directly to cellular activity. Though a linear relationship between
cellular rRNA content and specific growth rate has been
demonstrated for Escherichia coli (5) and is generally observed
in other organisms (3, 20, 31, 40, 43, 47), there are inconsistencies
that arise in culture, especially when organisms are
grown under nonoptimal conditions (3, 47). Many instances
that would cause false negatives, for example, where taxa show
no change in rRNA abundance despite cellular activity (3, 50),
would not be reflected in analysis of dynamic taxa. An example
is the marine Synechococcus strain WH8101, which had consistently
depressed rRNA content at low growth rates that
decreased at the highest growth rates (3). Likewise, E. coli cells
that experience unfavorable conditions, such as nutrient limitation,
may experience rapid ribosomal degradation (14).
However, false positives may also arise; for example, the oxygen-
sensitive “Candidatus Brocadia anammoxidans” maintains
a relatively high cellular 16S rRNA content (though decreasing
intergenic spacer region RNA content) after 24 h of exposure
to oxygen (47). Additionally, dormant cells contain rRNA in
concentrations dependent upon how the dormancy originated
(21, 36). In the face of these limitations, the PhyloChip is
probably the best tool for analyzing changes in relative abundance
in rRNA transcript and gene concentration levels due to
its high specificity, sensitivity, and repeatability. In this way,
examination of rRNA- and DNA-based microbial communities
together should provide an indication of active and standing
microbial communities.
โดยตรงกับกิจกรรมโทรศัพท์มือถือ แม้ว่าความสัมพันธ์เชิงเส้นระหว่างอัตราการเติบโตที่เฉพาะเจาะจง และเนื้อหา rRNA โทรศัพท์มือถือได้แสดงสำหรับ Escherichia coli (5) และโดยทั่วไปแล้วหรือไม่อื่น ๆ สิ่งมีชีวิต (3, 20, 31, 40, 43, 47), มีความไม่สอดคล้องที่เกิดขึ้นในวัฒนธรรม โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อสิ่งมีชีวิตเติบโตขึ้นภายใต้เงื่อนไข nonoptimal (3, 47) หลายที่จะทำให้การเท็จสิ่ง ตัวอย่าง ที่แสดง taxaไม่เปลี่ยนแปลงมากมาย rRNA แม้กิจกรรมโทรศัพท์เคลื่อนที่ (3, 50),จะไม่มีผลในการวิเคราะห์แบบไดนามิก taxa ด้วย ตัวอย่างเป็นทะเล Synechococcus สายพันธุ์ WH8101 ซึ่งมีอย่างต่อเนื่องเรื่องราวเนื้อหา rRNA ที่เจริญเติบโตที่ต่ำราคาที่ลดอัตราการเจริญเติบโตสูงสุด (3) ในทำนองเดียวกัน E. coli เซลล์ที่พบเงื่อนไขที่เสียเปรียบ เช่นธาตุอาหารจำกัดอาจพบการลดประสิทธิภาพการ ribosomal อย่างรวดเร็ว (14)อย่างไรก็ตาม ไม่ทำงานผิดพลาดอาจยังเกิดขึ้น ตัวอย่าง ออกซิเจน-รักษาสำคัญ "Candidatus Brocadia anammoxidans"เนื้อหาเป็น rRNA มือถือค่อนข้างสูง 16S (แต่ลดลงภูมิภาคเป็นตัวเว้นวรรค intergenic เนื้อหาอาร์เอ็นเอ) หลังจาก 24 ชมของการสัมผัสให้ออกซิเจน (47) นอกจากนี้ เซลล์เฉย ๆ ประกอบด้วย rRNA ในความเข้มข้นขึ้นวิธี dormancy ที่มา(21, 36) PhyloChip เป็นหน้าของข้อจำกัดเหล่านี้คงเครื่องมือดีที่สุดสำหรับการวิเคราะห์การเปลี่ยนแปลงในความสัมพันธ์ใน rRNA เสียงบรรยายและยีนเข้มข้นระดับเนื่องspecificity สูง ความไว ความทำซ้ำในการ ด้วยวิธีนี้ชุมชนจุลินทรีย์จาก rRNA และดีเอ็นเอตรวจสอบร่วมกันควรมีการบ่งชี้งาน และยืนชุมชนจุลินทรีย์
การแปล กรุณารอสักครู่..

