4. DiscussionMolecular phylogenetic

4. Discussion
Molecular phylogenetic analyses of closely related species provide insights into their relationships, allowing us to verify their morphological taxonomic classification.

Sometimes, such studies indicate that the previously assumed classification is wrong or
not sufficient.

This was the case in a study on the Dascyllus trimaculatus species complex (Bernardi et al., 2001), in which the authors revealed inconsistence between morphological and colouration
traits, as well as their molecular phylogenetic relationships.


In contrast to that, research on coral reef fishes of the genus Thalassoma (Costagliola et al., 2004) confirmed the morphological species definition, even though the colouration pattern
observed in that group of fishes questioned this. Additionally, such studies can provide insides into divergence and speciation processes, as well as geographic locations of these events.


Fig. 4. Haplotype networks of (a) CR and (b) cyt b sequences of Amphiprion ocellaris and A. percula from different locations in the Indo-Malay Archipelago. Numbers indicate mutational steps. The size of the circles indicate the haplotype frequencies.
Different mutation rates for the mitochondrial control region in fish have been estimated, ranging from 2–6.41% per million years (Faber and Stepien, 1998; Campton et al., 2000; Donaldson and
Wilson, 1999; Waters et al., 2001; Messmer et al., 2005).


In this study, we used a mutation rate of 6.41%, because it was obtained for the same CR fragment. The other studies used different fragments or the complete CR, resulting in lower mutation rates.

The mutation rate for the cyt b region varies widely in literature, but for teleost fish species rates between 1.0% and 2.8% per million years were found (Ortet al., 1994; Martin and Bermingham,
1998; Perdices et al., 2002; Chenoweth et al., 2002; Banford et al., 2004; Casey et al., 2004).

CR divergence times were within the ranges calculated for cyt b. It shows a consistency for the divergence times calculations between the results of the two markers.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

4. สนทนาวิเคราะห์ phylogenetic โมเลกุลชนิดที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดให้เจาะลึกความสัมพันธ์ ทำให้เราสามารถตรวจสอบการจัดประเภทอนุกรมวิธานของ บางครั้ง การศึกษาดังกล่าวระบุว่า ประเภทสันนิษฐานก่อนหน้านี้ไม่ถูกต้อง หรือไม่เพียงพอ นี้เป็นกรณีในการศึกษาหินม้าลาย trimaculatus สายพันธุ์ซับซ้อน (Bernardi et al., 2001), ผู้เขียนเปิดเผย inconsistence ระหว่างสัณฐาน และ colourationลักษณะ ตลอดจนความสัมพันธ์ phylogenetic โมเลกุลตรงข้ามที่ วิจัยเกี่ยวกับปะการังปลาของพืชสกุล Thalassoma (Costagliola et al., 2004) ยืนยันข้อกำหนดของชนิด แม้รูปแบบ colourationพบในปลากลุ่มนั้นสอบสวนนี้ นอกจากนี้ การศึกษาดังกล่าวสามารถให้ insides เป็น divergence และกระบวนการเกิดสปีชีส์ใหม่ เป็นตำแหน่งที่ตั้งทางภูมิศาสตร์ของเหตุการณ์เหล่านี้Fig. 4 เครือข่าย Haplotype CR (ก) และ (ข) cyt b ลำดับการ์ตูนและ percula A. จากสถานต่าง ๆ ในหมู่เกาะอินโด-มาเลย์ หมายเลขบ่งชี้ขั้นตอน mutational ขนาดของวงการบ่งชี้ความถี่ haplotypeอัตราการกลายพันธุ์แตกต่างกันสำหรับภูมิภาค mitochondrial ควบคุมในปลาได้ประเมิน ตั้งแต่ 2 – 6.41% ต่อล้านปี (เฟเบอร์และ Stepien, 1998 Campton และ al., 2000 Donaldson และWilson, 1999 น้ำและ al., 2001 Messmer et al., 2005) ในการศึกษานี้ เราใช้ 6.41% อัตราการกลายพันธุ์เนื่องจากมันไม่ได้ส่วน CR เดียวกัน ศึกษาการใช้ชิ้นส่วนต่าง ๆ หรือ CR สมบูรณ์ การเกิดการกลายพันธุ์ราคาต่ำ อัตราการกลายพันธุ์ในภูมิภาค cyt b แตกต่างกันในวรรณคดี แต่สำหรับราคาพันธุ์ปลา teleost ระหว่าง 1.0% และ 2.8% ต่อปีล้านพบ (Ortet al., 1994 มาร์ตินและ Berminghamปี 1998 Perdices และ al., 2002 Chenoweth และ al., 2002 Banford et al., 2004 เคซี่ย์ et al., 2004) CR divergence ครั้งภายในช่วงที่คำนวณสำหรับ cyt b ได้ แสดงความสอดคล้องสำหรับการคำนวณเวลา divergence ระหว่างผลลัพธ์ของเครื่องหมายทั้งสอง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

