BackgroundThe success of genomic se

Background
The success of genomic selection depends mainly on the extent of linkage disequilibrium (LD) between markers and quantitative trait loci (QTL), the number of animals in the training set (TS) and the heritability (h2) of the trait. The extent of LD depends on the genetic structure of the population and the density of markers. The aim of this study was to calculate accuracy of direct genomic estimated breeding values (DGEBV) using best linear unbiased genomic prediction (GBLUP) for different marker densities, heritabilities and sizes of the TS in simulated populations that mimicked previously reported extent and pattern of LD in beef cattle.

Results
The accuracy of DGEBV increased significantly (p < 0.05) with the increase in the number of bulls in the TS (480, 960 or 1920), trait h2 (0.10, 0.25 or 0.40) and marker densities (40 k or 800 k). Increasing the number of animals in the TS by 4-fold and using their phenotypes to estimate marker effects was not sufficient to maintain or increase the accuracy of DGEBV obtained using estimated breeding values (EBVs) when the trait h2 was lower than 0.40 for both marker densities. Comparing to expected accuracies of parent average (PA), the gains by using DGEBV would be of 27%, 13% and 10% for trait h2 equal to 0.10, 0.25 and 0.40, respectively, considering the scenario with 40 k markers and 1920 bulls in TS.

Conclusions
As reported in dairy cattle, the size of the TS and the extent of LD have major impact on the accuracy of DGEBV. Based on the findings of this simulation study, large TS, as well as dense marker panels, aiming to increase the level of LD between markers and QTL, will likely be needed in beef cattle for successful implementation of genomic selection.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ประวัติความเป็นมาความสำเร็จของจีโนมเลือกขึ้นอยู่กับขอบเขตของการสมดุลการเชื่อมโยง (LD) ระหว่างเครื่องหมายตำแหน่งและลักษณะเชิงปริมาณ (QTL) จำนวนของสัตว์ที่อยู่ในชุดฝึกอบรม (TS) และพันธุกรรม (H2) ของลักษณะ
ขอบเขตของ LD ขึ้นอยู่กับโครงสร้างทางพันธุกรรมของประชากรและความหนาแน่นของเครื่องหมาย จุดมุ่งหมายของการศึกษาครั้งนี้เพื่อคำนวณความถูกต้องของคุณค่าการผสมพันธุ์ประมาณจีโนมโดยตรง (DGEBV) โดยใช้เชิงเส้นที่เป็นกลางคาดการณ์จีโนมที่ดีที่สุด (GBLUP) สำหรับความหนาแน่นเครื่องหมายที่แตกต่างกันพันธุกรรมและขนาดของ TS ในประชากรจำลองที่เลียนแบบรายงานก่อนหน้านี้มีขอบเขตและรูปแบบของ LD ในการเลี้ยงโคเนื้อ. ผลความถูกต้องของ DGEBV เพิ่มขึ้นอย่างมีนัยสำคัญ (p <0.05) กับการเพิ่มขึ้นในจำนวนของวัวใน TS (ที่ 480, 960 หรือ 1,920) h2 ลักษณะ (0.10, 0.25 หรือ 0.40) และความหนาแน่นเครื่องหมาย (40 k หรือ 800 k) การเพิ่มจำนวนของสัตว์ใน TS โดย 4 เท่าและการใช้ phenotypes ของพวกเขาที่จะประเมินผลกระทบเครื่องหมายไม่เพียงพอที่จะรักษาหรือเพิ่มความถูกต้องของ DGEBV ที่ได้รับใช้ประมาณคุณค่าการผสมพันธุ์ (EBVs) เมื่อ h2 ลักษณะต่ำกว่า 0.40 สำหรับเครื่องหมายทั้ง ความหนาแน่น เมื่อเทียบกับความถูกต้องคาดหวังของผู้ปกครองเฉลี่ย (PA) กำไรโดยใช้ DGEBV จะเป็น 27%, 13% และ 10% สำหรับ h2 ลักษณะเท่ากับ 0.10, 0.25 และ 0.40 ตามลำดับเมื่อพิจารณาจากสถานการณ์ที่มี 40 k เครื่องหมายและ 1920 วัว ใน TS. สรุปรายงานในโคนมขนาดของ TS และขอบเขตของ LD ที่มีผลกระทบสำคัญในความถูกต้องของ DGEBV ขึ้นอยู่กับผลการศึกษาแบบจำลองนี้, TS ขนาดใหญ่เช่นเดียวกับการติดตั้งเครื่องหมายหนาแน่นมีเป้าหมายที่จะเพิ่มระดับของ LD ระหว่างเครื่องหมายและ QTL ที่มีแนวโน้มที่จะมีความจำเป็นในการเลี้ยงโคเนื้อสำหรับการดำเนินงานที่ประสบความสำเร็จของการเลือกจีโนม

