Apart from directly browsing and se

Apart from directly browsing and searching the website,
data access in STRING is possible also via a REST-based
API (application programing interface) and via wholesale
data download. With version 10.0, we have introduced
a further option: direct access from the R programming
environment, following the Bioconductor standard (39).
The corresponding package is named STRINGdb (Figure
3), and can be downloaded from the Bioconductor
repository (http://www.bioconductor.org/packages/release/
bioc/html/STRINGdb.html). The package interacts with
the STRING server via the REST API and via additional,
dedicated web services. To optimize the speed of subsequent
accesses, the entire interaction network and associated data
for a given organism are downloaded from the server and
cached locally in theRenvironment,whenever possible. The
package is built around the iGraph framework (40), which
handles the complexity of the network data structures and
provides fast query/analysis functions. Once a network is
loaded/cached into an iGraph object, high-level functions
facilitate the most common user tasks, such as mapping protein
names onto their corresponding STRING identifiers,
retrieving the neighbors of a protein of interest, retrieving
PubMed IDs for publications that support a given interaction,
finding clusters of proteins in the network and generating
stable links back to the STRING website.
The plot network function can be used to display a native
STRING network of proteins in R (Figure 3). Functions
are also available to augment a given network with userprovided
node colorings (‘payload information’, see also
Figure 1), such that subsets of proteins can be tagged and
visually highlighted. Statistical enrichment tests can be executed
on gene lists within the STRING namespace, covering
Gene Ontology and pathway annotations, as well as
tissue and diseases annotations. Results can be visualized
as lists of enriched terms and/or heatmaps. The R-package
proves particularly valuable for users arriving with a very
large set of genes, for which the web-based interface of
STRING has previously been a major bottleneck.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

นอกจากการเรียกดู และค้นหาเว็บไซต์ โดยตรงเข้าถึงข้อมูลในสายอักขระเป็นยังผ่านเหลือใช้API (แอพลิเคชันเขียนโปรแกรมอินเทอร์เฟซ) และ ทางขายส่งการดาวน์โหลดข้อมูล รุ่น 10.0 เราได้แนะนำตัวเลือกเพิ่มเติม: โดยตรงจากโปรแกรม Rสิ่งแวดล้อม มาตรฐาน Bioconductor (39)แพคเกจที่เกี่ยวข้องชื่อ STRINGdb (รูป3), และสามารถดาวน์โหลดได้จาก Bioconductorเก็บ (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/STRINGdb.html) แพคเกจที่โต้ตอบกับเซิร์ฟเวอร์สตริ ผ่าน API เหลือ และ ผ่านเพิ่มเติมทุ่มเทบริการเว็บ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพความเร็วของการต่อมาเข้าถึง การโต้ตอบทั้งเครือข่ายและข้อมูลที่เกี่ยวข้องสำหรับสิ่งมีชีวิตที่กำหนดจะถูกดาวน์โหลดจากเซิร์ฟเวอร์ และแคชภายใน theRenvironment หากเป็นไปได้ ที่แพคเกจรอบ ๆ กรอบ iGraph (40), ซึ่งจัดการกับความซับซ้อนของโครงสร้างข้อมูลของเครือข่าย และมีฟังก์ชันวิเคราะห์รวดเร็วสอบถาม เมื่อเครือข่ายโหลด/แคเป็น iGraph วัตถุ ฟังก์ชันระดับสูงอำนวยความสะดวกทั่วไปผู้ใช้งาน เช่นโปรตีนการแม็ปชื่อลงรหัสของอักขระที่สอดคล้องกันเรียกปฏิกิริยาของโปรตีนที่น่าสนใจ เรียกรหัส PubMed สิ่งที่สนับสนุนการโต้ตอบที่กำหนดการค้นหาของโปรตีนในเครือข่ายและสร้างเชื่อมโยงที่มั่นคงกลับไปสายอักขระสามารถใช้ฟังก์ชันเครือข่ายแผนการแสดงแบบพื้นเมืองเครือข่ายสายของโปรตีนใน R (3 รูป) ฟังก์ชันยังมีการเพิ่มเครือข่ายให้กับ userprovidedcolorings โหน ('ส่วนของข้อมูลของข้อมูล" ดูรูปที่ 1), ที่สามารถแท็กชุดย่อยของโปรตีน และเห็นเน้น สามารถดำเนินการทดสอบทางสถิติในบ่อในรายการของยีนภายใน namespace สตริง ครอบคลุมภววิทยายีนและคำอธิบายทางเดิน เป็นคำอธิบายโรคและเนื้อเยื่อ สามารถ visualized ผลลัพธ์เป็นรายการของเงื่อนไขอุดม/ heatmaps R-แพคเกจพิสูจน์โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีคุณค่าสำหรับผู้ใช้ที่มากับตัวมากชุดใหญ่ของยีน ซึ่งอินเทอร์เฟซแบบเว็บของสายอักขระก่อนหน้านี้ได้ขวดใหญ่

