2.2 . การเพิ่มปริมาณของยีน 16S rRNA และการวิเคราะห์เพื่อระบุและวิเคราะห์ phylogenetic
phylogenetically เมื่อย SMN 33.6 , ดีเอ็นเอถูกสกัดจากอาหารเหลวตามโปรโตคอลพื้นฐานที่อธิบายโดยวิลสัน [ 10 ] ยีน 16S rRNA ถูกขยายโดยวิธี PCR โดยใช้ไพรเมอร์ ( แบบมาตรฐาน ( 5 ’ - agagtttgatcctggctcag-3 ’ ) และ ( RV ( 5 ’ - ’ cggttaccttgttacgactt-3 )เราใช้ไพรเมอร์เพื่อให้ได้กลับที่สมบูรณ์และถูกต้องของลำดับเบส 16S rRNA CR [ R ] ( 5 ’ - ’ cttgtgcgggcccccgtcaattc-3 ) [ 11 ] ผลิตภัณฑ์ PCR บริสุทธิ์ใช้ทำความสะอาด axyprep PCR Kit ( axygen Biosciences ) และลำดับเบสใน macrogen ( เกาหลี )
เพื่อตรวจสอบใกล้ชิด ซึ่งใน SMN 33.6 สายพันธุ์การระบุโมเลกุลที่ถูกทำผ่านความคล้ายคลึงโปรไฟล์ของยีนที่เข้ารหัสสำหรับลำดับเบส 16S rRNA . ลำดับนั้นถูกแก้ไขด้วยมันโปรแกรม sequencher ( รหัสบริษัทยีน ) และความคล้ายคลึงกันวิเคราะห์ข้อมูลในฐานข้อมูลขนาด ncbi ( ศูนย์ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ ) phylogenetic ต้นไม้ถูกสร้างขึ้นโดยใช้โปรแกรม Bosque [ 12 ]วิธีการที่ใช้ตรงกับความน่าจะเป็นสูงสุด การใช้ GTR ด้วย