โดยตรงกับกิจกรรมโทรศัพท์มือถือ แม้ว่าความสัมพันธ์เชิงเส้นระหว่างเนื้อหา rRNA โทรศัพท์มือถือและอัตราการเจริญเติบโตที่เฉพาะเจาะจงได้รับการแสดงให้เห็นเชื้อEscherichia coli (5) และเป็นที่สังเกตโดยทั่วไปในสิ่งมีชีวิตอื่นๆ (3, 20, 31, 40, 43, 47) มีความไม่สอดคล้องกันที่เกิดขึ้นในวัฒนธรรมโดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อสิ่งมีชีวิตที่มีการเติบโตขึ้นภายใต้เงื่อนไข nonoptimal (3, 47) หลาย ๆ กรณีที่จะทำให้เกิดเชิงลบเท็จเช่นที่แท็กซ่าแสดงการเปลี่ยนแปลงในความอุดมสมบูรณ์rRNA แม้จะมีกิจกรรมที่ไม่มีโทรศัพท์มือถือ (3, 50) จะไม่ได้สะท้อนให้เห็นในการวิเคราะห์แท็กซ่าแบบไดนามิก ตัวอย่างคือสายพันธุ์ทะเล Synechococcus WH8101 ซึ่งมีอย่างต่อเนื่องเนื้อหา rRNA หดหู่ที่อัตราการเจริญเติบโตต่ำที่ลดลงในอัตราที่สูงที่สุดการเจริญเติบโต(3) ในทำนองเดียวกันอีโคไลเซลล์ที่สัมผัสกับสภาพที่ไม่เอื้ออำนวยเช่นข้อ จำกัด สารอาหารที่อาจพบการย่อยสลายอย่างรวดเร็วโซมอล(14). แต่ผลบวกปลอมนอกจากนี้ยังอาจเกิดขึ้น; ตัวอย่างเช่นออกซิเจนที่สำคัญ "candidatus Brocadia anammoxidans" รักษา 16S โทรศัพท์มือถือที่ค่อนข้างสูงเนื้อหา rRNA (แต่ลดลงในภูมิภาคspacer intergenic เนื้อหา RNA) หลังจาก 24 ชั่วโมงของการเปิดรับออกซิเจน(47) นอกจากนี้เซลล์อยู่เฉยๆมี rRNA ในความเข้มข้นขึ้นอยู่กับวิธีการพักตัวมา(21, 36) ในการเผชิญกับข้อ จำกัด เหล่านี้ PhyloChip เป็นอาจจะเป็นเครื่องมือที่ดีที่สุดสำหรับการวิเคราะห์การเปลี่ยนแปลงในความอุดมสมบูรณ์ในหลักฐานrRNA และระดับความเข้มข้นของยีนเนื่องจากความจำเพาะสูงของความไวและการทำซ้ำ ด้วยวิธีนี้การตรวจสอบของ rRNA- และดีเอ็นเอที่ใช้กลุ่มจุลินทรีย์ด้วยกันควรมีข้อบ่งชี้ของการใช้งานและยืนอยู่กลุ่มจุลินทรีย์
การแปล กรุณารอสักครู่..

โดยกิจกรรมของเซลล์ แม้ว่าความสัมพันธ์เชิงเส้นตรงระหว่าง
เนื้อหาของเซลล์แบคทีเรียและอัตราการเจริญเติบโตจำเพาะได้
) สำหรับเชื้อ Escherichia coli ( 5 ) และโดยทั่วไปจะพบในสิ่งมีชีวิตอื่น (
3 , 20 , 32 , 40 , 43 , 47 ) มีความไม่สอดคล้องกัน
ที่เกิดขึ้นในวัฒนธรรมโดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อสิ่งมีชีวิต
โตภายใต้เงื่อนไข nonoptimal ( 3 , 47 ) หลายอินสแตนซ์
ที่ทำให้ลบเท็จ ตัวอย่างที่แสดงการเปลี่ยนแปลงใน rRNA
และความอุดมสมบูรณ์แม้กิจกรรมของเซลล์ ( 3 , 50 ) ,
จะไม่สะท้อนให้เห็นในการวิเคราะห์แบบไดนามิกซ่า . ตัวอย่าง
เป็น wh8101 สายพันธุ์ทะเลซินโคคอคคัส ซึ่งมีเนื้อหาที่สร้างขึ้นอย่างมั่นคง
เศร้าต่ำอัตราการเติบโตที่ลดลงในอัตราสูงสุด
เจริญ ( 3 ) อนึ่ง , E . coli เซลล์
ประสบการณ์เงื่อนไขที่เสียเปรียบ เช่น การจำกัดสารอาหาร
อาจพบไรโบโซมอย่างรวดเร็ว ( 14 ) .
แต่บวกเท็จยังอาจเกิดขึ้น เช่น ออกซิเจน -
อ่อน " candidatus brocadia anammoxidans " รักษา
ค่อนข้างสูง ( แต่ลดปริมาณเซลล์เบส 16S rRNA
ส่า spacer เขต RNA เนื้อหา ) หลังจาก 24 ชั่วโมง ของแสง
ออกซิเจน ( 47 ) นอกจากนี้เคลื่อนเซลล์ประกอบด้วย rRNA ใน
ความเข้มข้นขึ้นอยู่กับวิธีการดั้งเดิม
( 21 , 36 ) ในหน้าของข้อ จำกัด เหล่านี้ phylochip คือ
น่าจะดีที่สุดเครื่องมือสำหรับวิเคราะห์การเปลี่ยนแปลงในประชากรพืช
ใน Transcript และ rRNA ยีนเนื่องจากระดับความเข้มข้นสูง
ความจำเพาะ ความไวและการ . ในวิธีนี้ การตรวจดีเอ็นเอของแบคทีเรีย
-
ตามชุมชนจุลินทรีย์ด้วยกันควรให้ข้อบ่งชี้ของการใช้งาน และยืน
ชุมชนจุลินทรีย์
การแปล กรุณารอสักครู่..