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

นอกเหนือจากการโดยตรงที่เรียกดูและค้นหาเว็บไซต์ที่
เข้าถึงข้อมูลใน STRING เป็นไปได้ผ่านทางส่วนที่เหลือตาม
API (การประยุกต์ใช้อินเตอร์เฟซการเขียนโปรแกรม) และผ่านการขายส่ง
การดาวน์โหลดข้อมูล กับรุ่น 10.0 เราได้แนะนำ
ตัวเลือกต่อไป: การเข้าถึงโดยตรงจากการเขียนโปรแกรม R
. สภาพแวดล้อมตามมาตรฐาน Bioconductor (39)
แพคเกจที่สอดคล้องกันเป็นชื่อ STRINGdb (รูปที่
3) และสามารถดาวน์โหลดได้จาก Bioconductor
พื้นที่เก็บข้อมูล (http: / /www.bioconductor.org/packages/release/
bioc / html / STRINGdb.html) แพคเกจที่มีการโต้ตอบกับ
เซิร์ฟเวอร์ STRING ผ่าน REST API และผ่านทางเพิ่มเติม
ที่ทุ่มเทให้บริการเว็บ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพความเร็วในการภายหลัง
การเข้าถึงเครือข่ายการทำงานร่วมกันทั้งหมดและข้อมูลที่เกี่ยวข้อง
สำหรับสิ่งมีชีวิตที่ได้รับจะถูกดาวน์โหลดจากเซิร์ฟเวอร์และ
เก็บไว้ในประเทศใน theRenvironment เมื่อใดก็ตามที่เป็นไปได้
แพคเกจที่ถูกสร้างขึ้นรอบกรอบ iGraph (40) ซึ่ง
จะจัดการกับความซับซ้อนของโครงสร้างข้อมูลเครือข่ายและการ
ให้บริการที่รวดเร็วแบบสอบถาม / ฟังก์ชั่นการวิเคราะห์ เมื่อเครือข่ายจะ
โหลด / เก็บไว้เป็นวัตถุ iGraph ฟังก์ชั่นระดับสูง
อำนวยความสะดวกให้ผู้ใช้งานที่พบมากที่สุดเช่นโปรตีนการทำแผนที่
ระบุชื่อลงบน STRING ที่สอดคล้องกันของพวกเขา
เรียกเพื่อนบ้านของโปรตีนที่สนใจเรียก
รหัส PubMed สำหรับสิ่งพิมพ์ที่สนับสนุน การทำงานร่วมกันให้
การหากลุ่มของโปรตีนในเครือข่ายและการสร้าง
การเชื่อมโยงที่มีเสถียรภาพกลับไปยังเว็บไซต์ STRING.
ฟังก์ชั่นเครือข่ายพล็อตที่สามารถใช้ในการแสดงพื้นเมืองของ
เครือข่าย STRING ของโปรตีนใน R (รูปที่ 3) ฟังก์ชั่น
นอกจากนี้ยังมีการขยายเครือข่ายที่กำหนดด้วย userprovided
สีโหนด (ข้อมูลอัตรา 'ยังเห็น
รูปที่ 1) เช่นที่ย่อยของโปรตีนที่สามารถติดแท็กและ
เน้นสายตา การทดสอบการเพิ่มคุณค่าทางสถิติสามารถดำเนินการได้
อยู่ในรายชื่อของยีนที่อยู่ใน namespace STRING ครอบคลุม
ยีนอภิปรัชญาและคำอธิบายประกอบทางเดินเช่นเดียวกับ
เนื้อเยื่อและคำอธิบายประกอบโรค ผลสามารถมองเห็น
เป็นรายการของคำที่อุดมด้วยและ / หรือ heatmaps R-แพคเกจ
ที่มีคุณค่าโดยเฉพาะอย่างยิ่งพิสูจน์ให้เห็นสำหรับผู้ที่เดินทางมาถึงกับมาก
ชุดใหญ่ของยีนซึ่งอินเตอร์เฟซบนเว็บของ
STRING ได้รับก่อนหน้านี้ขวดใหญ่