4. อภิปราย
วิเคราะห์โมเลกุลสายวิวัฒนาการของสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดให้ข้อมูลเชิงลึกในความสัมพันธ์ของพวกเขาช่วยให้เราสามารถตรวจสอบการจัดหมวดหมู่การจัดหมวดหมู่ของพวกเขาทางสัณฐานวิทยา. บางครั้งการศึกษาดังกล่าวแสดงให้เห็นว่าการจัดหมวดหมู่ก่อนหน้านี้ถือว่าเป็นสิ่งที่ผิดหรือไม่เพียงพอ. นี้กรณีที่เกิดขึ้นในการศึกษาเกี่ยวกับ สายพันธุ์ Dascyllus trimaculatus ซับซ้อน (Bernardi et al., 2001) ซึ่งผู้เขียนในการเปิดเผยที่แตกระหว่างทางสัณฐานวิทยาและสีลักษณะเช่นเดียวกับความสัมพันธ์ของสายวิวัฒนาการของพวกเขาในระดับโมเลกุล. ในทางตรงกันข้ามกับที่งานวิจัยเกี่ยวกับปลาแนวปะการังของพืชและสัตว์ Thalassoma (Costagliola และ al., 2004) ได้รับการยืนยันความหมายสายพันธุ์ก้านแม้ว่ารูปแบบสีที่สังเกตในกลุ่มของปลาที่ถามนี้ นอกจากนี้การศึกษาดังกล่าวสามารถให้อวัยวะภายในเป็นความแตกต่างและกระบวนการ speciation เช่นเดียวกับที่ตั้งทางภูมิศาสตร์ของเหตุการณ์เหล่านี้. รูป 4. เครือข่ายของ haplotype (ก) CR และ (ข) CYT ลำดับขของ Amphiprion ocellaris และ A. percula จากสถานที่แตกต่างกันในอินโดมาเลย์เกาะ ตัวเลขระบุขั้นตอน mutational ขนาดของวงกลมระบุความถี่ haplotype. อัตราการกลายพันธุ์ที่แตกต่างกันสำหรับภูมิภาคควบคุมยลในปลาที่ได้รับการประเมินตั้งแต่ 2-6.41% ต่อล้านปี (ร้างแล้ว Stepien 1998;. Campton et al, 2000; โดนัลด์และวิลสัน 1999; น้ำ et al, 2001;... Messmer, et al, 2005) ในการศึกษาครั้งนี้เราใช้อัตราการกลายพันธุ์ของ 6.41% เพราะได้รับสำหรับส่วน CR เดียวกัน การศึกษาอื่น ๆ ที่ใช้ชิ้นส่วนที่แตกต่างกันหรือสมบูรณ์ CR ผลในอัตราที่ต่ำกว่าการกลายพันธุ์. อัตราการกลายพันธุ์สำหรับภูมิภาค CYT ขแตกต่างกันอย่างแพร่หลายในวรรณกรรม แต่สำหรับปลา teleost อัตราสายพันธุ์ระหว่าง 1.0% และ 2.8% ต่อล้านปีที่พบ (Ortet อัล . 1994; มาร์ตินและเบอร์มิงแฮม, 1998. Perdices et al, 2002; Chenoweth et al, 2002;. Banford et al, 2004;. เคซี่ย์, et al, 2004).. CR ครั้งความแตกต่างอยู่ในช่วงคำนวณ CYT ข . มันแสดงให้เห็นความสอดคล้องกันสำหรับการคำนวณความแตกต่างครั้งระหว่างผลของทั้งสองเครื่องหมาย

