The structure determination of prot

The structure determination of protein−protein complexes is a rather tedious and lengthy process, by both NMR and X-ray crystallography. Several methods based on docking to study protein complexes have also been well developed over the past few years. Most of these approaches are not driven by experimental data but are based on a combination of energetics and shape complementarity. Here, we present an approach called HADDOCK (High Ambiguity Driven protein−protein Docking) that makes use of biochemical and/or biophysical interaction data such as chemical shift perturbation data resulting from NMR titration experiments or mutagenesis data. This information is introduced as Ambiguous Interaction Restraints (AIRs) to drive the docking process. An AIR is defined as an ambiguous distance between all residues shown to be involved in the interaction. The accuracy of our approach is demonstrated with three molecular complexes. For two of these complexes, for which both the complex and the free protein structures have been solved, NMR titration data were available. Mutagenesis data were used in the last example. In all cases, the best structures generated by HADDOCK, that is, the structures with the lowest intermolecular energies, were the closest to the published structure of the respective complexes (within 2.0 Å backbone RMSD).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การกำหนดโครงสร้างของโปรตีนคอมเพล็กซ์โปรตีนเป็นกระบวนการที่ค่อนข้างน่าเบื่อและมีความยาวโดยทั้งสอง nmr และ x-เรย์ผลึก หลายวิธีขึ้นอยู่กับการเชื่อมต่อเพื่อการศึกษาโปรตีนคอมเพล็กซ์ยังได้รับการพัฒนาเป็นอย่างดีในช่วงไม่กี่ปีที่ผ่านมา ส่วนใหญ่ของวิธีการเหล่านี้จะไม่ได้รับแรงผลักดันจากข้อมูลการทดลอง แต่จะขึ้นอยู่กับการรวมกันของ energetics และรูปร่าง complementarity ที่นี่เรานำเสนอวิธีการที่เรียกว่าปลาทะเลชนิดหนึ่ง (ความเคลือบแคลงสูงขับเคลื่อนเทียบท่าโปรตีน) ที่ทำให้การใช้งานของข้อมูลที่มีปฏิสัมพันธ์ทางชีวเคมีและ / หรือชีวฟิสิกส์เช่นข้อมูลการเปลี่ยนแปลงทางเคมีที่เกิดจากการรบกวนการทดลองการไทเทรต nmr หรือข้อมูลฉับ ข้อมูลนี้จะถูกนำมาใช้เป็นเครื่องพันธนาการปฏิสัมพันธ์คลุมเครือ (มาด) เพื่อขับเคลื่อนกระบวนการเทียบท่าอากาศมีการกำหนดเป็นระยะทางที่ไม่ชัดเจนระหว่างส่วนที่เหลือทั้งหมดแสดงให้เห็นว่ามีส่วนร่วมในการทำงานร่วมกัน ความถูกต้องของวิธีการของเราแสดงให้เห็นถึงสามโมเลกุลเชิงซ้อน สำหรับสองคอมเพล็กซ์เหล่านี้ที่ทั้งซับซ้อนและโครงสร้างโปรตีนฟรีได้รับการแก้ไขข้อมูลการไทเทรต nmr มีอยู่ ฉับข้อมูลถูกนำมาใช้ในตัวอย่างที่ผ่านมา ในทุกกรณีโครงสร้างที่ดีที่สุดที่เกิดจากปลาทะเลชนิดหนึ่งซึ่งก็คือโครงสร้างที่มีพลังงานโมเลกุลต่ำสุดเป็นที่ใกล้เคียงที่สุดที่จะตีพิมพ์ของโครงสร้างที่สลับซับซ้อนตามลำดับ (ภายใน 2.0 Åกระดูกสันหลัง RMSD).

