Description This package is a gene

Description This package is a gene set analysis function for one-sided test (OLS), two-sided test (multivariate analysis of variance).
If the experimental conditions are equal to 2, the p-value for Hotelling's t^2 test is calculated.
If the experimental conditions are great than 2, the p-value for Wilks' Lambda is determined and post-hoc test is reported too.
Three multiple comparison procedures, Dunnett, Tukey, and sequential pairwise compari-
son, are implemented.
The program computes the p-values and FDR (false discovery rate) q-values for all gene sets. The p-values for individual genes in a significant gene set are also listed.
MAVTgsa generates two visualization output: a p-value plot of gene sets (GSA plot) and a GST- plot of the empirical distribution function of the ranked test statistics of a given gene set.
A Random Forests-based procedure is to identify gene sets that can accurately predict sam-ples from different experimental conditions or are associated with the continuous phenotypes.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

คำอธิบายเกี่ยวกับแพคเกจนี้เป็นยีนที่กำหนดฟังก์ชันการวิเคราะห์ทดสอบด้านเดียว (OLS), ทดสอบแบบสองหน้า (ตัวแปรพหุการวิเคราะห์ของผลต่าง)หากมีเงื่อนไขทดลองเท่ากับ 2 ค่า p สำหรับของ Hotelling t ^ 2 ทดสอบคำนวณหากมีเงื่อนไขทดลองดีกว่า 2 กำหนดค่า p สำหรับแลมบ์ดา Wilks' และมีรายงานแบบเฉพาะกิจลงทดสอบเกินไปสามหลายขั้นตอนเปรียบเทียบ Dunnett, Tukey และลำดับแพร์ไวส์ compari -ลูกชาย ถูกนำไปใช้โปรแกรมคำนวณค่า p และค่า q FDR (อัตราการค้นพบเท็จ) สำหรับชุดยีนทั้งหมด ยังอยู่ค่า p ในยีนแต่ละยีนที่สำคัญในการMAVTgsa สร้างผลการแสดงภาพประกอบเพลง 2: แปลงค่า p ของชุดยีน (พล็อต GSA) และ GST-แปลงของฟังก์ชันการแจกผลของสถิติทดสอบอันดับของยีนให้ตั้งขั้นตอนตามป่าสุ่มจะระบุชุดของยีนที่ถูกต้องสามารถทำนาย ples สามจากเงื่อนไขการทดลองที่แตกต่างกัน หรือเกี่ยวข้องกับฟีอย่างต่อเนื่อง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

รายละเอียดแพคเกจนี้เป็นชุดของยีนที่ฟังก์ชั่นการวิเคราะห์สำหรับการทดสอบด้านเดียว (OLS) การทดสอบสองด้าน (การวิเคราะห์หลายตัวแปรความแปรปรวน).
ถ้าเงื่อนไขการทดลองจะเท่ากับ 2, p-value สำหรับ t Hotelling ของ ^ 2 การทดสอบมีการคำนวณ .
ถ้าเงื่อนไขการทดลองที่ดีกว่า 2, p-value สำหรับวิลก์สแลมบ์ดา 'จะถูกกำหนดและทดสอบ post-hoc รายงานเกินไป.
สามขั้นตอนการเปรียบเทียบหลาย Dunnett, ทูกีและลำดับจากจำนวน compari-
ลูกชายจะดำเนินการ.
โปรแกรม คำนวณค่า P-และ FDR (อัตราการค้นพบเท็จ) คิวค่าสำหรับชุดของยีนทั้งหมด พีค่าสำหรับยีนในแต่ละชุดของยีนอย่างมีนัยสำคัญนอกจากนี้ยังมีการระบุไว้.
MAVTgsa สร้างผลลัพธ์สองการสร้างภาพ: พล็อต p-value ของชุดยีน (พล็อต GSA) และพล็อต GST- ของฟังก์ชั่นการกระจายเชิงประจักษ์ของสถิติทดสอบการจัดอันดับของ ชุดของยีนที่กำหนด.
สุ่มป่าตามขั้นตอนคือการระบุชุดยีนที่ถูกต้องสามารถทำนาย sam-Ples จากเงื่อนไขการทดลองแตกต่างกันหรือมีความเกี่ยวข้องกับ phenotypes อย่างต่อเนื่อง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

รายละเอียดแพคเกจนี้เป็นฟังก์ชันการวิเคราะห์ยีนชุดทดสอบข้างเดียว ( OLS ) การทดสอบแบบสองด้าน ( เมื่อวิเคราะห์ความแปรปรวน ) .
ถ้าเงื่อนไขการทดลองจะเท่ากับ 2 , p สำหรับ Hotelling t
2 ทดสอบคำนวณ .
ถ้าเงื่อนไขการทดลองที่ดีกว่า 2 , p สำหรับวิล ' แลมด้าคือ มุ่งมั่นและ Post Hoc Test รายงานด้วย .
3 ขั้นตอนการเปรียบเทียบหลายคู่ และลำดับขั้นตอน Dunnett , คัมพารี -

ลูกชายมีการใช้งาน โปรแกรมคำนวณ p-values และ FDR ( อัตราการค้นพบเท็จ ) q-values สำหรับชุดของยีนทั้งหมด การ p-values สำหรับยีนแต่ละยีนสำคัญในชุดยังมีอยู่ .
mavtgsa สร้างสองการแสดง output :p พล็อตของชุดยีน ( GSA แปลง ) และ GST - แปลงเชิงฟังก์ชันการแจกแจงของสถิติทดสอบของการได้รับยีนชุด .
สุ่มป่าขั้นตอนใช้เพื่อระบุชุดของยีนที่ถูกต้องสามารถทำนาย ples สามจากสภาวะการทดลองที่แตกต่างกันหรือเกี่ยวข้องกับการเกิดอย่างต่อเนื่อง