิดย่อย (น้อย H5 และ H7), รวมทั้งผลิตภัณฑ์ cDNA ที่สามารถใช้สำหรับลำดับเบส (ซูอาเรส 2007) นิวคลีโอไทด์ เทคนิคนี้ใช้กับความสำเร็จในระหว่างการระบาดดื้อ 2003 ในประเทศเนเธอร์แลนด์ ปากปราศรัยน้ำใจเชือด et al. (2008, 2009) ได้มีพัฒนาไพรเมอร์ degenerate สำหรับตรวจสอบและจัดลำดับสั้นฮา (ปริไซต์) และยีนนาการกระจายตัวที่อนุญาตให้ขยายทั้งหมดฮา (1-16) และนา subtypes (1-9) อย่างไรก็ตาม การทดสอบตรวจหาโมเลกุลที่ต้องการสำหรับไข้หวัดใหญ่ไวรัสได้แบบเรียลไทม์ RT-PCR แก้ไขการ RT-PCR ที่ลดเวลาทั้งรหัสของไวรัสชนิดย่อยและจัดลำดับ สำหรับตัวอย่าง Spackman et al. (2002) ใช้เป็นขั้นตอนเดียวแบบเรียลไทม์ RT-PCR พื้น/fluorogenicระบบโพรบไฮโตรไลซ์ให้ตรวจหาไวรัสไข้หวัดใหญ่ A และกำหนดชนิดย่อยH5 หรือ H7 การทดสอบทำดีสัมพันธ์แยกไวรัส และเสนอราคาถูกกว่าและมากขึ้นอีกทางเลือกหนึ่ง การวินิจฉัยทางคลินิกอย่างน้อยกว่า 3 ชั่วโมง ในเพิ่มเติมศึกษา RT-PCR แบบเรียลไทม์ที่แสดงให้มีความไวและ specificity เท่ากับไวรัสแยกตามตรวจสอบเขตข้อมูลในโปรแกรมการควบคุมตลาดสัตว์ปีกสดของนิวยอร์ก และนิวเจอร์ซีย์ในช่วงฤดูหนาวของ 2002 และหลักสูตรระบาดและขจัด H7N2 LPAIในรัฐเวอร์จิเนียระหว่าง 2002 (Elvinger et al., 2007 Spackman และ al., 2003) การทดสอบให้สูงความไวและ specificity คล้ายกับแยกไวรัสจากการใส่ และ oropharyngeal swabs ของไก่และไก่งวง แต่อาจขาดความไวสำหรับการตรวจหาไวรัสไข้หวัดใหญ่ A ใน faecal swabsfaeces และเนื้อเยื่อในบางชนิดนก เนื่องจากสถานะของ inhibitors PCR ในผลลบเท็จ (Das และ al., 2006) ประสานของตัวควบคุมภายในเป็นบวกในการทดสอบจะตรวจสอบการเรียกใช้การทดสอบที่เหมาะสม นอกจากนี้ ได้รับการพัฒนาปรับปรุงวิธีการสกัดอาร์เอ็นเอเพื่อกำจัด inhibitors PCR มากที่สุดจากตัวอย่างทดสอบ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เทคนิค RT-PCR ในตัวอย่างทางคลินิกสามารถด้วยไพรเมอร์ที่กำหนดไว้อย่างถูกต้องอย่างรวดเร็วส่งผลให้เกิด
การตรวจสอบและการตรวจสอบชนิดย่อย (อย่างน้อยของ H5 และ H7) รวมทั้งผลิตภัณฑ์ยีนที่สามารถ
นำมาใช้สำหรับการหาลำดับนิวคลีโอ (ซัวเรส, 2007) เทคนิคนี้จะถูกนำมาใช้กับความสำเร็จ
ในช่วงปี 2003 การระบาดของโรค HPAI ในประเทศเนเธอร์แลนด์ ถุงน้ำดีและคณะ (2008; 2009) ได้มีการพัฒนา
ไพรเลวสำหรับการตรวจสอบและจัดลำดับสั้น HA (เว็บไซต์แตกแยก) และยีน NA
เศษซึ่งจะช่วยให้การขยายในทุก HA (1-16) และ NA (1-9) ชนิดย่อย อย่างไรก็ตาม
การทดสอบการตรวจจับโมเลกุลที่แนะนำสำหรับไวรัสไข้หวัดใหญ่เป็นแบบ real-time RT-PCR การปรับเปลี่ยน
เพื่อ RT-PCR ที่ช่วยลดเวลาในการระบุทั้งสองชนิดย่อยของไวรัสและการเรียงลำดับ สำหรับ
ตัวอย่างเช่น Spackman และคณะ (2002) ที่ใช้ในขั้นตอนเดียวแบบ real-time ไพร RT-PCR / fluorogenic
ระบบไฮโดรไลซิสอบสวนเพื่อให้การตรวจจับไวรัสไข้หวัดใหญ่และความมุ่งมั่นของชนิดย่อย
H5 หรือ H7 การทดสอบทำได้ดีเมื่อเทียบกับการแยกเชื้อไวรัสและเสนอขายราคาถูกกว่าและอีก
ทางเลือกที่มากขึ้นอย่างรวดเร็วกับการวินิจฉัยทางคลินิกกับตัวอย่างในเวลาน้อยกว่า 3 ชั่วโมง นอกจากนี้
