All protein preparation was done in

All protein preparation was done in Molegro Virtual Docker (MVD). The energy difference (dE) after minimizing the side chains of the two targets were 1789.15 for Bcl-2 (Initial Energy = 6198.47) and 3530.6 for CDK-4/Cyclin D1 (Initial Energy = 14981.1). The predicted cavities with their physical descriptors are given in Table S10. Each ligand was docked to the binding cavities for a total of 50 runs by the search algorithm used (MolDock SE) which was obtained (Tabu clustering option in MVD) for pose clustering generated one optimal pose for each run. Thus 50 poses were returned from each compound poses for both the targets. Post processing of the poses was done by subjecting each of them for energy minimization with a short Nelder-Mead Simplex minimization (using non-grid forcefield and hydrogen bond directionality that are responsible for binding affinity and specificity) for the translation, orientation and flexible dihedral angles of the found poses using the MolDock scoring function. Hydrogen bonds were further optimized for the optimal positions of the hydrogen for any hydrogen bond donors (both protein and ligand).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เตรียมโปรตีนทั้งหมดถูกทำใน Molegro เสมือน Docker (MVD) ผลต่างของพลังงาน (dE) หลังจากลดโซ่ข้างของเป้าหมายสองมี 1789.15 Bcl 2 (พลังงานเริ่มต้น = 6198.47) และ 3530.6 สำหรับ CDK-4/Cyclin ง 1 (พลังงานเริ่มต้น = 14981.1) พัฒนาการเคลื่อนกับตัวบอกลักษณะทางกายภาพของพวกเขาจะได้รับในตาราง S10 ละลิแกนด์ถูกย้ายไปพัฒนาการรวมจำนวนหมด 50 โดยค้นหาอัลกอริธึมที่ใช้ (MolDock SE) ที่ได้รับ (ทาบูระบบคลัสเตอร์เลือกใน MVD) สำหรับก่อให้เกิดคลัสเตอร์สร้างขึ้นก่อให้เกิดประสิทธิภาพสูงสุดหนึ่งสำหรับการรันแต่ละ โพสท่า 50 จึง ถูกส่งกลับจากแต่ละโพสท่าผสมสำหรับเป้าหมายทั้ง ลงรายการบัญชีกระบวนการโพสท่าที่ทำ โดยแต่ละของพวกเขาในการลดพลังงานด้วยการลด Simplex Nelder มีดสั้น (ใช้เส้นไม่ใช่ forcefield และพันธะไฮโดรเจนทิศที่ชอบผูกความสัมพันธ์และ specificity) แล้วก็กดชัตเตอร์สำหรับการแปล การวางแนว และมุม dihedral ยืดหยุ่นของการโพสท่าที่พบโดยใช้การ MolDock ฟังก์ชันการให้คะแนน พันธบัตรไฮโดรเจนถูกปรับให้เหมาะกับตำแหน่งสูงสุดของไฮโดรเจนที่สำหรับผู้บริจาคมีพันธะไฮโดรเจน (โปรตีนและลิแกนด์) เพิ่มเติม

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การเตรียมโปรตีนทั้งหมดได้ทำใน Molegro เสมือนหาง (MVD) ความแตกต่างพลังงาน (DE) หลังจากที่ลดโซ่ด้านข้างของทั้งสองเป้าหมายอยู่ที่ 1,789.15 สำหรับ Bcl-2 (พลังงานเริ่มต้น = 6,198.47) และ 3,530.6 สำหรับ CDK-4 / Cyclin D1 (พลังงานเริ่มต้น = 14,981.1) โพรงที่มีการคาดการณ์อธิบายกายภาพของพวกเขาจะได้รับในตารางที่ S10 แกนด์แต่ละคนได้เชื่อมต่อกับโพรงผูกพันรวมเป็น 50 วิ่งโดยขั้นตอนวิธีการค้นหาที่ใช้ (MolDock SE) ซึ่งได้รับ (ห้ามการจัดกลุ่มตัวเลือกใน MVD) สำหรับการจัดกลุ่มการก่อให้เกิดการสร้างหนึ่งในท่าที่เหมาะสมสำหรับการทำงานในแต่ละ ดังนั้น 50 โพสท่าถูกส่งกลับมาจากแต่ละสารประกอบโพสท่าสำหรับเป้าหมายทั้งสอง การโพสต์ของการโพสท่าที่ได้กระทำโดย subjecting แต่ละของพวกเขาสำหรับการลดพลังงานที่มีระยะสั้นลด Nelder-มธุรส Simplex (ใช้ forcefield ที่ไม่ใช่ตารางและทิศทางพันธะไฮโดรเจนที่มีความรับผิดชอบสำหรับการผูกสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดและความจำเพาะ) สำหรับการแปลทิศทางและมีความยืดหยุ่น dihedral มุมของการโพสท่าที่พบโดยใช้ฟังก์ชั่นการให้คะแนน MolDock พันธะไฮโดรเจนได้รับการปรับให้เหมาะสมต่อไปสำหรับตำแหน่งที่ดีที่สุดของไฮโดรเจนสำหรับผู้บริจาคพันธะไฮโดรเจนใด ๆ (ทั้งโปรตีนและลิแกนด์)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การเตรียมโปรตีนทั้งหมดทำในเสมือน molegro นักเทียบท่า ( การแบ่งตัวของเซลล์มะเร็ง ) ความแตกต่างของพลังงาน ( de ) หลังจากลดโซ่ข้างของเป้าหมาย 2 เป็น 1789.15 สำหรับ bcl-2 เบื้องต้น ( พลังงาน = 6198.47 ) และ 3530.6 สำหรับ cdk-4 / D1 ( เริ่มต้นที่มีพลังงาน = 14981.1 ) ฟันผุกับคาดการณ์ในทางกายภาพของพวกเขาจะได้รับตาราง S10 .แต่ละระบบก็เทียบกับฟันผุผลผูกพันทั้งหมด 50 วิ่งโดยขั้นตอนวิธีที่ใช้ ( moldock SE ) ซึ่งได้รับ ( เช่นการจัดกลุ่มตัวเลือกในการแบ่งตัวของเซลล์มะเร็ง ) โพสท่าที่เหมาะสมสำหรับแต่ละกลุ่มสร้างขึ้นตัววิ่ง ดังนั้น 50 โพสกลับจากสารแต่ละท่านทั้งหมายโพสต์การประมวลผลของท่าทำได้โดย subjecting แต่ละของพวกเขาเพื่อลดพลังงานด้วยสั้น nelder Mead เริมลด ( ใช้ forcefield ตารางไม่มีพันธะไฮโดรเจนทิศทางที่รับผิดชอบต่อข้อผูกพันและ specificity ) สำหรับการแปล การปฐมนิเทศ และยืดหยุ่น dihedral มุมของพบอากัปกิริยา moldock คะแนนโดยใช้ฟังก์ชันพันธะไฮโดรเจนได้เหมาะสำหรับตำแหน่งที่เหมาะสมของไฮโดรเจน สำหรับผู้บริจาคใด ๆ ( ทั้งโปรตีนและพันธะไฮโดรเจนลิแกนด์ )