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

กำหนดโครงสร้างของ protein−protein คอมเพล็กซ์เป็นค่อนข้างน่าเบื่อ และยาวนานกระบวนการ NMR และเอกซเรย์ผลิกศาสตร์ หลายวิธีตามเทียบการศึกษาโปรตีนคอมเพล็กซ์ได้ดีพัฒนาไม่กี่ปีผ่านมา ส่วนใหญ่วิธีนี้ไม่ได้ขับเคลื่อน ด้วยข้อมูลทดลอง แต่ขึ้นอยู่กับการรวมกันของพลัง และรูปร่าง complementarity ที่นี่ เรานำเสนอวิธีการที่เรียกว่า HADDOCK (protein−protein ย่อขับเคลื่อนสูง Docking) ที่ทำให้ใช้ข้อมูลโต้ตอบเชิงชีวเคมี / biophysical เช่นข้อมูล perturbation กะเคมีที่เกิดจากการทดลอง NMR การไทเทรตหรือ mutagenesis ข้อมูล ข้อมูลนี้แนะนำเป็น Restraints โต้ตอบไม่ชัดเจน (ออกอากาศ) ขั้นตอนต่อไป อากาศกำหนดไว้เป็นระยะห่างที่ไม่ชัดเจนระหว่างตกค้างทั้งหมดที่แสดงการมีส่วนร่วมในการโต้ตอบ ความถูกต้องของวิธีการของเราจะแสดงกับคอมเพล็กซ์สามโมเลกุล สำหรับสองคอมเพล็กซ์เหล่านี้ ซึ่งทั้งซับซ้อนและโครงสร้างโปรตีนฟรีมีการแก้ไข ข้อมูลการไทเทรต NMR ว่าง Mutagenesis ข้อมูลถูกใช้ในตัวอย่างสุดท้าย ในทุกกรณี สร้างขึ้น โดย HADDOCK คือ โครงสร้างกับต่ำสุด intermolecular พลังงาน โครงสร้างดีที่สุดได้ใกล้เคียงกับโครงสร้างการเผยแพร่ของสิ่งอำนวยความสะดวกที่เกี่ยวข้อง (ภายในแกน 2.0 Åหลัก RMSD) .

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การกำหนดโครงสร้างของโปรตีนคอมเพล็กซ์โปรตีนเป็นกระบวนการน่าเบื่อและใช้เวลาโดย nmr และวิชาที่ว่าด้วยผลึก X - ray ทั้งสอง หลายวิธีซึ่งใช้ในการเชื่อมต่อในการศึกษาโปรตีนคอมเพล็กซ์ได้รับการตกแต่งเป็นอย่างดีพัฒนาขึ้นในช่วงหลายปีที่ผ่านมานอกจากนั้นยัง แนวทางเหล่านี้ส่วนใหญ่จะไม่ได้ทดลองขับรถโดยใช้ข้อมูลแต่อยู่บนพื้นฐานของการผสมผสานที่ complementarity รูปทรงและ energetics ที่นี่เรามีวิธีการที่เรียกว่าปลาค็อดปลา haddock ปลา(การเชื่อมต่อสูงมีสองนัยขับรถโปรตีนโปรตีน)ที่ทำให้การใช้ข้อมูลและการปฏิสัมพันธ์/หรือ biophysical ทางชีวเคมีเช่นการเปลี่ยนแปลงทางเคมีทำให้กระวนกระวายข้อมูลเป็นผลมาจาก nmr ข้อมูลผลผลิตหรือการทดลองน้ำยา)ในทางเคมี ข้อมูลนี้มีการนำเสนอไม่ชัดเจนเป็นการโต้ตอบหมอนรอง(ท่า)ในการขับรถการเชื่อมต่ออากาศที่ถูกกำหนดเป็นระยะทางที่ไม่ชัดเจนระหว่างสิ่งตกค้างทั้งหมดที่แสดงในการมีส่วนร่วมในการโต้ตอบที่ ความถูกต้องของวิธีการของเราคือแสดงให้เห็นถึงกับสามคอมเพล็กซ์ระดับโมเลกุล สำหรับผู้ใช้บริการสองของคอมเพล็กซ์เหล่านี้สำหรับซึ่งคอมเพล็กซ์และโครงสร้างโปรตีนแบบไม่เสียค่าบริการที่มีทั้งการแก้ไขข้อมูลวิเคราะห์(วัตถุ nmr ก็จัดให้บริการ ข้อมูลผลผลิตได้ถูกนำมาใช้ในตัวอย่างเช่นที่ผ่านมา ในทุกกรณีสิ่งที่ดีที่สุดที่สร้างขึ้นจากปลาค็อดปลา haddock ปลาที่มีโครงสร้างที่มีพลังงานทดแทน intermolecular ต่ำสุดที่มีอยู่ใกล้กับโครงสร้างเผยแพร่ของคอมเพล็กซ์ที่เกี่ยวข้อง( ภายใน 2.0 A rmsd กระดูกสันหลัง)..