การศึกษาแบบ real-time RT-PCR ได้รับการแสดงที่มีความไวและความจำเพาะเทียบเท่ากับไวรัส
แยกขึ้นอยู่กับการตรวจสอบข้อมูลในสัตว์ปีกโปรแกรมควบคุมตลาดสดของนิวยอร์กและ
นิวเจอร์ซีย์ในช่วงฤดูหนาวของปี 2002 และการระบาดของโรค H7N2 LPAI และโปรแกรมการกำจัด
ในเวอร์จิเนียในช่วง 2002 (Elvinger et al, 2007;.. Spackman et al, 2003) การทดสอบให้สูง
ไวและความจำเพาะคล้ายกับการแยกเชื้อไวรัสจากหลอดลมและ Swabs oropharyngeal ของ
ไก่และไก่งวง แต่อาจจะขาดความไวในการตรวจหาไวรัสไข้หวัดใหญ่ใน Swabs อุจจาระ,
อุจจาระและเนื้อเยื่อในนกชนิดบางเพราะการปรากฏตัวของสารยับยั้ง PCR ที่เกิดขึ้นใน
ผลการเท็จลบ (ดา et al., 2006) รวมตัวกันของระบบการควบคุมภายในที่เป็นบวกเข้าไปในการทดสอบ
จะตรวจสอบการทดสอบการทำงานที่เหมาะสม นอกจากนี้ยังมีการปรับปรุงวิธีการสกัดอาร์เอ็นเอได้รับการพัฒนา
เพื่อขจัดสารยับยั้ง PCR มากที่สุดจากตัวอย่างทดสอบ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เทคนิค RT-PCR ในตัวอย่างทางคลินิกสามารถมีได้อย่างถูกต้องกำหนดไพรเมอร์ , ผลในการตรวจหาและจำแนกกลุ่มอย่างรวดเร็ว
( อย่างน้อย ) และ h5 ) รวมทั้งผลิตภัณฑ์ยีนที่สามารถ
ถูกใช้สำหรับการวิเคราะห์หาลำดับนิวคลีโอไทด์ ( Suarez , 2007 ) เทคนิคนี้ถูกนำมาใช้กับความสำเร็จ
ระหว่าง 2003 ผู้ระบาดในเนเธอร์แลนด์ ถุงน้ำดี et al . ( 2008 ; 2552 ) ได้พัฒนา
การตรวจหาลำดับของดีเอ็นเอและสั้น ฮา ( แยกออกเว็บไซต์ ) และนาชิ้นส่วนยีน
ซึ่งอนุญาตให้ขยายทั้งฮา ( 1 - 16 ( 1 ) และ ( 9 ) ชนิดย่อย . อย่างไรก็ตาม การทดสอบการตรวจจับโมเลกุล
ที่ต้องการสำหรับไวรัสไข้หวัดใหญ่เป็นวิธีเรียลไทม์ , การปรับเปลี่ยน
กับ RT-PCR ที่ช่วยลดเวลาสำหรับทั้งการทั้งไวรัสและของ สำหรับ
ตัวอย่างสแป็กเมิ่น et al . ( 2002 ) ที่ใช้ในขั้นตอนเดียวแบบเรียลไทม์นี้รองพื้น / fluorogenic
การตรวจสอบระบบเพื่อให้ตรวจหาเชื้อไข้หวัดใหญ่ และความมุ่งมั่นของกลุ่ม h5 หรือ H7
. การทดสอบประสิทธิภาพดีเมื่อเทียบกับการแยกเชื้อไวรัส และเสนอ และถูกกว่ามาก
อย่างรวดเร็วมากขึ้นทางเลือกกับการวินิจฉัยในตัวอย่างทางคลินิกในเวลาน้อยกว่า 3 ชั่วโมง ในการศึกษาเพิ่มเติม
,RT-PCR แบบเรียลไทม์ได้แสดงให้มีความไวและความจำเพาะเท่ากับการแยกเชื้อไวรัส
ตามสนามตรวจสอบในสัตว์ปีกเป็นๆควบคุมตลาดโครงการของนิวยอร์กและ
นิวเจอร์ซีย์ในช่วงฤดูหนาวของปี 2002 และ h7n2 lpai โครงการขจัดโรคระบาดและ
ในเวอร์จิเนียในช่วงปี 2002 ( elvinger et al . , 2007 ; สแป็กเมิ่น et al . , 2003 ) การทดสอบมีสูง
ความไวและความจำเพาะที่คล้ายคลึงกับไวรัสและการแยกจากลำตัวของหลอดลม oropharyngeal
ไก่และไก่งวง แต่อาจขาดความไวของการตรวจหาไวรัสไข้หวัดใหญ่ในกลุ่ม swabs
อุจจาระและเนื้อเยื่อบางชนิดนก เพราะการแสดงตนของ PCR ผลที่เกิดใน
ผลลบเทียม ( ดาส et al . , 2006 ) การควบคุมภายในในเชิงบวกในการทดสอบ
จะตรวจสอบการทดสอบที่เหมาะสมใช้ นอกจากนี้ การปรับปรุงวิธีการสกัด RNA ได้พัฒนา
กำจัดยับยั้ง PCR มากที่สุดจากตัวอย่างทดสอบ