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เบื้องหลังความสำเร็จของจีโนม
เลือกขึ้นอยู่กับขอบเขตของการเชื่อมโยงการเก็บน้ำ ( LD ) ระหว่างเครื่องหมาย และเทคนิคเชิงปริมาณลักษณะ ( QTL ) , จำนวนสัตว์ในชุดฝึก ( TS ) และการถ่ายทอดทางพันธุกรรม ( H2 ) ในลักษณะที่ ขอบเขตของ LD ขึ้นอยู่กับโครงสร้างทางพันธุกรรมของประชากรและความหนาแน่นของเครื่องหมายจุดมุ่งหมายของการศึกษานี้คือ เพื่อคำนวณค่าความถูกต้องโดยการผสมพันธุ์จีโนม ( dgebv ) โดยใช้เส้นเป็นกลางดีที่สุดจีโนมพยากรณ์ ( gblup ) คือเครื่องหมายที่แตกต่างกันและขนาดของค่าอัตราพันธุกรรมในประชากรที่ใช้จำลอง mimicked รายงานก่อนหน้านี้ขอบเขตและรูปแบบของ LD ในโคเนื้อ ความถูกต้องของผล

dgebv เพิ่มขึ้นอย่างมาก ( p < 005 ) ด้วยการเพิ่มจำนวนของกระทิงใน TS ( 480 , 960 หรือ 1920 ) , ลักษณะ H2 ( 0.10 , 0.25 หรือ 0.40 ) และมีเครื่องหมาย ( 40 K หรือ 800 k ) การเพิ่มจำนวนของสัตว์ใน TS โดย 4 เท่า และใช้เพื่อประเมินผลฟีโนไทป์ของเครื่องหมายไม่เพียงพอที่จะรักษาหรือเพิ่มความถูกต้องของ dgebv ได้ใช้ประมาณค่าการผสมพันธุ์ ( ebvs ) เมื่อลักษณะ H2 ต่ำกว่า 040 ทั้งเครื่องหมายมีความหนาแน่น การเปรียบเทียบความถูกต้องของผู้ปกครองโดยเฉลี่ย ( PA ) , ได้รับโดยการใช้ dgebv จะ 27 ร้อยละ 13 และร้อยละ 10 % H2 ลักษณะเท่ากับ 0.10 , 0.25 และ 0.40 ตามลำดับ เมื่อพิจารณาจากสถานการณ์กับ 40 K เครื่องหมายและ 1920 บูลส์ใน TS


สรุปรายงานในโคนม ขนาด ของ TS และขอบเขตของ LD มีผลกระทบสำคัญบนความถูกต้องของ dgebv .ผลของการจำลองขนาดใหญ่ , TS , เป็นแผงเครื่องหมายหนาแน่น มีเป้าหมายที่จะเพิ่มระดับของ LD ระหว่างเครื่องหมายและความ , มีแนวโน้มที่จะเป็นที่ต้องการของโคเนื้อสำหรับการประสบความสำเร็จของการสร้าง .