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

นอกจากตรงการเรียกดูและค้นหาเว็บไซต์
เข้าถึงข้อมูลในสตริงที่เป็นไปได้ยังผ่าน API ( Application Programing โดยพัก

ติดต่อ ) และผ่านการดาวน์โหลดข้อมูลขายส่ง รุ่น 10.0 เราได้นํา
ตัวเลือกเพิ่มเติม : การเข้าถึงโดยตรงจากโปรแกรม R
สิ่งแวดล้อม ตามมาตรฐาน bioconductor ( 39 ) .
แพคเกจที่ชื่อ stringdb ( รูป
3 )และสามารถดาวน์โหลดได้จาก bioconductor
กรุ ( http : / / www.bioconductor . org / แพ็กเกจ / ปล่อย /
bioc / html / stringdb . html ) แพคเกจมีการโต้ตอบกับเซิร์ฟเวอร์ผ่านทางส่วนที่เหลือ
สตริง API และผ่านเพิ่มเติม
โดยเฉพาะบริการเว็บ เพิ่มประสิทธิภาพความเร็วของการเข้าถึงทั้งหมดที่ตามมา
, ปฏิสัมพันธ์เครือข่ายและเชื่อมโยงข้อมูล เพื่อให้สิ่งมีชีวิต
ถูกดาวน์โหลดจากเซิร์ฟเวอร์และ
แคชภายใน therenvironment เมื่อใดก็ตามที่เป็นไปได้
ชุดถูกสร้างขึ้นรอบ igraph กรอบ ( 40 ) ซึ่ง
จัดการความซับซ้อนของเครือข่ายข้อมูลโครงสร้างและ
ให้รวดเร็วแบบสอบถาม / การวิเคราะห์ฟังก์ชัน เมื่อเครือข่าย
โหลด / เก็บไว้เป็น igraph วัตถุพื้นฐานฟังก์ชัน
อำนวยความสะดวกผู้ใช้งานทั่วไป เช่น
โปรตีนแผนที่ชื่อบนระบุสตริงที่สอดคล้องกันของพวกเขา
เรียกเพื่อนบ้านของโปรตีนที่สนใจเรียก
PTV บัตรสิ่งพิมพ์ที่สนับสนุนให้ปฏิสัมพันธ์
การหากลุ่มของโปรตีนในเครือข่ายและการสร้างการเชื่อมโยงกลับไปยังเว็บไซต์ที่มั่นคง

พล็อตฟังก์ชันสตริง เครือข่ายสามารถใช้เพื่อแสดงสตริงพื้นเมือง
ของเครือข่าย โปรตีนใน R ( รูปที่ 3 ) ฟังก์ชัน
นอกจากนี้ยังมีการเพิ่มให้กับเครือข่าย userprovided
โหนดสี ( 'payload ข้อมูล ' .
1 รูป ) เช่นว่าส่วนย่อยของโปรตีนที่สามารถติดแท็กและ
สายตาเน้น แบบทดสอบเสริมสถิติสามารถดำเนินการ
ในรายการยีนภายในสตริง namespace ครอบคลุม
ยีนอภิปรัชญาและเส้นทางอื่น รวมทั้งโรค
เนื้อเยื่อและเครื่องหมายผลลัพธ์สามารถมองเห็น
ตามรายชื่อที่อุดมด้วยเงื่อนไขและ / หรือ heatmaps . การ r-package
พิสูจน์มีคุณค่าโดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับผู้ใช้ที่เดินทางด้วยมาก
ชุดใหญ่ของยีน ซึ่งเว็บอินเตอร์เฟซของ
String ได้ก่อนหน้านี้ถูกคอขวดที่สำคัญ