The total ion chromatograms obtaine

The total ion chromatograms obtained from the seven groups of samples with five to six replicates each were analyzed in two steps. The first step involved automated data analysis by the XCMS program (Smith et al., 2006), which identifies, matches, and quantifies ions across all samples in the seven sample groups. As described previously (Vinayavekhin
and Saghatelian, 2009; Vi- nayavekhin et al., 2015), XCMS provided average mass-to-charge ratio
(m/z), retention time and integrated mass ion intensity (peak area; MSII) of each ion in each of the LC–MS chromatograms. In the second step, a pairwise comparison was performed be-tween the SHAM and OVX samples to identify ions associated with the estrogen-deficient conditions
induced by ovariectomy. Each ion in the XCMS output files was subjected to the following filters:
(i) statistical significance (t-test with p o 0.05), (ii) fold changes of Z 2, and (iii) a minimum
MSII of 5000 in the elevated samples (which was approximately at the limit of detection of the
instru- ments). Ions that passed these criteria were then inspected manually in the chromatograms
to remove isotopic ions or any false positives on the final list.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Chromatograms ไอออนทั้งหมดที่รับได้จากกลุ่มตัวอย่างที่มีด้านเจ็ดเพื่อ replicates หกละถูกวิเคราะห์ในสองขั้นตอน ขั้นตอนแรกเกี่ยวข้องกับการวิเคราะห์ข้อมูลอัตโนมัติ โดยโปรแกรม XCMS (Smith et al. 2006), ไอออนซึ่งโดยกว้าง ตรงกัน และ quantifies ในกลุ่มตัวอย่างทั้งหมดในกลุ่มตัวอย่าง 7 ตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ (Vinayavekhin และ Saghatelian, 2009 Vi - nayavekhin et al. 2015), XCMS ให้อัตราส่วนของมวลค่าเฉลี่ย (m/z), เวลาเก็บข้อมูลและความเข้มข้นไอออนมวลรวม (พื้นที่สูงสุด MSII) ของอนุภาคในแต่ละ chromatograms LC – MS ในขั้นตอนสอง การเปรียบเทียบแพร์ไวส์เป็นดำเนินการได้แต่ตัวอย่างที่เสแสร้งและ OVX ระบุไอออนที่เกี่ยวข้องกับเงื่อนไข deficient สโตรเจน เกิดจาก ovariectomy แต่ละไอออนในการ XCMS ผล files ได้ภายใต้การฟิลเตอร์ดังต่อไปนี้:(i) ถึงความทางสถิติ (t-ทดสอบ ด้วย p o 0.05), (ii) การเปลี่ยนแปลง Z 2 และ (iii) น้อยพับ MSII 5000 ในตัวอย่างสูง (ซึ่งเป็นการประมาณที่ขีดจำกัดของการตรวจสอบของการ เป็นตราสารอนุพันธ์ดัง) ไอออนที่ผ่านเกณฑ์เหล่านี้ถูกแล้วตรวจสอบด้วยตนเองในการ chromatograms การเอาประจุ isotopic หรือลวงใด ๆ ในรายการพิจารณา

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

chromatograms ไอออนรวมที่ได้รับจากเจ็ดกลุ่มตัวอย่างที่มี Fi ได้ถึงหกซ้ำแต่ละถูกนำมาวิเคราะห์ในสองขั้นตอน การวิเคราะห์ขั้นตอนแรกที่เกี่ยวข้องกับข้อมูลแบบอัตโนมัติโดยโปรแกรม XCMS (สมิ ธ , et al., 2006) ซึ่งระบุ ES fi, ตรงและ Fi quanti ES ไอออนทั่วทุกตัวอย่างในกลุ่มตัวอย่างที่เจ็ด ตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ (Vinayavekhin
และ Saghatelian 2009; Vi- nayavekhin et al, 2015.) XCMS มีให้มวลที่จะเสียค่าใช้จ่ายอัตราส่วนเฉลี่ย
(m / z) เวลาการเก็บรักษาและบูรณาการความเข้มมวลไอออน (พื้นที่สูงสุด; MSII) ของแต่ละ ไอออนในแต่ละ LC-MS chromatograms ในขั้นตอนที่สองการเปรียบเทียบจากจำนวนที่ได้ดำเนินการ BE-ทวีหลอกลวงและตัวอย่าง OVX เพื่อแจ้งไอออนที่เกี่ยวข้องกับสโตรเจนเงื่อนไขประสิทธิภาพ Fi จะ
เกิดจาก ovariectomy ไอออนในการส่งออก XCMS Fi les แต่ละคนถูกยัดเยียดให้ lters Fi ต่อไปนี้:
(i) สถิตินัยมีนัยสำคัญ (t-test กับ PO 0.05), (ii) การพับการเปลี่ยนแปลงของ Z 2 และ (iii) ขั้นต่ำ
MSII 5000 ในตัวอย่างที่ยกระดับ (ซึ่งเป็นประมาณที่ขีด จำกัด ของการตรวจสอบของ
ments เป็นเครื่อง) ไอออนที่ผ่านเกณฑ์เหล่านี้ได้รับการตรวจสอบแล้วด้วยตนเองใน chromatograms
เพื่อลบไอออนไอโซโทปหรือบวกเท็จใด ๆ ในรายการ Fi NAL

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ส่วนกลิ่นไอออนทั้งหมดที่ได้รับจาก 7 กลุ่มด้วยจึงได้หกซ้ำวิเคราะห์ในขั้นตอนที่สอง จึงตัดสินใจเดินทางอัตโนมัติขั้นตอนการวิเคราะห์ข้อมูลด้วยโปรแกรม xcms ( Smith et al . , 2006 ) ซึ่ง identi จึง es , การแข่งขัน , และการไฟฟ้าจึงข้าม ES ไอออนตัวอย่างทั้งหมดใน 7 กลุ่มตัวอย่าง ตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ ( vinayavekhinและ saghatelian , 2009 ; 6 - nayavekhin et al . , 2015 ) xcms ให้มวลเฉลี่ยค่าใช้จ่ายอัตราส่วน( M / Z ) เวลาการเก็บรักษาและความเข้มของไอออนมวลรวม ( ยอดพื้นที่ msii ) ของแต่ละไอออนในแต่ละ LC MS และกลิ่น ในขั้นตอนที่สอง เป็นการเปรียบเทียบคู่แสดงจะทวีการหลอกลวงและตัวอย่างที่ถูกผ่าตัดเพื่อระบุไอออนที่เกี่ยวข้องกับฮอร์โมนเอสโตรเจน เดอ จึง cient เงื่อนไขการตัดรังไข่ . แต่ละไอออนในออกเลส xcms จึงถูกยัดเยียดให้จึง lters ต่อไปนี้ :( ผม ) สถิติจึง signi แคนส์ ( p O ( 2 ) ( 2 ) การเปลี่ยนแปลงของ Z พับ 2 และ ( 3 ) ขั้นmsii 5000 ในเลือดสูง ( ซึ่งมีค่าประมาณที่ขีด จำกัด ของการตรวจสอบของชุดอุปกรณ์ - ments ) ไอออนที่ผ่านเกณฑ์เหล่านี้แล้วตรวจสอบด้วยตนเองในกลิ่นเพื่อลบไอออนของไอโซโทปหรือบวกเท็จในนาลจึงรายการ