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

4 การวิเคราะห์ระดับโมเลกุล ซึ่งการอภิปราย
ชนิดที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดให้ข้อมูลเชิงลึกในความสัมพันธ์ของพวกเขาช่วยให้เราเพื่อตรวจสอบหมวดหมู่อนุกรมวิธานสัณฐานวิทยาของพวกเขา .

บางครั้ง การศึกษาดังกล่าวระบุว่า ก่อนหน้านี้ ถือว่า ผิด หรือ ถูกจัด


ไม่เพียงพอ นี้เป็นกรณีในการศึกษาเกี่ยวกับ dascyllus Trimaculatus สปีชีส์ซับซ้อน ( bernardi et al . , 2001 )ที่ผู้เขียนพบความไม่สอดคล้องกันระหว่างลักษณะทางสัณฐานวิทยาและการย้อมสี
ลักษณะ ตลอดจนความสัมพันธ์ของโมเลกุลต่างๆ


ในทางตรงกันข้ามกับที่ งานวิจัยของปลาในแนวปะการังของสกุล thalassoma ( costagliola et al . , 2004 ) การยืนยันลักษณะชนิด ความหมาย แม้ว่าสีรูปแบบ
สังเกตในกลุ่มของปลา คำถามนี้ นอกจากนี้การศึกษาดังกล่าวสามารถให้ตัวเองเข้าสู่กระบวนการ divergence และชนิด รวมทั้งที่ตั้งทางภูมิศาสตร์ของเหตุการณ์เหล่านี้


รูปที่ 4 พบเครือข่าย ( A ) และ ( B ) B ( cyt ลำดับของปลาการ์ตูนเพอคูล่า และ เซลลาริสจากสถานที่ที่แตกต่างกันในหมู่เกาะอินโดมาเลย์ ตัวเลขที่ระบุขั้นตอนเกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลง ขนาดวงกลมระบุพบ
ความถี่อัตราการกลายพันธุ์ที่แตกต่างกันสำหรับเขตการควบคุมในปลาได้ประมาณตั้งแต่ 2 – 6.41 % ต่อปี ( ร้าง ) และ stepien , 1998 ; campton et al . , 2000 ; Donaldson และ
วิลสัน , 1999 ; น้ำ et al . , 2001 ; เมสเมอร์ et al . , 2005 )


ในการศึกษานี้เราใช้อัตราการกลายพันธุ์ของ 6.41 % เพราะมันหาความจำเพาะ CR เดียวกันการศึกษาอื่น ๆที่ใช้ชิ้นส่วนที่แตกต่างกันหรือสมบูรณ์ CR , ส่งผลให้อัตราการลดลง

อัตราการกลายพันธุ์สำหรับ cyt B ภูมิภาคที่แตกต่างกันอย่างกว้างขวางในวรรณคดี แต่สำหรับปลาชนิด teleost อัตราระหว่าง 1.0 % และ 2.8 % ต่อล้านปีพบ ( ortet al . , 1994 ; มาร์ติน และ bermingham
, 1998 ; perdices et al . , 2002 ; ทั้งสอง et al . , 2002 ; banford et al . , 2004 ; เคซี่ et al . , 2004 )

CR Divergence ครั้งภายในช่วงคำนวณสำหรับ cyt บี มันแสดงให้เห็นความสอดคล้องที่ความแตกต่างเวลาระหว่างผลลัพธ์ของการคำนวณทั้งสองเครื่องหมาย